Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 49

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13563200	T-A	Homo
SBS	Chr1	20550288	C-T	HET
SBS	Chr1	25661009	A-G	HET
SBS	Chr1	27947256	G-A	HET
SBS	Chr1	30046436	T-A	HET
SBS	Chr1	39905634	A-C	HET
SBS	Chr1	5411035	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g10280
SBS	Chr10	10511969	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os10g20740
SBS	Chr10	12079542	T-C	HET
SBS	Chr10	338164	T-C	HET
SBS	Chr10	8160320	T-G	HET
SBS	Chr11	12752488	G-A	HET
SBS	Chr11	14318736	T-C	HET
SBS	Chr11	16168869	C-A	HET
SBS	Chr11	23883200	G-A	HET
SBS	Chr12	15274547	C-T	HET
SBS	Chr12	18738532	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g31130
SBS	Chr12	19935426	C-T	HET
SBS	Chr12	765820	G-A	HET
SBS	Chr2	15831648	C-G	HET
SBS	Chr2	31547664	G-A	HET
SBS	Chr3	12038169	A-G	HET
SBS	Chr3	12991373	A-G	HET
SBS	Chr3	24751856	A-G	HET
SBS	Chr3	33219764	A-C	HET
SBS	Chr3	33415659	C-T	HET
SBS	Chr3	6150959	C-A	HET
SBS	Chr4	11138616	C-T	HET
SBS	Chr4	15324557	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g26290
SBS	Chr4	25714050	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g43450
SBS	Chr4	4884547	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g08832
SBS	Chr5	22259103	G-A	HET
SBS	Chr6	12955659	G-T	HET
SBS	Chr6	4045190	C-G	HET
SBS	Chr7	10610761	C-G	HET
SBS	Chr7	20630996	C-A	HET
SBS	Chr7	4211655	A-G	HET
SBS	Chr7	7834267	T-G
SBS	Chr7	8498340	G-A	HET
SBS	Chr7	9050216	C-T	HET
SBS	Chr8	16597882	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g27180
SBS	Chr8	21458443	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g34230
SBS	Chr8	4984924	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g08620
SBS	Chr9	11431652	A-G	HET
SBS	Chr9	13007951	G-A	Homo
SBS	Chr9	13613278	C-A	HET
SBS	Chr9	16712149	G-A	HET
SBS	Chr9	5705191	T-C	Homo
SBS	Chr9	8791817	G-A	HET

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	826001	859000	32999	2
Deletion	Chr7	2174000	2174004	4
Deletion	Chr2	2249822	2249823	1
Deletion	Chr12	2814262	2814263	1
Deletion	Chr2	2832702	2832709	7
Deletion	Chr1	9670186	9670191	5
Deletion	Chr4	10794076	10794077	1
Deletion	Chr2	23254980	23254981	1
Deletion	Chr4	23390785	23390807	22
Deletion	Chr7	28492110	28492111	1
Deletion	Chr4	28815940	28815944	4
Deletion	Chr2	30410403	30410412	9
Deletion	Chr1	41977822	41977824	2	LOC_Os01g72370

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr12	19010591	19010594	4
Insertion	Chr12	19308399	19308402	4
Insertion	Chr4	24563484	24563543	60
Insertion	Chr5	10696518	10696518	1
Insertion	Chr5	23140205	23140228	24
Insertion	Chr6	22816352	22816352	1
Insertion	Chr9	5933389	5933389	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	2189220	2189823
Inversion	Chr6	16023351	16023579	LOC_Os06g28194

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	15094758	Chr1	12471727
Translocation	Chr6	23516057	Chr1	19483726	2
Translocation	Chr6	23516344	Chr5	5212207	2

Main menu