Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2621-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2621-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 65

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	14783536	C-A	HET
SBS	Chr1	14814371	T-C	HET
SBS	Chr1	16342644	G-A	HET
SBS	Chr1	16835654	T-C	HET
SBS	Chr1	17172187	G-A	HET
SBS	Chr1	25305521	A-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os01g44150
SBS	Chr1	29629311	G-A	HET
SBS	Chr1	32570228	A-G	HET
SBS	Chr1	34161355	A-G	HET
SBS	Chr1	42032455	G-T	HET
SBS	Chr1	5339650	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g10170
SBS	Chr10	10513135	C-T	HET
SBS	Chr10	4669915	A-T	Homo
SBS	Chr10	8702557	G-A	HET
SBS	Chr11	1398425	G-T	HET
SBS	Chr12	13648284	G-A	HET
SBS	Chr12	15917555	T-C	HET
SBS	Chr12	16320869	T-C	HET
SBS	Chr12	24792651	G-A	HET
SBS	Chr12	24792652	C-A	HET
SBS	Chr12	25123908	T-C	HET
SBS	Chr12	2722649	A-T	HET
SBS	Chr12	2722651	G-T	HET
SBS	Chr12	2794381	C-T	HET
SBS	Chr12	387428	A-G	HET
SBS	Chr12	387429	A-T	HET
SBS	Chr12	652456	A-T	HET
SBS	Chr2	11834532	A-C	HET
SBS	Chr2	17274777	G-A	Homo
SBS	Chr2	20752817	G-A	HET
SBS	Chr2	23668846	C-T	Homo
SBS	Chr2	33883588	T-C	Homo
SBS	Chr2	3462734	C-G	HET
SBS	Chr2	4157048	G-A	HET
SBS	Chr2	492994	C-T	HET
SBS	Chr2	7571211	G-C	HET
SBS	Chr3	2743426	G-A	HET
SBS	Chr3	30975900	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g54030
SBS	Chr3	665035	G-A	HET
SBS	Chr3	7671192	A-T	HET
SBS	Chr3	8959175	T-C	HET
SBS	Chr4	1488522	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g03450
SBS	Chr4	16324553	C-T	HET
SBS	Chr4	17454290	C-T	HET
SBS	Chr4	1803345	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g03950
SBS	Chr4	19810747	C-T	HET
SBS	Chr4	20804406	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g34350
SBS	Chr4	24801460	T-A	HET
SBS	Chr4	29904488	T-C	Homo
SBS	Chr4	8403867	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g14950
SBS	Chr5	10645454	G-A	HET
SBS	Chr5	14421979	C-T	HET
SBS	Chr5	18092802	A-T	Homo
SBS	Chr5	18092809	T-G	Homo
SBS	Chr5	25426608	C-T	HET
SBS	Chr6	7685876	A-G	HET
SBS	Chr7	15837925	G-A	HET
SBS	Chr7	27268882	C-T	HET
SBS	Chr7	2789161	G-A	HET
SBS	Chr7	6231732	G-A	HET
SBS	Chr8	15267142	C-T	HET
SBS	Chr8	19041816	C-T	Homo
SBS	Chr8	6473905	C-T	HET
SBS	Chr9	7096952	C-A	HET
SBS	Chr9	7748588	G-T	HET

Deletions: 28

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	151451	151456	5
Deletion	Chr5	3202898	3202900	2
Deletion	Chr1	4370924	4370931	7
Deletion	Chr5	4655805	4655813	8
Deletion	Chr1	5351099	5351102	3
Deletion	Chr7	7677868	7677869	1
Deletion	Chr4	7696135	7696141	6
Deletion	Chr1	8031001	8126000	94999	16
Deletion	Chr12	10171916	10171920	4
Deletion	Chr10	10601508	10601524	16
Deletion	Chr7	11204173	11204174	1	LOC_Os07g18910
Deletion	Chr3	13272616	13272617	1
Deletion	Chr1	13954125	13954127	2
Deletion	Chr6	14907425	14907426	1
Deletion	Chr7	15730662	15730665	3
Deletion	Chr2	17437547	17437567	20
Deletion	Chr1	18647259	18647263	4
Deletion	Chr1	18845543	18845544	1
Deletion	Chr3	22745124	22745125	1	LOC_Os03g40930
Deletion	Chr1	25595001	25810000	214999	35
Deletion	Chr1	26219001	26332000	112999	15
Deletion	Chr1	26357001	26499000	141999	20
Deletion	Chr8	26364679	26364687	8
Deletion	Chr5	26407901	26407904	3	LOC_Os05g45570
Deletion	Chr8	27716161	27716173	12	LOC_Os08g44020
Deletion	Chr5	29802570	29802571	1
Deletion	Chr6	30992062	30992069	7
Deletion	Chr2	34907236	34907237	1

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	7253142	7253143	2
Insertion	Chr3	6532810	6532811	2
Insertion	Chr5	16384764	16384769	6

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	7874328	8192500
Inversion	Chr6	8248423	8664122	2
Inversion	Chr6	8248432	8653990

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	8379929	Chr1	4549215
Translocation	Chr5	10864910	Chr1	12873666	2
Translocation	Chr10	16525738	Chr4	5141362	2
Translocation	Chr2	27025150	Chr1	8016906	2
Translocation	Chr3	29194570	Chr1	31269208

Main menu

You are here

Search Nipponbare