Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2596-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2596-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000014 (Panicle Weight) = Very Low (below 24% compare to WT) TO:0000207 (Plant height) = Short (Between 25% and 74%) TO:0000445 (Seed Number) = Low (Between 25% and 74%) TO:0000639 (Seed fertility) = Low (Between 25% and 74%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 60

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12213379	C-A	HET
SBS	Chr1	17006053	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g31100
SBS	Chr1	22973654	T-C	HET
SBS	Chr1	26534250	C-G	HET
SBS	Chr1	36530062	T-C	HET
SBS	Chr1	38935286	G-T	HET
SBS	Chr1	42454946	C-T	HET
SBS	Chr2	7963719	T-A	HET
SBS	Chr2	10032938	C-A	HET
SBS	Chr2	21721007	C-T	Homo
SBS	Chr2	21721009	C-T	Homo
SBS	Chr2	25902776	A-G	HET
SBS	Chr2	26805010	C-G	HET
SBS	Chr2	30483287	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g49890
SBS	Chr3	6108489	C-T	Homo
SBS	Chr3	8663825	C-A	HET
SBS	Chr3	11543745	C-A	HET
SBS	Chr3	13701056	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g24130
SBS	Chr3	18818890	C-G	Homo
SBS	Chr3	19086029	C-T	HET
SBS	Chr3	23179854	A-G	HET
SBS	Chr3	36110519	C-A	HET
SBS	Chr4	7475974	A-C	Homo
SBS	Chr4	12830665	C-T	HET
SBS	Chr4	23521757	C-T	Homo
SBS	Chr4	23521758	C-T	Homo
SBS	Chr4	27233470	C-T	Homo
SBS	Chr5	1205643	C-G	Homo
SBS	Chr5	2828805	C-A	HET
SBS	Chr5	4902799	G-A	HET
SBS	Chr6	2563271	T-G	HET
SBS	Chr6	2716512	A-G	Homo
SBS	Chr6	3629968	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g07530
SBS	Chr6	12967864	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g22340
SBS	Chr6	14306536	G-A	HET
SBS	Chr6	16996204	C-T	HET
SBS	Chr6	29546671	C-G	HET
SBS	Chr7	2868294	T-C	HET
SBS	Chr7	6214344	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g11270
SBS	Chr7	7219007	C-T	HET
SBS	Chr7	7296632	C-T	HET
SBS	Chr7	27590114	C-T	HET
SBS	Chr8	11002016	G-A	Homo
SBS	Chr8	12501136	T-C	HET
SBS	Chr8	20868065	C-G	Homo	SPLICE_SITE_ACCEPTOR	LOC_Os08g33450
SBS	Chr8	22227856	A-T	HET
SBS	Chr8	23633789	C-T	HET
SBS	Chr9	2159018	G-T	HET
SBS	Chr9	4184289	C-T	Homo
SBS	Chr9	4442952	G-A	HET
SBS	Chr9	5621028	C-T	HET
SBS	Chr9	6889303	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g12190
SBS	Chr9	13623692	G-T	Homo
SBS	Chr9	17044585	G-A	HET
SBS	Chr9	19718385	T-C	Homo
SBS	Chr10	11112126	C-T	HET
SBS	Chr11	11917951	T-G	Homo
SBS	Chr11	13266388	A-G	Homo
SBS	Chr12	2059026	C-T	HET
SBS	Chr12	9737410	C-T	HET

Deletions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	1853757	1853766	9
Deletion	Chr4	5052607	5052609	2
Deletion	Chr5	14996125	14996126	1
Deletion	Chr1	24361417	24361424	7
Deletion	Chr3	24597244	24597265	21	LOC_Os03g43860
Deletion	Chr6	24675074	24675076	2
Deletion	Chr6	25231905	25231906	1
Deletion	Chr1	29058217	29058227	10

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr3	15138760	15138780	21	LOC_Os03g26510
Insertion	Chr7	6831277	6831322	46
Insertion	Chr7	11715053	11715068	16

No Inversion

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	19991188	Chr9	7926699	2

Main menu

You are here

Search Results