Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2487 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2487 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 44

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1925747	G-A	HET
SBS	Chr1	21067000	G-A	HET
SBS	Chr1	23666699	T-C	Homo
SBS	Chr1	33335671	C-A	HET
SBS	Chr1	5939004	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g11120
SBS	Chr1	7056253	T-C	Homo
SBS	Chr1	7149793	G-C	Homo
SBS	Chr10	1056934	G-A	HET
SBS	Chr10	13326543	C-T	Homo
SBS	Chr10	14585146	C-A	Homo
SBS	Chr10	15884726	T-C	Homo
SBS	Chr10	605510	C-T	HET
SBS	Chr10	610342	C-T	HET
SBS	Chr11	13416361	G-A	HET
SBS	Chr11	21621986	G-A	HET
SBS	Chr11	3895497	C-A	HET
SBS	Chr11	6081515	A-T	HET
SBS	Chr11	8339442	A-G	HET
SBS	Chr11	9836790	T-G	HET
SBS	Chr11	9836791	C-T	HET
SBS	Chr11	9836793	T-C	HET
SBS	Chr2	34613728	G-A	HET
SBS	Chr2	34620121	A-G	HET
SBS	Chr3	16242158	C-T	HET
SBS	Chr3	35078932	A-T	HET
SBS	Chr4	13438843	G-C	HET
SBS	Chr4	17420572	A-T	HET
SBS	Chr4	30667733	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g51750
SBS	Chr4	35001078	G-A	HET
SBS	Chr4	6719489	C-T	Homo
SBS	Chr5	10057985	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g17520
SBS	Chr5	12403390	T-G	HET
SBS	Chr5	15199249	T-C	HET
SBS	Chr5	22661784	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g38650
SBS	Chr6	1194264	C-T	HET
SBS	Chr6	22435748	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g37890
SBS	Chr7	11105879	C-T	Homo
SBS	Chr7	11628812	A-G	HET
SBS	Chr7	13250191	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g23460
SBS	Chr8	20608268	A-C	HET
SBS	Chr8	26081533	C-T	Homo
SBS	Chr8	6586573	A-T	HET
SBS	Chr9	14914813	G-C	HET
SBS	Chr9	2753960	G-A	HET

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	3036196	3036197	1
Deletion	Chr2	7719634	7719638	4
Deletion	Chr8	9180409	9180411	2
Deletion	Chr9	15726921	15726925	4
Deletion	Chr8	18129526	18129536	10	LOC_Os08g29570
Deletion	Chr7	18738391	18738392	1
Deletion	Chr3	20841838	20841839	1
Deletion	Chr7	22154393	22154396	3
Deletion	Chr5	25025707	25025708	1
Deletion	Chr6	25586820	25586873	53
Deletion	Chr11	27267610	27267632	22
Deletion	Chr8	27840796	27840803	7
Deletion	Chr3	35554835	35554836	1

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	18673792	18673794	3
Insertion	Chr4	9549950	9549950	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	33344125	34012178	LOC_Os01g57670

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	1166564	Chr7	22961723	2
Translocation	Chr10	1166572	Chr1	7108054	2
Translocation	Chr10	1167907	Chr1	7108058	2
Translocation	Chr10	1167914	Chr7	22963129	2
Translocation	Chr4	3220802	Chr2	19314573
Translocation	Chr5	11149282	Chr4	17545687	2

Main menu