Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2611-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2611-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 74

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	104077	G-C	HET
SBS	Chr1	104078	A-T	HET
SBS	Chr1	14714957	G-A	HET
SBS	Chr1	15177073	C-T	HET
SBS	Chr1	15883728	C-G	HET
SBS	Chr1	18893916	A-G	HET
SBS	Chr1	2693981	T-C	HET
SBS	Chr1	4811802	T-C	HET
SBS	Chr1	4811943	G-T	HET
SBS	Chr1	7849847	A-G	HET
SBS	Chr10	1916536	G-T	HET
SBS	Chr10	21280639	C-T	HET
SBS	Chr10	712057	T-A	HET
SBS	Chr11	11769158	T-C	HET
SBS	Chr11	12590905	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g21950
SBS	Chr11	1285405	G-A	HET
SBS	Chr11	28453493	G-A	HET
SBS	Chr11	28934238	T-G	HET
SBS	Chr11	7945910	T-G	HET
SBS	Chr11	916753	G-A	HET
SBS	Chr12	17592261	A-T	HET
SBS	Chr12	18846545	T-C	HET
SBS	Chr12	3603154	A-T	HET
SBS	Chr12	8164116	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g14330
SBS	Chr12	9179287	T-C	HET
SBS	Chr2	11228670	T-C	HET
SBS	Chr2	17259792	C-A	HET
SBS	Chr2	20490828	G-A	HET
SBS	Chr2	29822752	G-A	HET
SBS	Chr2	29822753	T-A	HET
SBS	Chr2	305018	C-T	HET
SBS	Chr2	6196255	A-G	HET
SBS	Chr2	847973	C-T	HET
SBS	Chr3	11136730	T-G	HET
SBS	Chr3	12853065	C-T	HET
SBS	Chr3	13286778	T-C	HET
SBS	Chr3	14019735	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g24620
SBS	Chr3	1586353	T-A	HET
SBS	Chr3	1843069	T-A	HET
SBS	Chr3	50437	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g01070
SBS	Chr3	7224489	A-G	HET
SBS	Chr3	9300637	C-T	HET
SBS	Chr4	14838191	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g25600
SBS	Chr4	16088946	C-T	HET
SBS	Chr4	26037817	A-G	HET
SBS	Chr4	26247908	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g44320
SBS	Chr4	3270944	G-C	HET
SBS	Chr4	3323806	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g06360
SBS	Chr5	14128691	G-A	HET
SBS	Chr5	15946648	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g27430
SBS	Chr5	1897778	C-T	HET
SBS	Chr5	22848812	C-A	HET
SBS	Chr5	2350262	C-T	HET
SBS	Chr5	23561600	T-C	HET
SBS	Chr5	8174607	A-G	HET
SBS	Chr6	11762509	G-A	HET
SBS	Chr6	1324593	C-T	HET
SBS	Chr6	13735101	T-C	HET
SBS	Chr6	17593397	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g30450
SBS	Chr6	755389	G-T	HET
SBS	Chr7	1437986	G-C	HET
SBS	Chr7	16942565	A-G	HET
SBS	Chr7	4481162	A-T	HET
SBS	Chr8	157511	C-T	HET
SBS	Chr8	15902773	T-C	HET
SBS	Chr8	18895107	T-G	HET
SBS	Chr8	18895109	A-T	HET
SBS	Chr8	27314894	C-T	HET
SBS	Chr8	7834188	G-A	HET
SBS	Chr8	9783618	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g16040
SBS	Chr9	20290389	A-T	HET
SBS	Chr9	21016047	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g36420
SBS	Chr9	21019908	A-G	HET
SBS	Chr9	4618902	C-A	HET

Deletions: 38

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	2639069	2639317	248
Deletion	Chr9	2727180	2727184	4
Deletion	Chr10	3020066	3020067	1
Deletion	Chr7	3700483	3700485	2	LOC_Os07g07410
Deletion	Chr9	4574330	4574333	3
Deletion	Chr9	4600204	4600206	2
Deletion	Chr4	6153434	6153461	27
Deletion	Chr11	6734742	6734743	1
Deletion	Chr1	7264175	7264182	7
Deletion	Chr7	8085927	8085930	3
Deletion	Chr3	9075512	9075518	6	LOC_Os03g16450
Deletion	Chr9	9281498	9281509	11
Deletion	Chr12	10557785	10557791	6
Deletion	Chr3	13878932	13878935	3
Deletion	Chr12	13898065	13898070	5	LOC_Os12g24364
Deletion	Chr3	14589486	14589494	8
Deletion	Chr5	15196251	15196258	7
Deletion	Chr5	15732859	15732867	8	LOC_Os05g27060
Deletion	Chr1	15800574	15800592	18	LOC_Os01g28200
Deletion	Chr4	19058219	19058222	3	LOC_Os04g31804
Deletion	Chr9	19742630	19742632	2
Deletion	Chr3	19782696	19782697	1
Deletion	Chr8	20445645	20445646	1
Deletion	Chr4	20502726	20502729	3
Deletion	Chr8	22022449	22022457	8
Deletion	Chr2	22811838	22811842	4
Deletion	Chr5	24847513	24847515	2
Deletion	Chr11	26515235	26515249	14
Deletion	Chr2	26791436	26791437	1
Deletion	Chr3	27345028	27345030	2
Deletion	Chr4	28212415	28212422	7
Deletion	Chr3	28924414	28924416	2
Deletion	Chr4	29176321	29176325	4	LOC_Os04g48920
Deletion	Chr4	29929573	29929574	1
Deletion	Chr3	31682301	31682302	1
Deletion	Chr1	33247866	33247868	2	LOC_Os01g57550
Deletion	Chr1	36346477	36346490	13
Deletion	Chr1	37691057	37691068	11

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	36199271	36199272	2
Insertion	Chr10	6526686	6526694	9
Insertion	Chr2	25554625	25554686	62
Insertion	Chr3	15327057	15327058	2

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	13229455	13229634
Inversion	Chr8	15062908	15063030	LOC_Os08g24880
Inversion	Chr1	15352575	15458667
Inversion	Chr1	15352589	15458682
Inversion	Chr8	18609977	18613851
Inversion	Chr4	29030686	29030973

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	24307749	Chr7	26315008

Main menu

You are here

Search Nipponbare