Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2646-S-1 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2646-S-1 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 57

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	2770	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	30160678	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	38878551	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	39393309	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	6360742	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	13888649	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	3077824	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	9284261	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	10109874	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	12801323	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	5494573	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	19647206	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	30848691	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr2	35257524	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g57540
SBS	Chr2	35257528	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g57540
SBS	Chr2	5233208	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	16049928	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	19458240	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g34170
SBS	Chr3	24619645	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	25092616	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	26736385	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	29833988	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	31405544	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	32336497	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr3	3955333	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	3955334	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	13105743	T-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	13728986	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	15980267	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	20009650	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	30339357	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr5	10220132	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g17780
SBS	Chr5	4282150	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	6012010	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	14582280	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	24225913	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr7	10980846	G-A	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr7	11058027	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	11657218	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	11811435	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g20450
SBS	Chr7	2256247	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	2256248	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	2256249	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	9436220	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr7	9727399	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	23473901	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	25411189	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	27473618	C-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr8	2780851	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	28216891	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	5740774	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	7849030	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	8482103	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	2974182	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	4582146	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	5343385	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	9630881	C-A	HET	INTRON

Deletions: 27

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	1271839	1271923	84
Deletion	Chr12	3072543	3072589	46
Deletion	Chr10	3303955	3303956	1	LOC_Os10g06430
Deletion	Chr1	3600861	3600870	9	LOC_Os01g07530
Deletion	Chr8	5337766	5337767	1
Deletion	Chr3	7408515	7408541	26
Deletion	Chr4	8739129	8739131	2
Deletion	Chr6	10548519	10548579	60
Deletion	Chr2	10597034	10597038	4
Deletion	Chr8	11096287	11096297	10	LOC_Os08g18100
Deletion	Chr4	11152010	11152021	11
Deletion	Chr2	11348649	11348653	4
Deletion	Chr6	11476300	11476301	1
Deletion	Chr9	15397337	15397338	1
Deletion	Chr9	15888272	15888278	6
Deletion	Chr7	17096930	17096962	32
Deletion	Chr9	18119528	18119532	4	LOC_Os09g29810
Deletion	Chr9	21423421	21423423	2
Deletion	Chr5	24646799	24646800	1
Deletion	Chr3	25452680	25452732	52
Deletion	Chr4	25857462	25857473	11
Deletion	Chr5	25995137	25995139	2
Deletion	Chr4	26161210	26161218	8
Deletion	Chr6	29570951	29570955	4
Deletion	Chr4	33538382	33538383	1
Deletion	Chr1	34063705	34063713	8
Deletion	Chr1	36921033	36921034	1

Insertions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	7763205	7763206	2
Insertion	Chr10	8712397	8712397	1
Insertion	Chr12	15725335	15725335	1
Insertion	Chr12	3418570	3418571	2
Insertion	Chr2	6601876	6601877	2
Insertion	Chr3	25527866	25527875	10
Insertion	Chr4	13040691	13040691	1
Insertion	Chr4	15273890	15273890	1
Insertion	Chr4	33165043	33165052	10
Insertion	Chr4	3703397	3703458	62
Insertion	Chr4	8576183	8576185	3
Insertion	Chr9	1255021	1255042	22

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr10	13989774	14053245
Inversion	Chr10	13989784	14053252
Inversion	Chr2	20632024	21342612
Inversion	Chr2	20632032	21342627

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	7492567	Chr9	9620712	LOC_Os09g15750
Translocation	Chr11	7492575	Chr9	9615444

Main menu

You are here

Search Nipponbare