Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2534-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2534-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 42

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1115371	G-A	Homo
SBS	Chr1	13064438	T-A	HET
SBS	Chr1	17501803	T-C	HET
SBS	Chr10	1376937	G-A	HET
SBS	Chr10	14168185	T-C	HET
SBS	Chr10	18742272	T-A	HET
SBS	Chr10	4879600	A-G	Homo
SBS	Chr10	6308680	C-T	HET
SBS	Chr11	14484586	C-G	HET
SBS	Chr11	26577316	A-G	HET
SBS	Chr12	23928232	G-T	HET
SBS	Chr12	5479710	G-C	HET
SBS	Chr12	9056552	A-G	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os12g15910
SBS	Chr12	9328952	C-T	HET
SBS	Chr12	9684255	G-A	HET
SBS	Chr2	13999526	C-T	HET
SBS	Chr2	17163375	G-A	HET
SBS	Chr2	20907679	T-A	Homo
SBS	Chr3	11061730	C-G	HET
SBS	Chr3	1270478	G-A	HET
SBS	Chr3	16717935	A-G	HET
SBS	Chr3	21878728	T-C	HET
SBS	Chr3	28984926	A-G	HET
SBS	Chr3	31076350	G-A	HET
SBS	Chr3	3244872	A-G	HET
SBS	Chr3	34226352	A-G	HET
SBS	Chr3	5606504	A-T	HET
SBS	Chr3	9988390	C-T	HET
SBS	Chr4	1458727	A-G	HET
SBS	Chr4	1632060	G-A	HET
SBS	Chr4	33221925	G-C	Homo
SBS	Chr5	16015816	T-G	HET
SBS	Chr5	18096870	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g31130
SBS	Chr5	19874010	G-A	HET
SBS	Chr5	4748177	T-C	HET
SBS	Chr7	10371517	G-C	HET
SBS	Chr7	12835817	C-T	HET
SBS	Chr7	26185259	G-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g43760
SBS	Chr8	23516522	T-A	HET
SBS	Chr8	2978767	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g05570
SBS	Chr8	4724859	A-T	HET
SBS	Chr9	6179294	C-T	Homo

Deletions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	2245510	2245596	86
Deletion	Chr6	4086292	4086293	1
Deletion	Chr6	13279523	13279525	2
Deletion	Chr5	18442001	18529000	86999	14
Deletion	Chr1	28618913	28618916	3

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	20818991	20818991	1
Insertion	Chr12	20273415	20273416	2

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	16615553	16615779
Inversion	Chr10	17800638	17874823	2
Inversion	Chr10	17800642	17874824	2

Translocations: 11

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	728732	Chr2	13225535	2
Translocation	Chr8	6341621	Chr3	35852681	2
Translocation	Chr12	7544467	Chr7	15462258
Translocation	Chr10	10365795	Chr4	4782921	2
Translocation	Chr9	11617847	Chr4	13242539
Translocation	Chr2	11826338	Chr1	13052671	2
Translocation	Chr10	16394933	Chr4	27332032
Translocation	Chr6	19430213	Chr1	18784262	LOC_Os06g33350
Translocation	Chr11	22974698	Chr2	18690864
Translocation	Chr11	22995031	Chr5	24915608	2
Translocation	Chr11	27925434	Chr10	15149090

Main menu