Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2619-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2619-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 88

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	5769797	A-G	HET
SBS	Chr1	15018789	G-A	HET
SBS	Chr1	31720782	T-C	HET
SBS	Chr1	34107346	T-A	HET
SBS	Chr1	34806914	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g60190
SBS	Chr2	5504339	A-T	Homo
SBS	Chr2	8451105	G-T	HET
SBS	Chr2	10192932	C-T	HET
SBS	Chr2	15093540	T-A	HET
SBS	Chr2	21719823	C-T	HET
SBS	Chr2	23801961	A-T	HET
SBS	Chr2	29200324	G-C	HET
SBS	Chr3	2237309	T-C	HET
SBS	Chr3	8235756	A-G	HET
SBS	Chr3	12785364	G-A	HET
SBS	Chr3	17416003	A-G	HET
SBS	Chr3	18071965	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g31650
SBS	Chr3	23063484	G-T	HET
SBS	Chr3	23181667	A-G	HET
SBS	Chr3	23637422	C-T	HET
SBS	Chr3	34547122	G-A	HET
SBS	Chr4	2156697	T-C	HET
SBS	Chr4	4480387	G-A	Homo
SBS	Chr4	4480644	C-G	Homo
SBS	Chr4	12779148	G-A	HET
SBS	Chr4	14584033	C-G	HET
SBS	Chr4	25788153	A-G	HET
SBS	Chr4	35296810	A-T	HET
SBS	Chr4	35296811	T-C	HET
SBS	Chr5	20498080	C-A	HET
SBS	Chr5	29586516	T-C	HET
SBS	Chr6	1552401	A-T	HET
SBS	Chr6	3054922	T-C	HET
SBS	Chr6	8592373	G-C	HET
SBS	Chr6	9885137	C-T	HET
SBS	Chr6	12368989	A-G	HET
SBS	Chr6	12370988	G-T	HET
SBS	Chr6	14006184	C-A	Homo
SBS	Chr6	14006185	C-A	Homo
SBS	Chr6	15187006	G-A	HET
SBS	Chr6	17787494	C-A	HET
SBS	Chr6	21458149	T-C	Homo
SBS	Chr7	1565413	G-T	HET
SBS	Chr7	5009087	G-T	HET
SBS	Chr7	7304384	G-A	HET
SBS	Chr7	10833775	C-G	Homo
SBS	Chr7	14214787	A-T	HET
SBS	Chr7	14958757	C-T	HET
SBS	Chr7	18638429	A-G	HET
SBS	Chr7	18665638	G-A	Homo
SBS	Chr7	19792194	G-A	Homo
SBS	Chr7	21461453	A-T	HET
SBS	Chr7	25828854	C-T	HET
SBS	Chr7	28687858	T-C	HET
SBS	Chr8	1376943	C-A	HET
SBS	Chr8	3161529	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g05870
SBS	Chr8	4413572	G-A	HET
SBS	Chr8	10391923	G-A	HET
SBS	Chr8	10466478	C-A	HET
SBS	Chr8	15995045	A-T	HET
SBS	Chr8	16352759	A-G	HET
SBS	Chr8	23672936	C-T	HET
SBS	Chr8	26195161	C-A	Homo
SBS	Chr8	28220565	G-A	HET
SBS	Chr9	1313402	G-T	HET
SBS	Chr10	1717945	G-A	HET
SBS	Chr10	2818631	T-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os10g05650
SBS	Chr10	9955392	C-T	HET
SBS	Chr10	11143353	T-G	HET
SBS	Chr10	12146492	G-A	HET
SBS	Chr10	12472747	C-G	HET
SBS	Chr10	13252405	G-A	HET
SBS	Chr10	17685308	T-C	HET
SBS	Chr11	8865131	G-A	HET
SBS	Chr11	9393831	A-G	HET
SBS	Chr11	14006698	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os11g24540
SBS	Chr11	15757305	G-T	HET
SBS	Chr11	20869145	C-A	HET
SBS	Chr11	26531962	T-C	HET
SBS	Chr11	26726590	T-A	HET
SBS	Chr12	1774371	C-T	HET
SBS	Chr12	1775576	G-A	HET
SBS	Chr12	1775577	A-T	HET
SBS	Chr12	2036546	G-A	HET
SBS	Chr12	8757700	A-G	HET
SBS	Chr12	15797176	T-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os12g26970
SBS	Chr12	23018117	T-C	HET
SBS	Chr12	23737023	C-A	HET

Deletions: 33

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	431651	431652	1	LOC_Os11g01810
Deletion	Chr12	1214741	1214750	9
Deletion	Chr8	2721495	2721504	9	LOC_Os08g05230
Deletion	Chr4	4466001	4482000	15999	LOC_Os04g08370
Deletion	Chr9	5667001	5752000	84999	17
Deletion	Chr1	5873385	5873386	1
Deletion	Chr5	6546503	6546520	17
Deletion	Chr12	6943851	6943853	2
Deletion	Chr8	7737707	7737713	6
Deletion	Chr12	8194512	8194514	2
Deletion	Chr8	8199677	8199697	20	LOC_Os08g13750
Deletion	Chr5	8241047	8241072	25
Deletion	Chr5	8331933	8331934	1
Deletion	Chr6	14401638	14401647	9
Deletion	Chr8	15130582	15130586	4
Deletion	Chr12	15471806	15471808	2
Deletion	Chr12	15661627	15661645	18
Deletion	Chr1	15840876	15840878	2
Deletion	Chr8	16356286	16356296	10
Deletion	Chr8	16403930	16403950	20
Deletion	Chr5	16728461	16728462	1
Deletion	Chr3	17087486	17087488	2
Deletion	Chr3	17407070	17407080	10
Deletion	Chr6	19573502	19573503	1
Deletion	Chr2	20008792	20008793	1
Deletion	Chr4	20533481	20533496	15
Deletion	Chr9	21263545	21263549	4
Deletion	Chr4	21411484	21411485	1
Deletion	Chr1	22180356	22180358	2
Deletion	Chr4	23249001	23262000	12999
Deletion	Chr12	24607651	24607669	18
Deletion	Chr5	26552172	26552173	1
Deletion	Chr3	31578881	31578882	1

Insertions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	25245398	25245399	2
Insertion	Chr3	18104106	18104107	2
Insertion	Chr6	6706900	6706901	2
Insertion	Chr6	19636449	19636449	1
Insertion	Chr8	6052090	6052091	2
Insertion	Chr9	3627095	3627095	1
Insertion	Chr12	1256757	1256764	8
Insertion	Chr12	19400944	19400946	3

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	33733981	33734239	LOC_Os03g59240

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	3426770	Chr3	10353052	2
Translocation	Chr12	3426773	Chr3	10353496	2
Translocation	Chr3	10353511	Chr1	13002034	2
Translocation	Chr3	10354685	Chr1	13002053	2
Translocation	Chr5	26596864	Chr1	5903009	2
Translocation	Chr5	26596866	Chr1	5903008	2

Main menu

You are here

Search Results