Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2474 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2474 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 36

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	22001263	G-A	HET
SBS	Chr1	29088759	C-A	HET
SBS	Chr1	29088760	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g50640
SBS	Chr1	37162716	G-A	Homo
SBS	Chr2	14304999	A-G	HET
SBS	Chr2	23065498	A-C	HET
SBS	Chr2	26686963	C-T	HET
SBS	Chr2	30370446	C-T	HET
SBS	Chr3	3606605	A-T	HET
SBS	Chr3	12380236	T-A	HET
SBS	Chr3	12456337	A-G	HET
SBS	Chr3	15322381	G-T	HET
SBS	Chr3	34617106	T-A	HET
SBS	Chr4	36089	C-T	HET
SBS	Chr4	22875589	A-G	HET
SBS	Chr5	10942547	A-G	HET
SBS	Chr6	11084304	G-A	Homo
SBS	Chr7	2813422	T-A	HET
SBS	Chr7	8404042	C-T	HET
SBS	Chr7	13898611	G-C	HET
SBS	Chr7	19812798	C-T	HET
SBS	Chr7	21562190	C-T	HET
SBS	Chr7	21603784	C-A	HET
SBS	Chr7	28706113	G-T	HET
SBS	Chr8	6183763	G-A	HET
SBS	Chr8	8332049	T-A	HET
SBS	Chr8	8421701	T-C	HET
SBS	Chr8	14974549	G-A	HET
SBS	Chr9	10172363	T-C	HET
SBS	Chr9	18279593	G-A	HET
SBS	Chr10	14080924	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g26830
SBS	Chr11	12732875	T-C	HET
SBS	Chr11	12965994	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g22550
SBS	Chr11	19029334	C-T	HET
SBS	Chr12	21122592	A-G	HET
SBS	Chr12	25828648	A-T	Homo

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	878967	878968	1
Deletion	Chr7	1813102	1813103	1	LOC_Os07g04190
Deletion	Chr9	6849800	6849801	1
Deletion	Chr12	22123311	22123314	3
Deletion	Chr4	28265417	28265418	1	LOC_Os04g47620
Deletion	Chr5	29139534	29139538	4	LOC_Os05g50800
Deletion	Chr1	29817678	29817685	7
Deletion	Chr3	34351615	34351617	2
Deletion	Chr1	41522276	41522281	5

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	8412118	8412119	2
Insertion	Chr2	34850036	34850037	2
Insertion	Chr4	1442209	1442210	2
Insertion	Chr6	21308602	21308603	2
Insertion	Chr10	1583258	1583259	2
Insertion	Chr3	26568495	26568495	1	LOC_Os03g46980
Insertion	Chr7	24854156	24854157	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	17138856	17200468	2
Inversion	Chr1	29080108	29278970

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	16049805	Chr9	376717
Translocation	Chr11	17200470	Chr1	29278982	LOC_Os11g29670

Main menu