Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 42

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	39536349	G-A	HET
SBS	Chr1	4733220	C-T	HET
SBS	Chr1	9632093	C-G	Homo
SBS	Chr10	9899038	T-C	Homo
SBS	Chr11	10196191	T-G	HET
SBS	Chr11	11724839	G-A	HET
SBS	Chr11	19669103	A-G	HET
SBS	Chr11	8551222	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g15170
SBS	Chr12	16324591	T-A	HET
SBS	Chr12	21002807	C-G	HET
SBS	Chr12	22985686	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g37450
SBS	Chr12	3243332	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g06670
SBS	Chr2	33350716	G-A	HET
SBS	Chr2	8165973	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g14760
SBS	Chr3	15533884	C-T	Homo
SBS	Chr3	17348492	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g30430
SBS	Chr3	22178010	A-T	HET
SBS	Chr3	26897280	C-T	HET
SBS	Chr4	14223449	T-C	HET
SBS	Chr5	15947729	C-T	HET
SBS	Chr5	24259200	T-G	HET
SBS	Chr6	14013392	T-A	HET
SBS	Chr6	1481258	A-G	Homo
SBS	Chr6	15109188	G-A	HET
SBS	Chr6	16374435	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g28750
SBS	Chr6	17426312	C-G	HET
SBS	Chr6	22200893	T-C	HET
SBS	Chr6	22661402	T-A	Homo
SBS	Chr6	8100871	A-T	HET
SBS	Chr7	10267466	T-A	HET
SBS	Chr7	20859206	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g34810
SBS	Chr7	6535035	A-G	HET
SBS	Chr8	16585240	C-T	HET
SBS	Chr8	16585241	C-T	HET
SBS	Chr8	16585242	A-G	HET
SBS	Chr8	18632145	G-T	HET
SBS	Chr8	23253605	G-A	HET
SBS	Chr8	23953267	T-C	HET
SBS	Chr8	25954157	A-C	HET
SBS	Chr9	16875754	G-A	HET
SBS	Chr9	17283553	C-T	HET
SBS	Chr9	4620388	T-A	HET

Deletions: 21

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	452281	452301	20
Deletion	Chr10	1569997	1570005	8
Deletion	Chr3	4973989	4973990	1
Deletion	Chr8	8050583	8050589	6
Deletion	Chr5	9239325	9239333	8
Deletion	Chr1	9383001	9395000	11999	3
Deletion	Chr11	12488241	12488307	66
Deletion	Chr9	13731582	13731587	5
Deletion	Chr3	17801528	17801541	13
Deletion	Chr3	18097368	18097382	14
Deletion	Chr4	18645066	18645074	8
Deletion	Chr10	20126496	20126502	6	LOC_Os10g37610
Deletion	Chr7	20949814	20949815	1
Deletion	Chr7	20983879	20983885	6
Deletion	Chr5	21162834	21162839	5
Deletion	Chr12	21847224	21847230	6
Deletion	Chr12	22807503	22807507	4	LOC_Os12g37190
Deletion	Chr12	23507074	23507079	5
Deletion	Chr7	26560001	26575000	14999	3
Deletion	Chr6	30863486	30863487	1
Deletion	Chr2	31354246	31354263	17

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	19331298	19331299	2
Insertion	Chr4	21592832	21592832	1	LOC_Os04g35480
Insertion	Chr4	25528758	25528758	1
Insertion	Chr7	17560179	17560180	2

Inversions: 18

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	402710	402860	LOC_Os06g01670
Inversion	Chr6	1480521	2381886	2
Inversion	Chr6	1480525	2381904	2
Inversion	Chr5	2348565	2419793
Inversion	Chr1	4577769	4578016
Inversion	Chr5	6980346	6980570
Inversion	Chr4	10422512	10422617
Inversion	Chr7	15272352	15272467
Inversion	Chr11	18744799	18745017	LOC_Os11g31890
Inversion	Chr11	18849344	19096379	2
Inversion	Chr11	19096390	19173182	2
Inversion	Chr8	20641518	20641647
Inversion	Chr1	22163654	22163840	LOC_Os01g39380
Inversion	Chr1	23971288	23971553	LOC_Os01g42280
Inversion	Chr6	24337976	24338134	LOC_Os06g40790
Inversion	Chr2	25659240	25659345	LOC_Os02g42650
Inversion	Chr5	27557932	27558200	LOC_Os05g48060
Inversion	Chr4	35358223	35358332

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	2176739	Chr1	14694252	2
Translocation	Chr5	2285849	Chr1	14694461	2

Main menu