Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2541-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2541-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 42

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	25859634	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g45540
SBS	Chr1	38629515	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g66510
SBS	Chr1	8265518	T-C	HET
SBS	Chr10	11903794	T-G	HET
SBS	Chr10	127063	T-C	HET
SBS	Chr11	11053096	T-C	HET
SBS	Chr11	1422184	T-C	HET
SBS	Chr11	14482559	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g25400
SBS	Chr11	9797479	C-G	HET
SBS	Chr12	11435225	A-G	HET
SBS	Chr12	2018286	A-T	Homo
SBS	Chr12	2018287	A-T	Homo
SBS	Chr2	21997219	T-C	HET
SBS	Chr2	26297844	T-A	HET
SBS	Chr2	8186455	A-G	Homo
SBS	Chr3	16678996	G-A	HET
SBS	Chr3	21581851	C-T	HET
SBS	Chr3	26835295	T-C	HET
SBS	Chr3	27624056	G-A	Homo
SBS	Chr3	29384236	C-T	HET
SBS	Chr3	30807356	A-C	Homo
SBS	Chr3	35162886	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g62060
SBS	Chr4	13631609	G-A	HET
SBS	Chr4	1568678	G-C	HET
SBS	Chr4	24800177	A-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g41850
SBS	Chr4	34445258	C-T	Homo
SBS	Chr4	347994	C-T	HET
SBS	Chr4	6062680	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g11150
SBS	Chr4	6339672	G-C	HET
SBS	Chr4	7326417	A-T	HET
SBS	Chr5	25283297	C-T	HET
SBS	Chr5	6655153	T-G	HET
SBS	Chr5	7597390	C-A	HET
SBS	Chr6	11800982	A-G	HET
SBS	Chr6	21287872	C-T	HET
SBS	Chr6	21839117	C-A	HET
SBS	Chr6	28797975	A-G	HET
SBS	Chr7	11342904	C-T	HET
SBS	Chr8	16858646	C-T	HET
SBS	Chr8	3027672	T-C	HET
SBS	Chr8	7531422	C-T	HET
SBS	Chr9	11613617	C-T	Homo

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	2170242	2170244	2	LOC_Os10g04570
Deletion	Chr8	6039607	6039608	1
Deletion	Chr3	8083097	8083111	14
Deletion	Chr6	9384441	9384443	2
Deletion	Chr7	10713932	10713934	2
Deletion	Chr5	12732908	12732927	19
Deletion	Chr11	13297892	13297893	1	LOC_Os11g23100
Deletion	Chr5	14771609	14771610	1
Deletion	Chr4	18480680	18480694	14
Deletion	Chr11	23789074	23789091	17
Deletion	Chr11	27183833	27183840	7	LOC_Os11g44910
Deletion	Chr12	27402022	27402037	15
Deletion	Chr3	32398446	32398456	10
Deletion	Chr4	33699652	33699653	1	LOC_Os04g56510
Deletion	Chr1	36847121	36847122	1	LOC_Os01g63550
Deletion	Chr1	37704058	37704108	50
Deletion	Chr1	41621721	41621722	1	LOC_Os01g71850

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	13961850	13961850	1
Insertion	Chr2	26840177	26840177	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	957015	957139

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	515338	Chr5	10473688	LOC_Os11g01960
Translocation	Chr11	6225525	Chr5	16255670	2
Translocation	Chr9	13581669	Chr3	12759727	2

Main menu