Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2602-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2602-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 59

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	19671802	G-A	HET
SBS	Chr1	20040060	C-T	HET
SBS	Chr1	38124447	G-A	HET
SBS	Chr1	7875153	C-T	HET
SBS	Chr10	15594276	G-A	HET
SBS	Chr10	2132773	A-C	Homo
SBS	Chr11	10238573	C-T	Homo
SBS	Chr11	10994116	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g19230
SBS	Chr11	14848925	G-T	HET
SBS	Chr11	16452034	C-A	HET
SBS	Chr11	16452035	G-T	HET
SBS	Chr11	17542950	C-A	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os11g30170
SBS	Chr11	18587230	C-T	HET
SBS	Chr11	20081952	G-C	Homo
SBS	Chr12	10343485	T-G	HET
SBS	Chr12	14956799	G-A	HET
SBS	Chr12	2518013	G-A	HET
SBS	Chr2	12416463	C-T	HET
SBS	Chr2	12832860	C-G	HET
SBS	Chr2	24049211	G-A	Homo
SBS	Chr2	24835038	T-G	Homo
SBS	Chr2	31043616	G-A	HET
SBS	Chr2	3400022	A-G	HET
SBS	Chr2	34490501	G-T	HET
SBS	Chr3	12770082	A-G	Homo
SBS	Chr3	13850849	C-T	HET
SBS	Chr3	14861406	G-T	HET
SBS	Chr3	26484048	T-G	HET
SBS	Chr3	26703302	T-A	HET
SBS	Chr3	3032084	T-A	HET
SBS	Chr3	31353702	C-A	HET
SBS	Chr3	9575218	C-A	Homo
SBS	Chr4	23590517	C-T	Homo
SBS	Chr4	26807878	A-T	HET
SBS	Chr4	2734229	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os04g05430
SBS	Chr4	33843606	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g56740
SBS	Chr4	33843607	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g56740
SBS	Chr4	34717669	G-T	HET
SBS	Chr4	34717670	A-T	HET
SBS	Chr5	14050171	A-G	Homo
SBS	Chr5	15416507	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g26530
SBS	Chr5	29447699	T-A	HET
SBS	Chr5	8742629	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g15470
SBS	Chr6	19909458	G-A	HET
SBS	Chr6	25474066	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g42380
SBS	Chr6	27692986	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g45750
SBS	Chr6	28972389	G-C	Homo
SBS	Chr7	14253601	G-T	HET
SBS	Chr7	21775252	C-T	HET
SBS	Chr7	2833344	T-C	HET
SBS	Chr8	11651311	C-T	HET
SBS	Chr8	12162837	G-A	HET
SBS	Chr8	13136647	C-G	HET
SBS	Chr8	15893453	T-G	HET
SBS	Chr8	16129450	G-A	HET
SBS	Chr8	18373278	C-T	HET
SBS	Chr8	19247494	G-A	HET
SBS	Chr8	23075351	G-C	Homo
SBS	Chr9	990332	A-T	HET

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	701702	701703	1
Deletion	Chr12	3088786	3088787	1
Deletion	Chr9	19503706	19503715	9
Deletion	Chr11	20227323	20228175	852
Deletion	Chr8	20827017	20827025	8
Deletion	Chr5	25479001	25488000	8999	LOC_Os05g43830
Deletion	Chr4	29088001	29199000	110999	19
Deletion	Chr4	29206001	29478000	271999	38
Deletion	Chr2	30727945	30727946	1

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	35934616	35934616	1
Insertion	Chr4	22704544	22704544	1
Insertion	Chr7	12585262	12585262	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	27088636	27117447	2
Inversion	Chr1	27089412	27117478	2

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	2701186	Chr1	39381271	LOC_Os10g05470
Translocation	Chr7	10656507	Chr3	19428718
Translocation	Chr3	14255790	Chr2	17025208	2
Translocation	Chr9	19869502	Chr5	25487879
Translocation	Chr9	19869506	Chr5	25489080
Translocation	Chr9	21260004	Chr8	24138969
Translocation	Chr11	22327602	Chr6	17710070	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare