Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2498 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2498 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 43

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10077784	A-T	HET
SBS	Chr1	16998445	T-C	HET
SBS	Chr1	17090789	G-A	Homo
SBS	Chr1	17090790	G-A	Homo
SBS	Chr1	35041848	C-T	HET
SBS	Chr1	36967912	T-G	HET
SBS	Chr1	7710828	C-T	HET
SBS	Chr10	15941827	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g30620
SBS	Chr10	15982657	C-A	HET
SBS	Chr10	21786126	A-G	HET
SBS	Chr11	15179970	C-T	HET
SBS	Chr11	19559078	A-T	HET
SBS	Chr11	25637723	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g42590
SBS	Chr11	3356001	A-T	HET
SBS	Chr12	10317222	T-C	HET
SBS	Chr12	17082557	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g28890
SBS	Chr12	2478991	T-A	Homo
SBS	Chr12	2666454	G-A	Homo
SBS	Chr12	4325257	C-A	HET
SBS	Chr12	5505293	G-C	HET
SBS	Chr12	7730374	T-C	HET
SBS	Chr2	20114884	C-T	HET
SBS	Chr2	20902230	T-A	HET
SBS	Chr2	23827789	C-T	HET
SBS	Chr2	5980765	G-T	HET
SBS	Chr3	352718	G-T	HET
SBS	Chr4	22569268	A-T	HET
SBS	Chr4	4379698	G-A	HET
SBS	Chr5	14147920	G-A	HET
SBS	Chr5	16360028	G-T	HET
SBS	Chr5	17264713	T-C	HET
SBS	Chr5	9470733	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g16670
SBS	Chr6	15914095	G-T	HET
SBS	Chr7	10998431	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g18610
SBS	Chr7	15238251	A-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g26490
SBS	Chr7	24068638	C-G	HET
SBS	Chr8	10945899	G-A	HET
SBS	Chr8	1183354	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g02820
SBS	Chr8	8807498	C-T	Homo
SBS	Chr9	11377348	C-T	Homo
SBS	Chr9	16551719	A-T	HET
SBS	Chr9	17964797	T-A	HET
SBS	Chr9	9348074	C-T	HET

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	847879	847883	4
Deletion	Chr8	5233245	5233252	7
Deletion	Chr11	8431001	8592000	160999	25
Deletion	Chr6	8768357	8768365	8
Deletion	Chr7	10500679	10500682	3
Deletion	Chr7	15190645	15190652	7
Deletion	Chr1	22110586	22110590	4
Deletion	Chr8	27820285	27820287	2
Deletion	Chr6	30658001	30730000	71999	12

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	3959845	3959846	2
Insertion	Chr2	32801646	32801646	1
Insertion	Chr6	7629182	7629183	2
Insertion	Chr8	13642396	13642396	1	LOC_Os08g22680
Insertion	Chr9	5809357	5809358	2

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	18807135	18841789	LOC_Os01g34140

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	4920900	Chr1	19588631
Translocation	Chr6	16552093	Chr4	2748318	2
Translocation	Chr8	19774183	Chr5	12662789
Translocation	Chr12	27043817	Chr11	20669201

Main menu