Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2483 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2483 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 46

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	17090628	G-A	HET
SBS	Chr1	34028700	G-A	HET
SBS	Chr1	3464411	C-T	Homo
SBS	Chr10	15789543	T-C	HET
SBS	Chr10	16398581	A-T	HET
SBS	Chr10	4031397	A-C	HET
SBS	Chr11	10711923	C-T	HET
SBS	Chr11	779285	G-T	HET
SBS	Chr11	8177193	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g14560
SBS	Chr12	16966714	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g28720
SBS	Chr12	8818600	A-G	Homo
SBS	Chr12	9367766	G-A	HET
SBS	Chr2	15003444	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g25650
SBS	Chr2	1742207	G-A	HET
SBS	Chr2	20829353	C-G	Homo
SBS	Chr2	27639282	A-G	HET
SBS	Chr2	29838237	T-C	HET
SBS	Chr2	34179652	G-A	HET
SBS	Chr2	5996139	A-G	Homo
SBS	Chr3	1102155	T-A	HET
SBS	Chr3	18765556	G-A	HET
SBS	Chr3	5131342	A-T	Homo
SBS	Chr3	742182	A-G	HET
SBS	Chr4	17310287	G-T	Homo
SBS	Chr4	21472659	G-A	HET
SBS	Chr4	9626315	G-A	Homo
SBS	Chr5	13001297	A-G	HET
SBS	Chr5	22714516	A-T	HET
SBS	Chr5	3310492	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g06450
SBS	Chr6	15888829	G-C	HET
SBS	Chr6	16379152	A-T	HET
SBS	Chr6	22130406	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os06g37430
SBS	Chr6	30438926	G-A	HET
SBS	Chr6	31247434	C-T	HET
SBS	Chr6	7770711	C-A	HET
SBS	Chr7	12957884	G-A	HET
SBS	Chr7	15049283	C-T	HET
SBS	Chr7	25697288	A-G	HET
SBS	Chr8	1921264	C-T	HET
SBS	Chr8	24679402	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g39060
SBS	Chr8	2654860	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g05130
SBS	Chr8	28027127	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g44570
SBS	Chr8	5194750	G-A	Homo
SBS	Chr8	6821609	G-A	HET
SBS	Chr8	7854792	C-T	HET
SBS	Chr9	3976002	T-A	HET

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	3492770	3492788	18	LOC_Os04g06630
Deletion	Chr2	5392290	5392292	2	LOC_Os02g10270
Deletion	Chr11	7514001	7549000	34999	2
Deletion	Chr11	7583001	7846000	262999	31
Deletion	Chr11	7848001	8114000	265999	36
Deletion	Chr3	7901936	7901939	3
Deletion	Chr2	8558720	8558721	1
Deletion	Chr7	11531610	11531621	11
Deletion	Chr3	11659702	11659703	1
Deletion	Chr7	17051582	17051584	2
Deletion	Chr6	20153001	20237000	83999	12
Deletion	Chr1	25881077	25881078	1
Deletion	Chr8	27327049	27327059	10
Deletion	Chr5	27585568	27585574	6	LOC_Os05g48120
Deletion	Chr3	30712826	30712831	5

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr3	1144355	1144356	2
Insertion	Chr5	1631783	1631783	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	30788560	30968256
Inversion	Chr4	30788567	30968256

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr3	5103217	Chr2	18864796
Translocation	Chr3	5103257	Chr2	18855059
Translocation	Chr5	7269477	Chr3	19922767	LOC_Os05g12660
Translocation	Chr4	16720534	Chr1	11768733
Translocation	Chr11	26139238	Chr10	12950179
Translocation	Chr3	26192657	Chr2	18855815
Translocation	Chr2	30546431	Chr1	28715578	2
Translocation	Chr2	30546437	Chr1	27076643	LOC_Os02g49992

Main menu