Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2530-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2530-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Low (Between 25% and 75%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 67

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10001963	C-T	Homo
SBS	Chr1	13806447	T-A	HET
SBS	Chr1	19467871	T-G	HET
SBS	Chr1	21185871	T-C	HET
SBS	Chr1	24760932	G-A	HET
SBS	Chr1	28764847	G-A	HET
SBS	Chr1	29494400	A-T	HET
SBS	Chr1	31862607	C-T	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os01g55350
SBS	Chr1	31862610	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g55350
SBS	Chr1	32927602	C-A	HET
SBS	Chr1	40400482	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g69910
SBS	Chr1	42949979	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g74146
SBS	Chr10	10282296	C-T	HET
SBS	Chr10	1181874	T-C	HET
SBS	Chr10	16679904	G-A	Homo
SBS	Chr11	17241130	C-A	HET
SBS	Chr11	2448756	A-T	HET
SBS	Chr11	27094790	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os11g44770
SBS	Chr11	5323856	T-C	HET
SBS	Chr12	10790095	C-T	HET
SBS	Chr12	23794342	T-A	HET
SBS	Chr12	24268854	T-C	HET
SBS	Chr12	8504470	G-A	HET
SBS	Chr12	8991030	A-G	HET
SBS	Chr2	14016733	C-A	HET
SBS	Chr2	14107638	G-A	HET
SBS	Chr2	2667902	A-C	Homo
SBS	Chr2	27793085	G-A	HET
SBS	Chr2	32453312	G-A	HET
SBS	Chr2	5538029	T-C	Homo
SBS	Chr3	14834340	G-T	HET
SBS	Chr3	2336111	C-A	HET
SBS	Chr3	4110149	A-C	HET
SBS	Chr3	8084689	C-T	HET
SBS	Chr3	9909611	T-C	HET
SBS	Chr4	10365844	C-T	HET
SBS	Chr4	10901030	G-A	HET
SBS	Chr4	18523035	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os04g31000
SBS	Chr4	19121208	C-T	HET
SBS	Chr4	21774360	C-T	HET
SBS	Chr4	24045504	G-A	HET
SBS	Chr4	34290328	T-A	HET
SBS	Chr4	4134352	C-T	HET
SBS	Chr4	5498987	T-C	HET
SBS	Chr4	8008659	G-T	HET
SBS	Chr5	12346882	C-T	HET
SBS	Chr5	15198495	A-T	HET
SBS	Chr5	20885730	C-T	HET
SBS	Chr5	23098994	T-C	HET
SBS	Chr5	3962042	C-T	HET
SBS	Chr5	4285383	G-A	HET
SBS	Chr6	19312814	A-G	HET
SBS	Chr7	12331403	G-A	HET
SBS	Chr7	13685678	G-A	HET
SBS	Chr7	17963160	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g30350
SBS	Chr7	21242475	A-G	HET
SBS	Chr7	2250178	C-T	HET
SBS	Chr7	23145189	C-A	HET
SBS	Chr7	23145190	G-T	HET
SBS	Chr7	2764258	G-C	HET
SBS	Chr7	707138	A-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g02230
SBS	Chr8	11460556	C-A	HET
SBS	Chr8	13646410	T-A	HET
SBS	Chr8	16888952	T-G	HET
SBS	Chr9	12816741	C-A	Homo
SBS	Chr9	17619013	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g28970
SBS	Chr9	4375595	C-A	Homo

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	711653	711664	11	LOC_Os07g02230
Deletion	Chr7	825875	825879	4
Deletion	Chr7	7492773	7492796	23
Deletion	Chr5	8659004	8659011	7	LOC_Os05g15270
Deletion	Chr12	9893643	9893648	5	LOC_Os12g17290
Deletion	Chr7	10506161	10506162	1	LOC_Os07g17780
Deletion	Chr8	11969940	11969949	9
Deletion	Chr3	13362876	13362877	1	LOC_Os03g23110
Deletion	Chr10	14374939	14374998	59
Deletion	Chr4	15155954	15155957	3
Deletion	Chr4	16400838	16400839	1
Deletion	Chr7	22514502	22514511	9
Deletion	Chr7	27955976	27955977	1

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	12472073	12472073	1
Insertion	Chr11	27121659	27121698	40
Insertion	Chr12	2006830	2006830	1
Insertion	Chr3	26761919	26761980	62
Insertion	Chr8	25744699	25744700	2

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	19453574	20359192	LOC_Os11g32940

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr9	8941257	Chr1	30237136
Translocation	Chr8	17137888	Chr6	574442
Translocation	Chr11	17315139	Chr7	8152570
Translocation	Chr10	19654441	Chr4	6991375

Main menu

You are here

Search Nipponbare