Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2488 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2488 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 48

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11282513	C-A	HET
SBS	Chr1	20610187	A-G	HET
SBS	Chr1	20647070	T-A	HET
SBS	Chr1	20647071	A-T	HET
SBS	Chr1	21174380	C-T	HET
SBS	Chr10	10178414	A-T	HET
SBS	Chr10	11472947	C-T	HET
SBS	Chr10	13193253	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g25502
SBS	Chr10	7214784	C-G	HET
SBS	Chr10	90497	A-G	HET
SBS	Chr11	13496192	G-A	HET
SBS	Chr11	19914628	G-T	Homo
SBS	Chr11	19914630	C-T	Homo
SBS	Chr12	15802233	G-A	HET
SBS	Chr12	25117424	T-G	HET
SBS	Chr12	4178375	A-G	HET
SBS	Chr12	499998	A-T	Homo
SBS	Chr12	9012378	C-A	HET
SBS	Chr12	9422853	T-G	HET
SBS	Chr2	10414775	C-T	HET
SBS	Chr2	10647068	A-G	HET
SBS	Chr2	33823068	A-G	Homo
SBS	Chr2	3739493	G-A	HET
SBS	Chr3	10441100	A-G	HET
SBS	Chr3	18176125	G-A	Homo
SBS	Chr3	33578304	A-T	HET
SBS	Chr4	12915332	G-C	Homo
SBS	Chr4	34782242	A-T	Homo
SBS	Chr5	13505681	T-G	Homo
SBS	Chr5	27271858	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g47600
SBS	Chr6	10447007	G-C	HET
SBS	Chr6	13234703	C-G	Homo
SBS	Chr6	15276078	C-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g26110
SBS	Chr6	15278476	G-A	Homo
SBS	Chr6	23225288	T-C	Homo
SBS	Chr6	7314488	T-C	Homo
SBS	Chr7	28376166	A-T	HET
SBS	Chr7	433011	G-T	HET
SBS	Chr8	1139200	C-A	HET
SBS	Chr8	27626233	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g43710
SBS	Chr8	6467704	C-A	Homo
SBS	Chr9	13245491	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g21870
SBS	Chr9	15477455	T-A	HET
SBS	Chr9	21170117	G-A	HET
SBS	Chr9	3240767	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g06780
SBS	Chr9	6701922	T-A	Homo
SBS	Chr9	9568501	C-T	Homo
SBS	Chr9	9884966	A-T	HET

Deletions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	1388829	1388831	2
Deletion	Chr9	4337283	4337295	12
Deletion	Chr9	6703503	6703504	1
Deletion	Chr4	8423163	8423165	2
Deletion	Chr7	11187482	11187494	12
Deletion	Chr9	12787862	12787863	1
Deletion	Chr8	14277001	14363000	85999	15
Deletion	Chr4	22364664	22364665	1
Deletion	Chr2	29245590	29245594	4
Deletion	Chr1	30203920	30203933	13

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr7	10800550	10800551	2
Insertion	Chr9	13367940	13367941	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	6322893	6937428
Inversion	Chr9	6322918	6937434

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	623345	Chr3	22576444
Translocation	Chr4	17332459	Chr3	16470547	LOC_Os04g29224
Translocation	Chr7	18180329	Chr4	3889343	2
Translocation	Chr6	21595078	Chr3	25930994
Translocation	Chr3	32459929	Chr1	26315888

Main menu