Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2479 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2479 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 47

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	24829076	C-T	HET
SBS	Chr1	24829079	T-A	HET
SBS	Chr1	24829082	G-A	HET
SBS	Chr1	34011789	G-A	HET
SBS	Chr1	4899764	A-T	HET
SBS	Chr1	608843	T-C	HET
SBS	Chr10	19497644	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g36440
SBS	Chr11	18079249	T-A	HET
SBS	Chr11	3093856	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g06410
SBS	Chr11	774148	A-G	Homo
SBS	Chr12	12662798	G-A	Homo
SBS	Chr12	19633101	C-T	Homo
SBS	Chr12	27305253	T-C	HET
SBS	Chr12	9707158	G-A	HET
SBS	Chr2	17058106	G-A	HET
SBS	Chr2	21027792	A-G	HET
SBS	Chr2	22011481	C-T	HET
SBS	Chr2	23343033	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g38620
SBS	Chr2	75568	T-C	Homo
SBS	Chr3	23699864	C-T	HET
SBS	Chr3	31621087	T-C	HET
SBS	Chr3	4923644	G-A	HET
SBS	Chr3	6288325	C-A	HET
SBS	Chr3	6288329	G-A	HET
SBS	Chr3	6288330	C-A	HET
SBS	Chr3	7035662	G-A	HET
SBS	Chr3	9238544	T-C	HET
SBS	Chr4	10564072	G-A	HET
SBS	Chr4	15368376	A-G	HET
SBS	Chr4	18426121	C-T	HET
SBS	Chr4	26718284	G-A	HET
SBS	Chr4	5268243	A-T	HET
SBS	Chr4	8826249	C-A	HET
SBS	Chr5	10329747	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g17970
SBS	Chr5	9928927	A-G	HET
SBS	Chr6	2838128	A-G	HET
SBS	Chr6	4861483	G-A	HET
SBS	Chr7	17732185	C-T	HET
SBS	Chr7	20499252	G-A	Homo
SBS	Chr8	1127362	G-C	HET
SBS	Chr8	1801665	T-C	HET
SBS	Chr8	19207274	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g31090
SBS	Chr8	25751840	C-A	HET
SBS	Chr9	13579940	G-C	HET
SBS	Chr9	14374182	C-A	HET
SBS	Chr9	6459630	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g11580
SBS	Chr9	916386	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g02260

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	906690	906692	2	LOC_Os04g02500
Deletion	Chr2	1120980	1120981	1
Deletion	Chr2	4536027	4536028	1
Deletion	Chr4	4899846	4899853	7
Deletion	Chr1	7276506	7276508	2	LOC_Os01g13070
Deletion	Chr12	7845340	7845356	16
Deletion	Chr9	9139061	9139071	10
Deletion	Chr8	9434926	9434928	2	LOC_Os08g15510
Deletion	Chr6	9913567	9913574	7	LOC_Os06g17100
Deletion	Chr4	9975325	9975326	1
Deletion	Chr6	10704890	10704900	10
Deletion	Chr8	17115670	17115682	12
Deletion	Chr5	17184534	17184540	6
Deletion	Chr2	22006453	22006464	11
Deletion	Chr4	26310286	26310301	15
Deletion	Chr7	28463304	28463305	1
Deletion	Chr5	28778124	28778127	3

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	4839965	4839966	2
Insertion	Chr11	17738803	17738838	36
Insertion	Chr3	31582346	31582347	2
Insertion	Chr4	8829783	8829789	7
Insertion	Chr5	10837772	10837773	2
Insertion	Chr9	14806864	14806865	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	24383674	24660388	LOC_Os01g42850
Inversion	Chr1	24383677	24447883	LOC_Os01g42850

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	917459	Chr8	1472857	2
Translocation	Chr9	917879	Chr8	1472858	2
Translocation	Chr11	23368411	Chr5	13251370

Main menu