Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2620-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2620-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 68

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	118246	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g01250
SBS	Chr1	20619513	T-G	HET
SBS	Chr1	20686699	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g37070
SBS	Chr1	21508580	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g38330
SBS	Chr1	25653535	G-A	HET
SBS	Chr1	26217511	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g46110
SBS	Chr1	35196825	C-A	HET
SBS	Chr1	37395541	A-T	HET
SBS	Chr1	42191663	G-T	HET
SBS	Chr10	10747303	T-C	Homo
SBS	Chr10	16787454	C-G	HET
SBS	Chr10	20502436	C-T	HET
SBS	Chr10	6564363	C-T	Homo
SBS	Chr10	8721360	A-G	HET
SBS	Chr11	15002285	A-G	HET
SBS	Chr11	25363851	C-T	HET
SBS	Chr12	13954922	A-G	HET
SBS	Chr12	19333051	C-T	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os12g32040
SBS	Chr12	27184917	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os12g43760
SBS	Chr2	30976508	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g50720
SBS	Chr2	32138999	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g52520
SBS	Chr2	6164283	C-T	HET
SBS	Chr2	9949463	G-A	HET
SBS	Chr3	17363038	G-A	HET
SBS	Chr3	21303201	G-A	HET
SBS	Chr3	21303202	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g38370
SBS	Chr3	24015555	A-T	HET
SBS	Chr3	26468015	T-A	HET
SBS	Chr3	266633	G-A	HET
SBS	Chr3	266634	C-A	HET
SBS	Chr3	35572389	C-T	HET
SBS	Chr4	10311771	C-A	HET
SBS	Chr4	10519335	T-C	HET
SBS	Chr4	10697076	C-T	HET
SBS	Chr4	14266020	G-A	HET
SBS	Chr4	15434304	T-G	HET
SBS	Chr4	20389684	G-T	Homo
SBS	Chr4	3142730	A-G	HET
SBS	Chr4	34391601	T-A	HET
SBS	Chr4	35381117	T-A	Homo
SBS	Chr5	10849813	C-T	HET
SBS	Chr5	1380660	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os05g03360
SBS	Chr5	17711652	G-A	HET
SBS	Chr5	24934456	G-A	HET
SBS	Chr5	28376421	C-T	HET
SBS	Chr6	29496280	C-T	HET
SBS	Chr6	9622952	C-T	HET
SBS	Chr7	10576426	C-T	HET
SBS	Chr7	10682927	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g18050
SBS	Chr7	14005388	A-T	HET
SBS	Chr7	16834043	T-A	HET
SBS	Chr7	26445094	C-T	HET
SBS	Chr7	5144593	A-G	HET
SBS	Chr7	5566719	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g10380
SBS	Chr7	9683885	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g16520
SBS	Chr8	13719807	T-G	HET
SBS	Chr8	14180906	G-T	HET
SBS	Chr8	14180907	G-A	HET
SBS	Chr8	6051057	G-A	HET
SBS	Chr8	8631580	A-G	HET
SBS	Chr8	8746794	C-T	HET
SBS	Chr8	9995547	G-C	HET
SBS	Chr9	14768267	C-A	HET
SBS	Chr9	3094461	G-A	HET
SBS	Chr9	3366667	C-A	HET
SBS	Chr9	5935634	G-A	HET
SBS	Chr9	7380322	C-T	HET
SBS	Chr9	8020454	G-A	HET

Deletions: 29

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	2355001	2411000	55999	10
Deletion	Chr12	2531664	2531691	27	LOC_Os12g05520
Deletion	Chr3	3791605	3791606	1
Deletion	Chr2	4666731	4666748	17
Deletion	Chr2	5948001	5960000	11999	2
Deletion	Chr2	6007001	6017000	9999	LOC_Os02g11680
Deletion	Chr9	6239856	6239860	4
Deletion	Chr6	8170088	8170115	27
Deletion	Chr11	8514916	8514921	5	LOC_Os11g15120
Deletion	Chr9	8628140	8628144	4
Deletion	Chr4	9015001	9090000	74999	13
Deletion	Chr12	9121842	9121851	9
Deletion	Chr11	9865001	10041000	175999	20
Deletion	Chr10	10258124	10258126	2
Deletion	Chr4	10994389	10994399	10	LOC_Os04g19684
Deletion	Chr8	12247260	12247282	22
Deletion	Chr11	12709401	12709410	9
Deletion	Chr12	14201018	14201024	6	LOC_Os12g24750
Deletion	Chr5	16077916	16077921	5
Deletion	Chr11	16379777	16379780	3	LOC_Os11g28460
Deletion	Chr1	18229001	18273000	43999	9
Deletion	Chr12	19418735	19418737	2
Deletion	Chr9	22068376	22068378	2
Deletion	Chr3	23192679	23192681	2	LOC_Os03g41770
Deletion	Chr12	24275600	24275606	6
Deletion	Chr1	26217726	26217737	11
Deletion	Chr2	26380436	26380443	7	LOC_Os02g43700
Deletion	Chr1	26639260	26639261	1
Deletion	Chr2	31658087	31658088	1

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr3	34739038	34739039	2
Insertion	Chr6	14975770	14975770	1
Insertion	Chr6	29743389	29743389	1

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	5947907	6006970
Inversion	Chr2	5959755	6016877
Inversion	Chr4	8560677	9014452	LOC_Os04g15760

No Translocation

Main menu

You are here

Search Nipponbare