Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2593-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2593-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 72

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15659324	A-G	HET
SBS	Chr1	16702109	C-A	HET
SBS	Chr1	17230376	G-C	HET
SBS	Chr1	19422957	C-T	HET
SBS	Chr1	23510797	A-G	HET
SBS	Chr1	24085398	C-T	HET
SBS	Chr1	29347544	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g51080
SBS	Chr1	31264148	A-T	HET
SBS	Chr1	36592540	C-G	HET
SBS	Chr1	4985946	G-T	HET
SBS	Chr1	6251959	G-A	HET
SBS	Chr10	12173160	G-A	HET
SBS	Chr10	13406799	G-A	HET
SBS	Chr10	16574668	C-T	HET
SBS	Chr10	18614218	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g34884
SBS	Chr10	6253737	G-A	HET
SBS	Chr10	7145294	G-C	HET
SBS	Chr10	9599999	T-A	HET
SBS	Chr11	21631117	C-T	HET
SBS	Chr11	6517372	C-G	HET
SBS	Chr11	7128379	A-T	HET
SBS	Chr11	7409542	C-T	HET
SBS	Chr12	11947655	G-A	Homo
SBS	Chr12	19056536	C-A	HET
SBS	Chr12	22346733	T-G	HET
SBS	Chr12	23808719	C-A	HET
SBS	Chr12	2423086	G-A	HET
SBS	Chr12	24469670	C-T	HET
SBS	Chr12	485299	T-C	HET
SBS	Chr12	844707	A-G	HET
SBS	Chr2	11828630	C-T	HET
SBS	Chr2	14153741	C-T	HET
SBS	Chr2	14825055	G-T	HET
SBS	Chr2	14984942	G-A	HET
SBS	Chr2	666899	C-T	HET
SBS	Chr2	9787463	G-C	HET
SBS	Chr3	18259312	C-G	HET
SBS	Chr3	23608312	C-A	HET
SBS	Chr3	24733023	G-C	HET
SBS	Chr3	27748220	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g48674
SBS	Chr3	29932634	C-G	HET
SBS	Chr3	692961	C-T	HET
SBS	Chr4	10518183	T-C	HET
SBS	Chr4	16117953	G-T	HET
SBS	Chr4	16117954	G-T	HET
SBS	Chr4	21061820	A-T	HET
SBS	Chr4	22497074	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g37840
SBS	Chr4	24848174	G-A	Homo
SBS	Chr4	26276172	G-T	HET
SBS	Chr4	27634279	A-T	Homo
SBS	Chr4	29937697	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g50172
SBS	Chr5	11884231	G-T	HET
SBS	Chr5	12154674	C-G	HET
SBS	Chr5	14405226	C-T	HET
SBS	Chr5	15488327	C-G	HET
SBS	Chr5	22003789	A-C	Homo
SBS	Chr5	2629932	G-T	HET
SBS	Chr5	27280539	A-T	HET
SBS	Chr5	29546303	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g51520
SBS	Chr5	6519464	T-A	Homo
SBS	Chr6	10806146	T-A	HET
SBS	Chr6	28564994	A-G	HET
SBS	Chr7	11305134	C-A	HET
SBS	Chr8	22054766	T-C	Homo
SBS	Chr8	2224640	G-A	HET
SBS	Chr8	3425235	G-T	HET
SBS	Chr8	4563265	C-A	HET
SBS	Chr8	559845	T-A	HET
SBS	Chr9	1610552	A-G	HET
SBS	Chr9	19043486	G-T	HET
SBS	Chr9	7306434	A-G	HET
SBS	Chr9	8677072	C-T	HET

Deletions: 32

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	534378	534385	7
Deletion	Chr4	2042625	2042632	7
Deletion	Chr12	2139652	2139667	15
Deletion	Chr2	3240688	3240714	26	LOC_Os02g06500
Deletion	Chr2	3425163	3425165	2
Deletion	Chr3	5016883	5016887	4
Deletion	Chr3	5066304	5066312	8
Deletion	Chr4	7639581	7639609	28
Deletion	Chr6	8905841	8905842	1
Deletion	Chr2	9520215	9520219	4
Deletion	Chr9	11046528	11046531	3
Deletion	Chr8	11279970	11279971	1
Deletion	Chr10	12214644	12214658	14
Deletion	Chr7	13856124	13856135	11
Deletion	Chr9	14449744	14449756	12	LOC_Os09g24310
Deletion	Chr4	14959000	14959002	2
Deletion	Chr11	15982010	15982025	15	LOC_Os11g27760
Deletion	Chr9	19792245	19792246	1
Deletion	Chr5	20388355	20388356	1
Deletion	Chr5	21703037	21703043	6
Deletion	Chr1	23236902	23236903	1
Deletion	Chr1	24465660	24465661	1
Deletion	Chr3	24952260	24952278	18
Deletion	Chr6	25347549	25347562	13	LOC_Os06g42220
Deletion	Chr6	25475293	25475294	1	LOC_Os06g42380
Deletion	Chr11	25588744	25588754	10
Deletion	Chr5	26700045	26700049	4	LOC_Os05g46030
Deletion	Chr11	27650729	27650734	5
Deletion	Chr7	28158747	28158752	5
Deletion	Chr1	31793681	31793706	25
Deletion	Chr2	33628378	33628379	1	LOC_Os02g54900
Deletion	Chr1	33828847	33828848	1

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	4548519	4548530	12
Insertion	Chr6	16226786	16226786	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	17022797	17022926

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr3	5900746	Chr1	30113280	LOC_Os03g11450
Translocation	Chr3	5908474	Chr1	30113267	LOC_Os03g11460
Translocation	Chr10	5911834	Chr1	40364308	2
Translocation	Chr10	5912329	Chr1	32728957

Main menu

You are here

Search Nipponbare