Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2492 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2492 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 58

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	30694789	G-A	HET
SBS	Chr1	33219630	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g57490
SBS	Chr1	38430514	T-C	Homo
SBS	Chr10	19853939	C-T	Homo
SBS	Chr10	1993000	C-T	Homo
SBS	Chr10	23035404	T-A	HET
SBS	Chr10	5994187	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g10830
SBS	Chr11	16353231	C-A	HET
SBS	Chr11	18838613	G-A	HET
SBS	Chr11	2066897	G-T	Homo
SBS	Chr11	2066898	G-T	Homo
SBS	Chr12	14149002	T-A	Homo
SBS	Chr12	14149003	T-A	Homo
SBS	Chr12	20188957	T-A	HET
SBS	Chr12	21210817	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g34850
SBS	Chr12	23106179	T-A	HET
SBS	Chr12	23300437	T-G	HET
SBS	Chr12	3903607	C-T	HET
SBS	Chr2	15245982	G-T	HET
SBS	Chr2	30406964	C-T	HET
SBS	Chr2	33921344	C-T	HET
SBS	Chr2	35151196	A-G	Homo
SBS	Chr2	7483263	T-A	Homo
SBS	Chr3	2206652	C-T	HET
SBS	Chr3	23252037	C-A	HET
SBS	Chr3	34481502	G-A	HET
SBS	Chr4	11786251	C-T	HET
SBS	Chr4	15238392	T-C	Homo
SBS	Chr4	23606028	T-C	HET
SBS	Chr4	24082594	C-T	HET
SBS	Chr4	26558096	G-T	HET
SBS	Chr4	27660060	G-T	HET
SBS	Chr4	29440165	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g49320
SBS	Chr5	20367278	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g34370
SBS	Chr5	28456346	A-G	HET
SBS	Chr6	19446481	C-T	HET
SBS	Chr6	19579612	A-G	HET
SBS	Chr6	22264997	C-G	Homo
SBS	Chr6	9577875	C-T	HET
SBS	Chr7	154846	G-T	HET
SBS	Chr7	154847	C-T	HET
SBS	Chr7	21476762	C-T	HET
SBS	Chr7	3349987	G-A	HET
SBS	Chr7	3349993	G-T	HET
SBS	Chr7	4719405	T-C	HET
SBS	Chr8	12174300	G-A	HET
SBS	Chr8	15510727	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g25490
SBS	Chr8	16188026	G-A	HET
SBS	Chr8	18509626	G-T	HET
SBS	Chr8	18571029	G-A	HET
SBS	Chr9	15192263	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g25360
SBS	Chr9	15930720	A-G	HET
SBS	Chr9	16340052	G-C	HET
SBS	Chr9	19283877	C-G	HET
SBS	Chr9	22517764	C-A	HET
SBS	Chr9	2994578	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g06370
SBS	Chr9	390643	G-A	HET
SBS	Chr9	529484	C-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g01760

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	1155329	1155332	3	LOC_Os08g02750
Deletion	Chr10	1220827	1220828	1	LOC_Os10g02960
Deletion	Chr5	1247255	1247256	1
Deletion	Chr12	2690517	2690519	2
Deletion	Chr8	3218084	3218085	1
Deletion	Chr7	3373715	3373716	1	LOC_Os07g06900
Deletion	Chr9	4447153	4447158	5
Deletion	Chr7	5670279	5670286	7
Deletion	Chr12	7671043	7671044	1
Deletion	Chr6	7836645	7836646	1
Deletion	Chr4	12966070	12966074	4
Deletion	Chr12	16581631	16581633	2
Deletion	Chr12	19590880	19590887	7
Deletion	Chr3	20186052	20186053	1
Deletion	Chr5	22309416	22309418	2
Deletion	Chr2	31550645	31550646	1

No Insertion

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	3321392	3348933	LOC_Os07g06810
Inversion	Chr7	3321406	3348935	LOC_Os07g06810
Inversion	Chr5	28338298	28582047	2
Inversion	Chr5	28338304	28582047	2

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr4	3844939	Chr3	13382505
Translocation	Chr12	6808508	Chr11	13095586
Translocation	Chr8	15028135	Chr7	11295813

Main menu

You are here

Search Nipponbare