Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2462 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2462 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 54

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15043653	C-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g27000
SBS	Chr1	29673077	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g51634
SBS	Chr1	32395790	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g56250
SBS	Chr2	1178242	G-T	HET
SBS	Chr2	7637410	G-A	HET
SBS	Chr2	13591144	C-T	HET
SBS	Chr2	13867335	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os02g23939
SBS	Chr2	18540807	C-T	HET
SBS	Chr2	23195903	G-A	HET
SBS	Chr2	29830543	C-T	HET
SBS	Chr2	31044923	C-T	HET
SBS	Chr3	1757169	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os03g03870
SBS	Chr3	1757170	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g03870
SBS	Chr3	2082047	T-G	HET
SBS	Chr3	23537559	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g42290
SBS	Chr3	28866596	A-T	Homo
SBS	Chr4	7839501	C-T	HET
SBS	Chr4	11149944	T-A	Homo
SBS	Chr4	13771712	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g24110
SBS	Chr4	15128357	C-A	HET
SBS	Chr4	20381031	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g33650
SBS	Chr5	9163394	G-T	HET
SBS	Chr5	12062597	G-A	Homo
SBS	Chr5	12136281	G-T	Homo
SBS	Chr5	24773516	C-G	HET
SBS	Chr5	29750809	G-A	Homo
SBS	Chr6	5752925	A-G	HET
SBS	Chr6	12605210	C-A	HET
SBS	Chr6	20446344	T-C	HET
SBS	Chr6	21426890	A-G	HET
SBS	Chr7	8391781	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g14710
SBS	Chr7	10473927	T-A	HET
SBS	Chr7	21888529	T-A	HET
SBS	Chr7	22807200	A-T	HET
SBS	Chr7	23591489	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g39380
SBS	Chr8	4724644	A-G	HET
SBS	Chr8	6333852	G-T	HET
SBS	Chr8	8464265	G-A	HET
SBS	Chr8	15818673	C-G	HET
SBS	Chr8	24786560	C-A	HET
SBS	Chr9	15257859	C-G	HET
SBS	Chr10	2684557	T-A	HET
SBS	Chr10	9661047	T-A	HET
SBS	Chr10	13654772	G-T	HET
SBS	Chr10	14159108	C-T	Homo
SBS	Chr10	14159109	A-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g26920
SBS	Chr11	873394	T-C	HET
SBS	Chr11	10164562	C-A	HET
SBS	Chr11	15242534	C-T	Homo
SBS	Chr11	17789173	A-T	HET
SBS	Chr11	18767699	C-T	Homo
SBS	Chr12	14585014	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g25320
SBS	Chr12	15582537	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g26610
SBS	Chr12	27422282	C-A	HET

Deletions: 19

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	2507302	2507304	2	LOC_Os01g05320
Deletion	Chr5	4617853	4617854	1
Deletion	Chr11	9444955	9444968	13
Deletion	Chr9	12225283	12225284	1
Deletion	Chr12	12316001	12539000	222999	37
Deletion	Chr12	12875001	13001000	125999	17
Deletion	Chr12	13004001	13051000	46999	6
Deletion	Chr12	13054001	13134000	79999	15
Deletion	Chr12	13154001	13339000	184999	27
Deletion	Chr12	13424001	13463000	38999	8
Deletion	Chr4	14237929	14237930	1
Deletion	Chr3	14330610	14330622	12
Deletion	Chr11	16289665	16289668	3
Deletion	Chr11	17108731	17108732	1
Deletion	Chr11	24651582	24651587	5
Deletion	Chr6	27804227	27804234	7
Deletion	Chr1	38412441	38412444	3	LOC_Os01g66130
Deletion	Chr1	40131960	40131963	3	LOC_Os01g69050
Deletion	Chr1	40684890	40684899	9

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr7	17560179	17560180	2
Insertion	Chr3	3895807	3895807	1	LOC_Os03g07670
Insertion	Chr11	368917	368917	1

No Inversion

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	1298238	Chr7	19657642
Translocation	Chr9	1310136	Chr8	2941961	LOC_Os09g02810
Translocation	Chr9	1311709	Chr8	2941966	LOC_Os09g02810
Translocation	Chr12	10174306	Chr4	8429189
Translocation	Chr12	14705801	Chr3	8253738
Translocation	Chr9	15708809	Chr7	23243225
Translocation	Chr8	25082588	Chr4	19215213
Translocation	Chr12	27052698	Chr4	11544347	LOC_Os12g43590

Main menu

You are here

Search Results