Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2532-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2532-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 56

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13754678	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g24400
SBS	Chr1	15250914	G-A	Homo
SBS	Chr1	21175729	T-G	Homo
SBS	Chr1	35673161	T-C	HET
SBS	Chr1	4589000	T-A	Homo
SBS	Chr10	16604199	C-A	HET
SBS	Chr10	19000472	A-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g35520
SBS	Chr10	19685111	A-G	Homo
SBS	Chr10	19906079	G-A	Homo
SBS	Chr10	20353515	G-A	HET
SBS	Chr10	4467612	A-G	Homo
SBS	Chr10	6899542	C-A	HET
SBS	Chr11	17605259	C-A	HET
SBS	Chr11	718187	A-G	HET
SBS	Chr11	9029660	G-A	HET
SBS	Chr12	10256042	A-G	HET
SBS	Chr12	17340270	C-T	HET
SBS	Chr12	19769488	C-T	HET
SBS	Chr12	20265836	T-C	Homo
SBS	Chr12	2167369	T-A	HET
SBS	Chr12	530904	C-A	HET
SBS	Chr2	21094546	T-C	HET
SBS	Chr2	24908678	A-G	HET
SBS	Chr2	31073761	G-T	HET
SBS	Chr2	31073762	C-G	HET
SBS	Chr2	32047420	G-A	HET
SBS	Chr3	12058563	G-A	HET
SBS	Chr3	17373061	C-T	HET
SBS	Chr3	1850871	G-A	HET
SBS	Chr3	24671974	G-T	HET
SBS	Chr3	29366049	T-A	HET
SBS	Chr3	29419488	C-A	HET
SBS	Chr3	35310576	T-C	HET
SBS	Chr3	35310578	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g62330
SBS	Chr3	7824293	C-A	Homo
SBS	Chr4	12633186	T-C	Homo
SBS	Chr4	25834734	C-T	Homo
SBS	Chr4	30836904	C-T	Homo
SBS	Chr4	4033350	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g07580
SBS	Chr4	7781153	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g13930
SBS	Chr5	13021081	C-T	HET
SBS	Chr5	23513317	G-T	HET
SBS	Chr5	4948002	T-C	HET
SBS	Chr6	6896498	C-G	Homo
SBS	Chr7	11174262	G-T	HET
SBS	Chr8	13381137	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g22180
SBS	Chr8	13509310	G-A	HET
SBS	Chr8	17481549	A-T	HET
SBS	Chr8	21686661	T-C	HET
SBS	Chr8	24278158	C-G	HET
SBS	Chr8	6902174	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g11780
SBS	Chr8	7441935	A-G	HET
SBS	Chr9	11382828	C-A	HET
SBS	Chr9	5354338	G-A	HET
SBS	Chr9	6486653	C-G	HET
SBS	Chr9	6529411	G-A	HET

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	144528	144532	4	LOC_Os04g01200
Deletion	Chr2	333476	333478	2
Deletion	Chr3	1707331	1707332	1	LOC_Os03g03790
Deletion	Chr6	4298285	4298287	2
Deletion	Chr11	4482001	4567000	84999	10
Deletion	Chr12	4484327	4484338	11
Deletion	Chr11	6358279	6358282	3
Deletion	Chr1	7465223	7465224	1
Deletion	Chr6	13856786	13856788	2
Deletion	Chr10	14948665	14948666	1
Deletion	Chr3	16999129	16999131	2
Deletion	Chr8	20599442	20599447	5
Deletion	Chr5	21289060	21289061	1	LOC_Os05g35890
Deletion	Chr2	24990426	24990427	1

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr3	11892654	11892654	1
Insertion	Chr4	8953676	8953701	26

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	17719170	17848398
Inversion	Chr10	17719194	17846023
Inversion	Chr1	31099779	31475655	2
Inversion	Chr1	31099791	31475656	2
Inversion	Chr3	31586622	31723120
Inversion	Chr3	31586630	31723134

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	19754201	Chr1	24031476
Translocation	Chr11	26972550	Chr1	35452941	2

Main menu