Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 48

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12767571	G-A	HET
SBS	Chr1	17159895	G-T	HET
SBS	Chr1	24373514	G-A	HET
SBS	Chr1	25052000	A-G	HET
SBS	Chr1	29847766	A-G	HET
SBS	Chr1	41251990	T-C	HET
SBS	Chr1	6173528	C-T	HET
SBS	Chr11	10047806	T-C	HET
SBS	Chr11	11950558	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g20610
SBS	Chr11	16611489	A-T	HET
SBS	Chr12	11112950	T-C	Homo
SBS	Chr12	15592871	C-T	HET
SBS	Chr12	21060460	G-A	HET
SBS	Chr2	18058928	C-T	HET
SBS	Chr2	26205199	C-G	HET
SBS	Chr2	26235101	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g43460
SBS	Chr2	5675972	T-A	HET
SBS	Chr3	10581533	G-A	HET
SBS	Chr3	19163403	G-A	HET
SBS	Chr3	6548411	C-A	Homo
SBS	Chr3	8934063	A-T	HET
SBS	Chr4	17518990	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g29469
SBS	Chr4	21834888	T-A	HET
SBS	Chr4	22164711	T-C	HET
SBS	Chr4	23814928	T-C	HET
SBS	Chr4	27223941	A-G	Homo
SBS	Chr5	10272525	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g17860
SBS	Chr5	1236205	T-A	HET
SBS	Chr5	24010619	C-T	HET
SBS	Chr5	249674	G-A	HET
SBS	Chr5	25226866	C-G	HET
SBS	Chr5	7049886	A-T	HET
SBS	Chr5	7325123	T-C	Homo
SBS	Chr5	7446151	T-A	HET
SBS	Chr5	9618821	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g16880
SBS	Chr6	4023644	A-T	Homo
SBS	Chr6	7554247	T-A	Homo
SBS	Chr6	8561668	G-A	HET
SBS	Chr7	12713586	A-G	HET
SBS	Chr7	19179304	C-T	HET
SBS	Chr7	19433648	G-A	HET
SBS	Chr7	27137151	T-C	Homo
SBS	Chr7	29026348	A-T	Homo
SBS	Chr7	6560748	C-T	HET
SBS	Chr9	18245442	T-A	Homo
SBS	Chr9	2718757	G-C	HET
SBS	Chr9	71252	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g01030
SBS	Chr9	8602209	G-A	HET

Deletions: 24

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	995779	995781	2
Deletion	Chr11	3076607	3076614	7
Deletion	Chr6	3938475	3938477	2
Deletion	Chr6	4023257	4023260	3
Deletion	Chr1	4952208	4952230	22
Deletion	Chr8	9121896	9121897	1
Deletion	Chr12	10912091	10912092	1	LOC_Os12g18830
Deletion	Chr6	11613946	11613957	11
Deletion	Chr12	12005281	12005282	1
Deletion	Chr6	13769146	13769147	1
Deletion	Chr9	16077580	16077593	13	LOC_Os09g26554
Deletion	Chr6	16079775	16079785	10	LOC_Os06g28310
Deletion	Chr8	17601502	17601512	10	LOC_Os08g28770
Deletion	Chr1	17992028	17992033	5
Deletion	Chr1	19635102	19635103	1
Deletion	Chr8	20794433	20794458	25
Deletion	Chr6	21265308	21265438	130	LOC_Os06g36290
Deletion	Chr8	21289150	21289154	4
Deletion	Chr2	26950544	26950549	5	LOC_Os02g44510
Deletion	Chr1	30319259	30319265	6
Deletion	Chr2	32125718	32125724	6
Deletion	Chr1	38041945	38041946	1
Deletion	Chr1	38408375	38408386	11
Deletion	Chr1	38886001	38919000	32999	8

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	1616132	1616133	2

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	1393315	1399799	2
Inversion	Chr2	5548245	6107375	LOC_Os02g10530
Inversion	Chr1	10295206	10513175	2
Inversion	Chr1	10295268	10513182	2
Inversion	Chr9	17171964	17181668	LOC_Os09g28280
Inversion	Chr9	17171998	17181679	LOC_Os09g28280

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	4695474	Chr4	1391381	2
Translocation	Chr12	11540092	Chr4	6963279

Main menu