Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2554-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2554-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 64

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11608995	G-A	HET
SBS	Chr1	13993974	C-G	HET
SBS	Chr1	28187548	G-T	HET
SBS	Chr1	32461298	A-T	HET
SBS	Chr1	35512069	G-A	HET
SBS	Chr1	8012023	A-G	HET
SBS	Chr10	11098367	C-T	HET
SBS	Chr10	11261339	T-A	HET
SBS	Chr11	21447951	A-G	HET
SBS	Chr11	2945540	C-T	HET
SBS	Chr12	4286552	C-G	HET
SBS	Chr12	57679	T-C	HET
SBS	Chr2	13427379	G-T	HET
SBS	Chr2	14519132	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g25040
SBS	Chr2	16382407	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g27650
SBS	Chr2	18885343	G-A	HET
SBS	Chr2	23248002	G-T	HET
SBS	Chr2	27566678	A-G	HET
SBS	Chr2	32225367	G-T	Homo
SBS	Chr2	4337689	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g08190
SBS	Chr2	4337693	G-T	HET
SBS	Chr3	10187657	C-T	HET
SBS	Chr3	10961508	T-C	HET
SBS	Chr3	12276555	T-A	HET
SBS	Chr3	13809606	T-G	HET
SBS	Chr3	17280435	C-T	HET
SBS	Chr3	21751371	G-A	HET
SBS	Chr3	23033524	C-T	HET
SBS	Chr3	28419030	C-T	HET
SBS	Chr3	29401805	C-A	HET
SBS	Chr3	31852753	T-A	HET
SBS	Chr3	8922201	G-T	HET
SBS	Chr3	8922202	C-A	HET
SBS	Chr4	1289574	G-A	HET
SBS	Chr4	13839328	G-T	HET
SBS	Chr4	14875728	T-A	HET
SBS	Chr4	14875730	G-A	HET
SBS	Chr4	27651266	T-C	HET
SBS	Chr4	3004756	T-C	Homo
SBS	Chr4	31894381	A-C	HET
SBS	Chr4	31894382	T-A	HET
SBS	Chr5	13452254	C-T	HET
SBS	Chr5	18582137	A-G	HET
SBS	Chr5	18970562	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g32480
SBS	Chr5	4058702	C-T	HET
SBS	Chr6	26446239	A-T	HET
SBS	Chr6	28004338	G-A	HET
SBS	Chr6	3101326	C-T	HET
SBS	Chr7	10578576	C-A	HET
SBS	Chr7	19738042	G-A	Homo
SBS	Chr7	2327212	C-T	Homo
SBS	Chr7	2765420	G-C	HET
SBS	Chr7	2860053	G-A	Homo
SBS	Chr7	4836415	G-A	Homo
SBS	Chr7	6690897	T-C	HET
SBS	Chr7	7151559	T-C	HET
SBS	Chr7	9664534	C-A	HET
SBS	Chr8	16295004	G-A	HET
SBS	Chr8	16741015	G-A	HET
SBS	Chr8	17254227	A-T	Homo
SBS	Chr8	5861407	G-C	Homo
SBS	Chr9	12397787	G-A	HET
SBS	Chr9	19031288	T-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g31518
SBS	Chr9	19031289	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g31518

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	32873	32889	16	LOC_Os04g01040
Deletion	Chr8	1457519	1457533	14
Deletion	Chr10	2174975	2174979	4
Deletion	Chr9	6832418	6832424	6
Deletion	Chr12	7584391	7584402	11
Deletion	Chr11	9713142	9713153	11
Deletion	Chr9	16629206	16629207	1
Deletion	Chr3	17707732	17707733	1
Deletion	Chr4	18925440	18925444	4
Deletion	Chr1	21557001	21769000	211999	39
Deletion	Chr1	21773001	21829000	55999	8
Deletion	Chr11	24090093	24090094	1	LOC_Os11g40410
Deletion	Chr8	27502646	27502647	1
Deletion	Chr2	28276426	28276433	7
Deletion	Chr3	31604617	31604631	14
Deletion	Chr4	34957044	34957047	3
Deletion	Chr1	36302666	36302667	1

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	25831477	25831482	6
Insertion	Chr4	23097551	23097556	6
Insertion	Chr9	21903222	21903223	2

Inversions: 20

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	198255	198469
Inversion	Chr3	698722	698893	LOC_Os03g02150
Inversion	Chr12	1135559	1135742
Inversion	Chr10	1362810	1362943
Inversion	Chr5	1613989	1614166
Inversion	Chr2	2874264	2874530
Inversion	Chr5	2881057	2881173	LOC_Os05g05780
Inversion	Chr5	4115148	4115402
Inversion	Chr4	4646341	4646449
Inversion	Chr1	10067682	10067868
Inversion	Chr12	11400775	11400940
Inversion	Chr1	12874853	12874988
Inversion	Chr10	18270169	18646670	LOC_Os10g34230
Inversion	Chr10	18273764	18646675	LOC_Os10g34230
Inversion	Chr6	23669614	23669820
Inversion	Chr4	25728872	25728980	LOC_Os04g43490
Inversion	Chr7	26245040	26245144	LOC_Os07g43890
Inversion	Chr4	32223314	32223441	LOC_Os04g54070
Inversion	Chr1	39291070	39881959	2
Inversion	Chr1	39291081	39881968	2

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	6312000	Chr4	10315830
Translocation	Chr8	12316474	Chr1	9101596	2
Translocation	Chr8	13684513	Chr4	10213111	2
Translocation	Chr10	18270190	Chr3	1090924	2
Translocation	Chr10	18273744	Chr3	1090843	2
Translocation	Chr7	20170939	Chr6	5157867
Translocation	Chr11	27840158	Chr2	16105683

Main menu

You are here

Search Nipponbare