Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2496 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2496 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	14137892	C-T	HET
SBS	Chr1	36121606	G-C	HET
SBS	Chr1	39159341	A-G	Homo
SBS	Chr1	418332	A-C	Homo
SBS	Chr10	20675862	T-C	HET
SBS	Chr10	4530013	G-T	HET
SBS	Chr10	7905727	C-A	HET
SBS	Chr11	15823923	T-G	HET
SBS	Chr11	16471465	G-C	HET
SBS	Chr11	19219264	C-T	HET	SPLICE_SITE_ACCEPTOR	LOC_Os11g32570
SBS	Chr11	9516000	A-T	HET
SBS	Chr12	23052992	C-T	HET
SBS	Chr12	23908737	T-C	HET
SBS	Chr12	24046592	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g39090
SBS	Chr12	26826081	A-C	Homo
SBS	Chr2	12199549	T-C	HET
SBS	Chr3	12804076	T-G	HET
SBS	Chr3	16800637	A-T	HET
SBS	Chr3	26026966	G-A	Homo
SBS	Chr4	10508169	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g18900
SBS	Chr4	134244	T-A	HET
SBS	Chr4	16158910	T-A	HET
SBS	Chr4	27466384	A-C	Homo
SBS	Chr4	29515181	A-G	HET
SBS	Chr4	3041171	A-G	HET
SBS	Chr4	32781639	C-T	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os04g55140
SBS	Chr5	1029435	A-G	Homo
SBS	Chr5	28767865	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g50200
SBS	Chr5	9553608	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g16780
SBS	Chr6	14642080	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g24990
SBS	Chr6	19898757	A-T	HET
SBS	Chr6	30062107	C-T	HET
SBS	Chr6	410891	G-A	Homo
SBS	Chr7	13351845	C-G	HET
SBS	Chr7	6510029	A-G	HET
SBS	Chr7	8397041	T-C	HET
SBS	Chr8	5011929	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g08655
SBS	Chr9	14283565	C-A	HET
SBS	Chr9	4085193	G-A	HET
SBS	Chr9	4621560	A-G	HET
SBS	Chr9	9676857	G-T	HET

Deletions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	2782508	2782520	12
Deletion	Chr10	6202335	6202339	4	LOC_Os10g11190
Deletion	Chr9	9638549	9638550	1
Deletion	Chr11	14025917	14025932	15
Deletion	Chr2	16909125	16909133	8
Deletion	Chr1	20070174	20070178	4	LOC_Os01g36250
Deletion	Chr5	29421915	29421916	1	LOC_Os05g51290

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	26147100	26147101	2
Insertion	Chr7	28467178	28467179	2

No Inversion

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	6943691	Chr8	5173800	2
Translocation	Chr4	7871808	Chr2	34491843
Translocation	Chr11	10218476	Chr2	2716298

Main menu