Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10469805	G-A	HET
SBS	Chr1	15371014	T-C	Homo
SBS	Chr1	30164205	C-G	HET
SBS	Chr10	1318804	G-A	Homo
SBS	Chr10	1318805	T-A	Homo
SBS	Chr10	20699822	T-C	HET
SBS	Chr10	6853144	G-T	HET
SBS	Chr11	14950005	G-C	HET
SBS	Chr11	26549409	T-C	HET
SBS	Chr12	11951427	G-T	HET
SBS	Chr2	22934718	C-T	HET
SBS	Chr2	27737101	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g45590
SBS	Chr2	33237569	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g54210
SBS	Chr2	4110411	T-G	HET
SBS	Chr2	4287066	C-A	HET
SBS	Chr2	5394411	G-A	HET
SBS	Chr2	5398017	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g10280
SBS	Chr2	5398018	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os02g10280
SBS	Chr3	15806739	C-T	HET
SBS	Chr3	29005749	T-C	HET
SBS	Chr3	30377951	C-G	HET
SBS	Chr3	41200	G-A	HET
SBS	Chr4	10700879	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g19260
SBS	Chr4	12788948	G-T	HET
SBS	Chr4	14365534	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g24940
SBS	Chr4	1498360	G-T	HET
SBS	Chr4	1498361	G-A	HET
SBS	Chr4	5028150	C-A	HET	SPLICE_SITE_ACCEPTOR	LOC_Os04g09410
SBS	Chr5	8418318	T-C	HET
SBS	Chr6	12362990	G-A	Homo
SBS	Chr6	12509175	G-A	HET
SBS	Chr6	17198894	C-A	HET
SBS	Chr6	27006766	G-A	HET
SBS	Chr6	6756353	T-C	HET
SBS	Chr7	8590780	C-T	HET
SBS	Chr8	17398135	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g28500
SBS	Chr8	6096116	C-T	Homo
SBS	Chr9	12189637	C-T	HET
SBS	Chr9	16719953	T-C	HET
SBS	Chr9	19383733	T-C	HET
SBS	Chr9	3988989	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g07850

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	1499001	1915000	415999	58
Deletion	Chr11	4460880	4460891	11
Deletion	Chr6	5213412	5213415	3
Deletion	Chr1	8003345	8003347	2
Deletion	Chr9	11860552	11860554	2	LOC_Os09g19810
Deletion	Chr6	20111080	20111083	3
Deletion	Chr9	21181603	21181605	2
Deletion	Chr5	21940130	21940139	9
Deletion	Chr8	23412001	23450000	37999	7
Deletion	Chr1	25346774	25346775	1
Deletion	Chr4	31485785	31485796	11	LOC_Os04g52870

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	6546271	6546272	2
Insertion	Chr7	22241223	22241224	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	23191335	23414655
Inversion	Chr8	23191600	23449775	2

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	1319393	Chr7	15378398	LOC_Os10g03120
Translocation	Chr10	1319408	Chr8	23191596	LOC_Os10g03120
Translocation	Chr11	4481011	Chr7	3915226	2
Translocation	Chr10	6936260	Chr5	10740005
Translocation	Chr2	19392371	Chr1	3094279
Translocation	Chr8	23191343	Chr7	15377210	2
Translocation	Chr2	23908283	Chr1	17070387	2

Main menu