Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2617-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2617-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 59

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13675694	C-T	HET
SBS	Chr1	14002046	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g24860
SBS	Chr1	20318542	G-T	HET
SBS	Chr1	22323732	C-T	HET
SBS	Chr1	28017598	G-T	Homo
SBS	Chr1	28017600	C-G	Homo
SBS	Chr1	28043747	C-A	HET
SBS	Chr1	35409533	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g61180
SBS	Chr1	5893430	T-A	HET
SBS	Chr10	15109063	T-A	HET
SBS	Chr10	15216983	G-A	Homo
SBS	Chr11	28812048	C-T	HET
SBS	Chr12	19780626	T-C	Homo
SBS	Chr12	22898712	C-T	HET
SBS	Chr12	26806715	A-G	Homo
SBS	Chr12	962564	G-T	HET
SBS	Chr2	19807861	A-T	HET
SBS	Chr2	19955289	G-A	HET
SBS	Chr2	27547848	G-A	Homo
SBS	Chr2	33886803	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g55340
SBS	Chr2	35127931	G-A	Homo
SBS	Chr2	6940195	C-T	HET
SBS	Chr3	10133556	T-A	HET
SBS	Chr3	10819573	T-A	HET
SBS	Chr3	19680090	G-T	HET
SBS	Chr3	19844818	A-T	Homo
SBS	Chr3	31313195	T-C	HET
SBS	Chr3	33048907	C-A	HET
SBS	Chr4	1695517	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g03790
SBS	Chr4	25678209	G-T	HET
SBS	Chr4	29014806	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g48660
SBS	Chr4	2922332	G-A	HET
SBS	Chr4	7367624	T-A	HET
SBS	Chr4	7420905	C-T	Homo
SBS	Chr4	8673069	G-A	HET
SBS	Chr4	8846305	C-G	HET
SBS	Chr5	10351277	C-T	HET
SBS	Chr5	13700499	G-C	HET
SBS	Chr5	16823315	C-T	HET
SBS	Chr5	18097866	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os05g31130
SBS	Chr5	27822397	G-A	Homo
SBS	Chr5	4697911	A-G	HET
SBS	Chr6	21588246	G-T	HET
SBS	Chr6	31005202	C-G	HET
SBS	Chr6	31121274	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g51380
SBS	Chr7	10597908	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g17910
SBS	Chr7	10597909	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g17910
SBS	Chr7	14130306	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g24850
SBS	Chr7	24726197	A-G	HET
SBS	Chr7	25706475	C-A	HET
SBS	Chr7	28619369	G-T	HET
SBS	Chr8	14118255	A-G	HET
SBS	Chr8	4727035	G-A	HET
SBS	Chr9	11827579	C-T	HET
SBS	Chr9	11827580	C-T	HET
SBS	Chr9	11827584	G-T	HET
SBS	Chr9	12735973	T-C	HET
SBS	Chr9	17067828	C-T	HET
SBS	Chr9	9050696	G-A	HET

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	1799105	1799111	6
Deletion	Chr9	5226653	5226655	2
Deletion	Chr3	6340677	6340678	1	LOC_Os03g12080
Deletion	Chr5	7753655	7753666	11
Deletion	Chr5	8555001	8575000	19999	5
Deletion	Chr7	9059155	9059161	6	LOC_Os07g15620
Deletion	Chr8	10064508	10064509	1
Deletion	Chr1	16204001	16411000	206999	36
Deletion	Chr5	17711119	17711127	8
Deletion	Chr6	19811502	19811506	4
Deletion	Chr3	27452210	27452213	3
Deletion	Chr11	28861697	28861699	2
Deletion	Chr2	35128934	35128937	3

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	29806780	29806781	2
Insertion	Chr10	19874688	19874699	12
Insertion	Chr2	33678963	33678964	2
Insertion	Chr4	23330284	23330285	2

No Inversion

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	2998743	Chr1	37755075
Translocation	Chr11	25735633	Chr5	18398179	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare