Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 46

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10360688	A-G	HET
SBS	Chr1	20090830	C-T	HET
SBS	Chr1	22749517	G-A	HET
SBS	Chr1	33599429	T-C	HET
SBS	Chr1	42419371	A-T	HET
SBS	Chr1	9881903	T-C	HET
SBS	Chr10	13034481	C-G	HET
SBS	Chr10	15337863	T-G	Homo
SBS	Chr10	20175409	G-A	HET
SBS	Chr11	8192261	G-A	HET
SBS	Chr12	10764333	T-G	HET
SBS	Chr12	10764335	A-G	HET
SBS	Chr12	11208614	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g19330
SBS	Chr12	17939791	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g30000
SBS	Chr12	21950911	G-T	HET
SBS	Chr12	21950912	G-T	HET
SBS	Chr12	26004785	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g41950
SBS	Chr2	22691733	C-T	HET
SBS	Chr2	6497782	C-A	Homo
SBS	Chr3	11555474	A-G	HET
SBS	Chr3	11966523	T-C	HET
SBS	Chr3	14189685	C-T	HET
SBS	Chr3	22563808	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g40580
SBS	Chr4	13091032	A-G	Homo
SBS	Chr4	32717800	A-T	HET
SBS	Chr5	12281844	G-A	HET
SBS	Chr5	14888315	C-G	HET
SBS	Chr5	17555013	G-T	HET
SBS	Chr6	11273106	T-G	Homo
SBS	Chr6	14048013	A-T	Homo
SBS	Chr6	1814137	T-A	HET
SBS	Chr7	19762409	G-A	Homo
SBS	Chr7	20759009	G-A	Homo
SBS	Chr7	26611277	C-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g44560
SBS	Chr7	29422504	G-A	HET
SBS	Chr7	29422508	G-A	HET
SBS	Chr7	3445866	G-A	Homo
SBS	Chr8	13925966	C-G	Homo
SBS	Chr8	21593111	A-C	HET
SBS	Chr8	22391725	C-A	HET
SBS	Chr8	25965225	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g41070
SBS	Chr8	26842260	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g42470
SBS	Chr8	451907	C-T	HET
SBS	Chr8	8472142	A-T	Homo
SBS	Chr9	10940325	C-T	Homo
SBS	Chr9	7497551	C-G	Homo

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	6074566	6074567	1
Deletion	Chr5	7461001	7502000	40999	9
Deletion	Chr12	8057118	8057119	1
Deletion	Chr3	10462115	10462119	4
Deletion	Chr11	10766852	10766859	7
Deletion	Chr8	12468001	12666000	197999	30
Deletion	Chr7	15649343	15649350	7
Deletion	Chr8	20764814	20764816	2
Deletion	Chr3	20810676	20810677	1	LOC_Os03g37500
Deletion	Chr7	23620936	23620937	1
Deletion	Chr4	24047262	24047268	6
Deletion	Chr2	25938001	25971000	32999	6
Deletion	Chr7	26747964	26747982	18
Deletion	Chr8	26840600	26840602	2
Deletion	Chr3	29564652	29564683	31	LOC_Os03g51650
Deletion	Chr3	32464514	32464524	10
Deletion	Chr1	32947803	32947804	1
Deletion	Chr1	38468444	38468447	3

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	35934616	35934616	1

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	6183740	6486965	LOC_Os02g11930
Inversion	Chr2	6183773	6486969	LOC_Os02g11930
Inversion	Chr11	28735088	28742562
Inversion	Chr11	28735100	28742577
Inversion	Chr2	30561012	30793725	2
Inversion	Chr2	30561017	30793727	2

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	722618	Chr3	28717930
Translocation	Chr7	11637953	Chr4	9582176	2
Translocation	Chr6	13673833	Chr4	16289938
Translocation	Chr8	15518952	Chr5	6364271
Translocation	Chr8	15518953	Chr4	16098478
Translocation	Chr11	18508361	Chr1	40950870

Main menu