Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 54

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15213687	C-T	HET
SBS	Chr1	27977518	G-A	HET
SBS	Chr1	30336445	A-G	HET
SBS	Chr1	3905569	T-A	Homo
SBS	Chr1	7831353	A-C	HET
SBS	Chr11	11256251	T-A	Homo
SBS	Chr11	11924804	C-G	Homo
SBS	Chr11	16394235	C-A	HET
SBS	Chr11	16394236	A-G	HET
SBS	Chr11	2352135	G-T	HET
SBS	Chr11	2612971	G-A	HET
SBS	Chr11	8096130	T-G	Homo
SBS	Chr11	8264479	C-A	HET
SBS	Chr12	20180470	G-T	HET
SBS	Chr2	11020083	G-A	HET
SBS	Chr2	14894339	A-G	HET
SBS	Chr2	17908175	C-G	Homo
SBS	Chr2	28172743	G-A	HET
SBS	Chr2	28904800	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g47340
SBS	Chr2	28983475	T-C	HET
SBS	Chr2	31372390	G-A	HET
SBS	Chr2	34874241	T-A	Homo
SBS	Chr2	9951299	A-G	Homo
SBS	Chr3	17641810	A-C	HET
SBS	Chr3	24823818	C-A	HET
SBS	Chr3	4947459	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g09930
SBS	Chr4	10813959	G-A	HET
SBS	Chr4	19351278	C-T	HET
SBS	Chr4	20283628	C-T	HET
SBS	Chr4	25807355	G-A	HET
SBS	Chr4	25924254	G-A	HET
SBS	Chr5	14609222	G-A	HET
SBS	Chr5	16949862	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g28920
SBS	Chr5	2474880	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g05090
SBS	Chr5	2578163	T-C	HET
SBS	Chr5	4260752	G-A	HET
SBS	Chr5	4415813	A-G	HET
SBS	Chr6	14799480	G-A	HET
SBS	Chr6	15114655	G-A	HET
SBS	Chr6	21239751	G-A	HET
SBS	Chr6	23128326	A-C	HET
SBS	Chr6	23784885	T-A	HET
SBS	Chr6	8733118	C-T	HET
SBS	Chr7	13860928	C-T	HET
SBS	Chr7	19975824	G-A	HET
SBS	Chr7	6831651	C-T	Homo
SBS	Chr8	1021855	A-C	HET
SBS	Chr8	13565191	T-C	HET
SBS	Chr8	14714229	G-A	HET
SBS	Chr8	15728206	C-G	HET
SBS	Chr8	24070961	A-C	HET
SBS	Chr8	9182140	A-T	HET
SBS	Chr9	10907822	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g17830
SBS	Chr9	11368143	G-A	HET

Deletions: 20

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	2286962	2286966	4
Deletion	Chr9	4630570	4630694	124
Deletion	Chr6	6575000	6575002	2
Deletion	Chr8	6871985	6871994	9
Deletion	Chr8	6952512	6952513	1	LOC_Os08g11850
Deletion	Chr1	10271001	10390000	118999	18
Deletion	Chr1	10394001	10500000	105999	14
Deletion	Chr11	11936301	11936302	1	LOC_Os11g20590
Deletion	Chr9	13098981	13098982	1
Deletion	Chr6	15284637	15284638	1
Deletion	Chr4	17306708	17306726	18	LOC_Os04g29190
Deletion	Chr12	17778566	17778569	3
Deletion	Chr10	21782853	21782854	1
Deletion	Chr7	23311732	23311733	1
Deletion	Chr6	25234429	25234433	4
Deletion	Chr8	26704437	26704439	2
Deletion	Chr8	27145230	27145245	15
Deletion	Chr8	27376485	27376487	2
Deletion	Chr4	27963533	27963546	13
Deletion	Chr1	31204205	31204209	4

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	5150421	5150422	2
Insertion	Chr10	12723232	12723232	1
Insertion	Chr11	22131445	22131449	5
Insertion	Chr8	95845	95856	12

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	308763	1087426	LOC_Os04g01439
Inversion	Chr3	18813810	19163155
Inversion	Chr3	18813826	19163160

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	16552093	Chr4	2748318	2
Translocation	Chr8	18006403	Chr1	9104997

Main menu