Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 46

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1057849	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g02900
SBS	Chr1	13405165	T-C	HET
SBS	Chr1	2680370	C-T	HET
SBS	Chr1	28254768	C-G	HET
SBS	Chr11	14480752	G-A	Homo
SBS	Chr11	16793691	G-A	HET
SBS	Chr11	6236128	C-A	HET
SBS	Chr12	15709312	C-T	HET
SBS	Chr12	16899725	T-C	HET
SBS	Chr12	5511820	C-T	HET
SBS	Chr12	8261037	T-C	HET
SBS	Chr2	18310657	G-A	Homo
SBS	Chr2	19150315	A-T	Homo
SBS	Chr2	32673594	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g53380
SBS	Chr2	34741461	G-T	HET
SBS	Chr2	7516399	A-G	HET
SBS	Chr3	13171279	A-T	HET
SBS	Chr3	17825902	T-G	HET
SBS	Chr3	1838424	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g04030
SBS	Chr3	19208480	G-A	HET
SBS	Chr3	25006039	G-T	HET
SBS	Chr3	31965819	T-C	HET
SBS	Chr3	8393856	G-C	HET
SBS	Chr4	19045630	C-T	Homo
SBS	Chr4	20613479	T-C	Homo
SBS	Chr4	24300409	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g40930
SBS	Chr4	28908060	T-C	Homo
SBS	Chr4	30644821	A-T	HET
SBS	Chr4	9224469	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g16850
SBS	Chr5	13876903	G-A	HET
SBS	Chr5	14880853	G-A	HET
SBS	Chr5	20063974	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g33980
SBS	Chr5	20369899	T-A	HET
SBS	Chr6	1281097	G-A	HET
SBS	Chr6	25778143	G-A	Homo
SBS	Chr7	14426843	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g25240
SBS	Chr7	18745419	G-T	HET
SBS	Chr7	22718930	T-C	HET
SBS	Chr7	22788045	C-T	HET
SBS	Chr7	2395979	G-A	Homo
SBS	Chr7	24413735	A-T	HET
SBS	Chr7	26710332	G-T	HET
SBS	Chr7	27623248	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g46300
SBS	Chr8	10148371	C-A	HET
SBS	Chr8	6901763	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g11780
SBS	Chr9	20564719	T-A	HET

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	4259261	4259262	1
Deletion	Chr8	5122979	5122984	5
Deletion	Chr9	5320642	5320644	2
Deletion	Chr2	13257420	13257435	15
Deletion	Chr7	14567001	14583000	15999	2
Deletion	Chr4	14669001	14730000	60999	5
Deletion	Chr4	22178012	22178015	3
Deletion	Chr11	22392417	22392418	1
Deletion	Chr4	23867807	23867814	7

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	40308970	40308970	1	LOC_Os01g69810
Insertion	Chr11	26126640	26126640	1
Insertion	Chr3	11236907	11236912	6
Insertion	Chr8	16899200	16899205	6
Insertion	Chr9	8057872	8057872	1	LOC_Os09g13750

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	20942096	21295095
Inversion	Chr7	20942106	21295107
Inversion	Chr1	28607668	28651372	2
Inversion	Chr1	28607680	28651378	2

Translocations: 10

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	2761235	Chr1	26316013	2
Translocation	Chr9	5120391	Chr4	3943179
Translocation	Chr10	5747369	Chr5	13127961	2
Translocation	Chr9	9765905	Chr2	6850978
Translocation	Chr9	10309860	Chr4	1632054
Translocation	Chr7	11077830	Chr4	29420496	2
Translocation	Chr7	13890993	Chr4	15170551
Translocation	Chr8	18631189	Chr7	16354719	2
Translocation	Chr7	22771291	Chr6	14580538
Translocation	Chr11	28719466	Chr8	25742774	2

Main menu