Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2467 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2467 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 47

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15684632	C-A	HET
SBS	Chr1	16304884	C-T	HET
SBS	Chr1	17610311	A-G	HET
SBS	Chr1	20020246	C-T	HET
SBS	Chr1	24841153	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g43410
SBS	Chr1	36357400	A-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g62780
SBS	Chr1	39296789	C-T	HET
SBS	Chr10	21790708	C-A	Homo
SBS	Chr11	10882350	G-A	Homo
SBS	Chr11	11133786	A-G	HET
SBS	Chr11	26724172	C-T	HET
SBS	Chr11	26872435	G-A	HET
SBS	Chr11	5267825	T-A	HET
SBS	Chr12	16544003	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g28050
SBS	Chr12	17595026	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g29530
SBS	Chr12	25038381	A-C	Homo
SBS	Chr12	5399582	C-T	Homo
SBS	Chr12	8361672	G-C	HET
SBS	Chr2	10417295	T-C	HET
SBS	Chr2	25526354	C-T	Homo
SBS	Chr2	33245249	G-T	HET
SBS	Chr2	33669720	T-C	HET
SBS	Chr2	33677822	A-C	HET
SBS	Chr2	9192628	C-G	HET
SBS	Chr3	20986730	A-G	HET
SBS	Chr3	27326751	G-T	HET
SBS	Chr3	5356372	A-C	HET
SBS	Chr4	203647	T-C	Homo
SBS	Chr4	35325679	A-T	HET
SBS	Chr4	7630870	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g13670
SBS	Chr5	10730724	T-C	HET
SBS	Chr5	11781102	T-C	HET
SBS	Chr5	15539047	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g26790
SBS	Chr5	15996237	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g27500
SBS	Chr5	1721619	G-C	HET
SBS	Chr5	26124415	C-T	HET
SBS	Chr6	15195091	A-T	HET
SBS	Chr6	18080061	C-T	HET
SBS	Chr6	26952880	C-T	HET
SBS	Chr7	11438174	A-C	HET
SBS	Chr7	14397053	A-T	HET
SBS	Chr7	410103	G-A	HET
SBS	Chr8	11647988	G-T	HET
SBS	Chr8	5820597	C-T	HET
SBS	Chr8	7672274	C-T	HET
SBS	Chr9	14643561	C-T	HET
SBS	Chr9	9696165	C-T	Homo

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	779168	779170	2	LOC_Os12g02380
Deletion	Chr10	1733907	1733908	1
Deletion	Chr8	5841001	5947000	105999	18
Deletion	Chr10	8862001	8885000	22999	3
Deletion	Chr11	9122976	9122980	4
Deletion	Chr7	9562001	9657000	94999	11
Deletion	Chr5	11703547	11703550	3
Deletion	Chr11	17236914	17236937	23	LOC_Os11g29720
Deletion	Chr7	23431543	23431544	1
Deletion	Chr7	27501001	27523000	21999	4
Deletion	Chr3	29521709	29521751	42	LOC_Os03g51590
Deletion	Chr1	35294308	35294315	7	LOC_Os01g61000
Deletion	Chr1	35729551	35729553	2

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	22279497	22279498	2
Insertion	Chr10	20923822	20923822	1
Insertion	Chr6	9547274	9547279	6

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	9780259	10042698
Inversion	Chr4	15111406	15974938
Inversion	Chr6	27161697	27787146	2

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	1589518	Chr2	9833429
Translocation	Chr12	9135216	Chr6	10364027	2
Translocation	Chr9	9357599	Chr6	29946116	2
Translocation	Chr4	15111317	Chr1	9780252
Translocation	Chr11	15418912	Chr9	16554883	LOC_Os11g26840
Translocation	Chr11	15421322	Chr9	16554887	LOC_Os11g26850
Translocation	Chr9	19929083	Chr4	26648533	2

Main menu