Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2491 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2491 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 44

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	16821871	A-G	Homo
SBS	Chr1	38466652	G-T	Homo
SBS	Chr10	9986519	G-A	HET
SBS	Chr11	11557314	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g20060
SBS	Chr11	14100823	T-C	HET
SBS	Chr11	9306784	G-A	HET
SBS	Chr12	1739459	A-T	HET
SBS	Chr2	10616940	G-T	HET
SBS	Chr2	12099505	C-T	HET
SBS	Chr2	13501169	C-T	HET
SBS	Chr2	17614889	T-A	HET
SBS	Chr2	18664707	T-C	HET
SBS	Chr2	21662343	A-G	HET
SBS	Chr2	27517627	G-C	HET
SBS	Chr3	10857045	G-C	HET
SBS	Chr3	1116525	T-G	Homo
SBS	Chr3	14811287	G-A	HET
SBS	Chr3	15960548	C-G	HET
SBS	Chr3	24322335	G-A	HET
SBS	Chr3	24922299	T-C	HET
SBS	Chr3	31314605	A-C	HET
SBS	Chr3	31543308	C-T	HET
SBS	Chr4	19304878	A-G	HET
SBS	Chr4	22180849	C-T	Homo
SBS	Chr4	25068283	T-C	HET
SBS	Chr4	4638763	A-G	HET
SBS	Chr4	7596475	G-A	HET
SBS	Chr5	10893660	C-T	HET
SBS	Chr5	19458873	C-T	HET
SBS	Chr5	1965199	A-G	Homo
SBS	Chr5	26395164	C-T	Homo
SBS	Chr6	12351610	C-T	HET
SBS	Chr6	15260964	G-C	HET
SBS	Chr6	27270839	C-T	HET
SBS	Chr7	13405394	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g23740
SBS	Chr7	13405395	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g23740
SBS	Chr7	3617178	C-G	Homo
SBS	Chr7	5775687	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g10630
SBS	Chr7	6712081	G-A	HET
SBS	Chr8	10739290	A-T	HET
SBS	Chr8	26087510	A-C	HET
SBS	Chr8	5529812	C-T	HET
SBS	Chr8	6481005	G-T	HET
SBS	Chr8	8359394	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g13950

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	1938415	1938466	51
Deletion	Chr10	11202682	11202690	8
Deletion	Chr10	11980246	11980254	8
Deletion	Chr3	13004870	13004873	3
Deletion	Chr7	13592811	13592817	6
Deletion	Chr7	17632100	17632179	79
Deletion	Chr5	20357940	20357941	1
Deletion	Chr4	23530341	23530344	3
Deletion	Chr1	24911001	24940000	28999	3

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	6412191	6412247	57
Insertion	Chr2	7739877	7739877	1
Insertion	Chr3	1520615	1520618	4
Insertion	Chr5	6127134	6127134	1

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	578358	817784	LOC_Os03g01940
Inversion	Chr3	587517	817803
Inversion	Chr2	12335964	12538982	LOC_Os02g20860
Inversion	Chr2	12335967	12538988	LOC_Os02g20860
Inversion	Chr1	24542527	24911514	LOC_Os01g43030
Inversion	Chr1	24542542	24934063	LOC_Os01g43030

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	3071262	Chr3	13348750	LOC_Os04g05940
Translocation	Chr8	5655158	Chr2	32711057	2
Translocation	Chr8	18628695	Chr4	2530353	2
Translocation	Chr12	20535475	Chr1	34375468
Translocation	Chr7	23618647	Chr4	7497213

Main menu