Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2536-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2536-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 48

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	20873450	A-G	Homo
SBS	Chr1	30806257	C-T	HET
SBS	Chr1	30806259	A-G	HET
SBS	Chr1	30831252	A-G	HET
SBS	Chr10	20496538	C-T	HET
SBS	Chr10	20822716	A-T	HET
SBS	Chr10	2186417	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g04590
SBS	Chr10	22085297	G-T	HET
SBS	Chr11	13268182	G-A	HET
SBS	Chr11	18113222	A-C	HET
SBS	Chr11	24090258	G-T	HET
SBS	Chr11	24090259	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g40410
SBS	Chr12	22755942	G-A	Homo
SBS	Chr12	25142058	C-T	HET
SBS	Chr2	20806621	C-T	HET
SBS	Chr2	284857	C-T	HET
SBS	Chr2	29909884	C-T	HET
SBS	Chr2	6828613	C-T	HET
SBS	Chr2	6828614	A-T	HET
SBS	Chr3	22134400	C-T	HET
SBS	Chr3	30324618	A-C	Homo
SBS	Chr3	3149300	G-T	HET
SBS	Chr3	32704483	G-T	HET
SBS	Chr3	32704489	A-T	HET
SBS	Chr3	35923990	A-T	HET
SBS	Chr3	7379247	C-A	HET
SBS	Chr4	21521628	T-A	HET
SBS	Chr4	2885683	A-G	HET
SBS	Chr4	30588063	G-A	HET
SBS	Chr4	9546186	T-C	HET
SBS	Chr5	6101006	T-C	Homo
SBS	Chr5	818597	A-T	Homo
SBS	Chr6	12524160	A-T	HET
SBS	Chr6	17541483	C-T	HET
SBS	Chr6	2187615	T-C	HET
SBS	Chr6	9905546	A-G	HET
SBS	Chr7	18219804	C-A	HET
SBS	Chr7	20917841	T-C	HET
SBS	Chr8	13628218	T-A	HET
SBS	Chr8	14500603	G-T	HET
SBS	Chr8	22138060	C-T	HET
SBS	Chr8	6096031	G-T	HET
SBS	Chr9	11839845	G-A	Homo
SBS	Chr9	13005498	T-G	HET
SBS	Chr9	13676660	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g23120
SBS	Chr9	1446651	T-A	HET
SBS	Chr9	5587032	C-T	HET
SBS	Chr9	6267273	C-T	HET

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	114900	114902	2	LOC_Os09g01100
Deletion	Chr2	2069883	2069885	2
Deletion	Chr2	5214719	5214960	241
Deletion	Chr10	6927113	6927202	89	LOC_Os10g12450
Deletion	Chr2	11478211	11478213	2
Deletion	Chr6	15177261	15177262	1
Deletion	Chr5	15687543	15687544	1
Deletion	Chr12	17677841	17677842	1	LOC_Os12g29640
Deletion	Chr11	18064001	18107000	42999	7
Deletion	Chr11	21125157	21125158	1
Deletion	Chr12	25607692	25607694	2
Deletion	Chr2	34702382	34702383	1

Insertions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	19729900	19729900	1
Insertion	Chr1	5459380	5459399	20
Insertion	Chr1	6477024	6477025	2
Insertion	Chr11	20630907	20630907	1
Insertion	Chr11	23031529	23031550	22
Insertion	Chr12	19010696	19010699	4
Insertion	Chr2	1505963	1505963	1
Insertion	Chr3	2917220	2917221	2
Insertion	Chr3	33993649	33993649	1
Insertion	Chr5	22564676	22564676	1
Insertion	Chr5	2808568	2808571	4
Insertion	Chr7	18301570	18301570	1

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	6716133	6791263	2
Inversion	Chr2	6790586	7385991
Inversion	Chr2	6992431	7227132	LOC_Os02g13140
Inversion	Chr6	17144880	17292497
Inversion	Chr6	17144894	17292502

Translocations: 12

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	1263497	Chr3	517246	LOC_Os07g03210
Translocation	Chr6	1782647	Chr1	501401	2
Translocation	Chr8	3238789	Chr2	27313147
Translocation	Chr6	3477596	Chr1	10061955	2
Translocation	Chr10	7819385	Chr1	18654563
Translocation	Chr10	11440250	Chr3	13483592
Translocation	Chr7	17141775	Chr6	16283194	LOC_Os07g29240
Translocation	Chr12	20089674	Chr1	15765928
Translocation	Chr7	21037405	Chr3	36408720
Translocation	Chr12	21541411	Chr11	1259272
Translocation	Chr7	23370710	Chr2	19766170	LOC_Os07g38980
Translocation	Chr6	25380719	Chr4	6158937	LOC_Os06g42260

Main menu