Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2475 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2475 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 43

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10089983	A-T	HET
SBS	Chr1	13985196	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g24830
SBS	Chr1	14134856	G-A	HET
SBS	Chr1	34028533	C-G	HET
SBS	Chr1	40604068	T-A	HET
SBS	Chr1	8283699	T-G	HET
SBS	Chr1	9828118	T-A	HET
SBS	Chr1	9982202	G-A	HET
SBS	Chr10	12538932	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g24450
SBS	Chr10	20967114	T-A	HET
SBS	Chr10	3792418	A-C	HET
SBS	Chr10	6690868	G-A	HET
SBS	Chr11	15585381	G-A	HET
SBS	Chr11	16111503	T-G	HET
SBS	Chr11	16763049	A-C	HET
SBS	Chr11	20135865	C-A	HET
SBS	Chr11	23970431	C-T	HET
SBS	Chr11	3109216	G-A	Homo
SBS	Chr2	105116	G-A	HET
SBS	Chr3	10446944	G-T	HET
SBS	Chr3	14969742	T-A	HET
SBS	Chr3	15207716	T-C	HET
SBS	Chr3	17646061	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g30980
SBS	Chr3	6506541	G-A	HET
SBS	Chr4	21523875	C-T	HET
SBS	Chr4	25067379	G-A	Homo
SBS	Chr4	29393773	T-G	HET
SBS	Chr5	14171272	G-A	HET
SBS	Chr5	14261865	G-A	HET
SBS	Chr6	11839082	T-C	Homo
SBS	Chr6	5723675	G-A	HET
SBS	Chr7	19341260	A-G	HET
SBS	Chr7	21043365	T-C	HET
SBS	Chr7	5150530	C-T	Homo
SBS	Chr8	16993877	G-A	HET
SBS	Chr8	21727898	A-C	Homo
SBS	Chr8	22406529	T-C	HET
SBS	Chr8	24088163	G-A	HET
SBS	Chr8	384536	A-G	HET
SBS	Chr9	17116038	G-A	Homo
SBS	Chr9	18499387	A-T	Homo
SBS	Chr9	18499388	G-T	Homo
SBS	Chr9	18499389	A-T	Homo

Deletions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	924264	924266	2
Deletion	Chr2	8446123	8446139	16
Deletion	Chr11	9249106	9249107	1
Deletion	Chr4	12522313	12522314	1
Deletion	Chr3	19554750	19554905	155
Deletion	Chr10	21940482	21940488	6
Deletion	Chr8	22416001	22509000	92999	9
Deletion	Chr3	23551735	23551737	2

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	21612212	21612214	3
Insertion	Chr11	22105273	22105273	1
Insertion	Chr2	9034220	9034258	39
Insertion	Chr4	34971512	34971513	2
Insertion	Chr5	15908074	15908075	2
Insertion	Chr7	172770	172770	1
Insertion	Chr9	5350854	5350854	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	18629094	19057221	2
Inversion	Chr1	18629225	19057229	2
Inversion	Chr4	28400080	29216832
Inversion	Chr4	28400086	29216841

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	13786042	Chr1	2752196
Translocation	Chr10	16394812	Chr9	19091217
Translocation	Chr12	16446401	Chr7	11777249	LOC_Os12g27900
Translocation	Chr4	17940255	Chr2	13401460	LOC_Os04g30040
Translocation	Chr7	19727658	Chr2	30795966	2
Translocation	Chr9	19952415	Chr8	22523310	2
Translocation	Chr9	19952439	Chr8	22506660	2

Main menu