Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2647-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2647-S Alignment File
Seed Availability	No
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 106

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	3958249	A-G	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr1	7507478	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g13470
SBS	Chr1	8342436	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	14627508	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr1	15768827	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	26325877	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	35732817	G-A	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr1	39768623	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g68430
SBS	Chr2	9970951	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	19272436	G-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr2	29797546	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	33123730	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	891335	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	9910661	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	19682371	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	21198438	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g38170
SBS	Chr3	22569038	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	23449384	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	26017064	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	28182656	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g49510
SBS	Chr3	30329537	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	30951131	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	36376904	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	1413254	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	1746738	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	5770799	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	6606840	C-T	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	7868226	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	13572941	A-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g23739
SBS	Chr4	13572942	A-T	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	16122930	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	16318392	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	32713299	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g55020
SBS	Chr4	33536468	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	33765070	G-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr4	35331886	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr5	2183723	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr5	7616070	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g13740
SBS	Chr5	9954684	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	13623931	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr5	17005326	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	18324433	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	21034196	T-C	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g35400
SBS	Chr5	21990369	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g37580
SBS	Chr5	25474599	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	6547923	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	7176349	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	10742687	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	11716334	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g20390
SBS	Chr6	12869957	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr6	13269268	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	17532837	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	20394192	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g35040
SBS	Chr6	21653431	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	23881583	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	646692	G-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr7	837814	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	10913939	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr7	11449826	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	17435436	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	18357799	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	20357082	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	26867327	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g45020
SBS	Chr8	2202130	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	5470003	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	11910550	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os08g19880
SBS	Chr8	12852078	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	15584835	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	17059792	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	18080379	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	19048950	A-G	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr8	21865655	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	23148918	T-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os08g36680
SBS	Chr8	23825145	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	8007969	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr9	11624397	G-A	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr9	13941064	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	15668747	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	15668751	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	15668755	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	21976012	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	22067407	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr9	22211832	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	305090	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr10	1181898	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	5756868	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	5893123	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	12115634	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr10	12814949	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	18335018	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr10	19950463	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	20981198	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	1005502	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	3357703	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g06840
SBS	Chr11	13954011	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	15389280	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	21477980	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr11	21531714	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	7736618	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g13720
SBS	Chr12	9534073	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g16650
SBS	Chr12	12386869	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g22020
SBS	Chr12	14358316	A-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	15053756	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	21631046	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	24866285	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	24885607	T-C	HET	INTERGENIC

Deletions: 29

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	921349	921350	1
Deletion	Chr11	4697643	4697644	1
Deletion	Chr10	6227446	6227462	16
Deletion	Chr9	6621135	6621151	16
Deletion	Chr9	7848526	7848533	7
Deletion	Chr9	8377464	8377468	4
Deletion	Chr8	9964208	9964210	2
Deletion	Chr6	10272186	10272194	8
Deletion	Chr11	10543036	10543038	2
Deletion	Chr6	10723124	10723125	1
Deletion	Chr10	12291178	12291179	1	LOC_Os10g23990
Deletion	Chr11	13249491	13249494	3
Deletion	Chr6	13798969	13798970	1
Deletion	Chr2	15223241	15223254	13
Deletion	Chr10	17070057	17070065	8
Deletion	Chr4	17370205	17370209	4
Deletion	Chr6	17698001	17799000	100999	12
Deletion	Chr8	19009281	19009293	12
Deletion	Chr4	19080774	19080784	10
Deletion	Chr6	19917114	19917120	6
Deletion	Chr5	20603982	20603998	16
Deletion	Chr3	22273445	22273447	2
Deletion	Chr10	22953981	22953982	1
Deletion	Chr5	25134414	25134416	2	LOC_Os05g43220
Deletion	Chr6	26367669	26367677	8
Deletion	Chr8	27670187	27670195	8	LOC_Os08g43870
Deletion	Chr5	28022850	28022855	5
Deletion	Chr4	29077100	29077105	5
Deletion	Chr2	30158869	30158895	26

Insertions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	36846411	36846412	2
Insertion	Chr1	40421947	40421950	4
Insertion	Chr2	35076734	35076735	2
Insertion	Chr3	2307734	2307735	2
Insertion	Chr11	10882934	10882934	1
Insertion	Chr1	9490977	9490986	10
Insertion	Chr2	9442938	9442956	19
Insertion	Chr3	7708653	7708678	26
Insertion	Chr3	24231768	24231777	10
Insertion	Chr5	2925037	2925050	14
Insertion	Chr5	14007130	14007145	16
Insertion	Chr11	25113040	25113049	10
Insertion	Chr12	25059687	25059688	2

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr1	7431808	8272763
Inversion	Chr9	8155493	8172110
Inversion	Chr9	8155509	8172109
Inversion	Chr8	27265345	27766499
Inversion	Chr3	36373807	36402433
Inversion	Chr3	36373820	36374198

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	14363390	Chr8	27766504
Translocation	Chr10	14363404	Chr8	27768594
Translocation	Chr9	16540012	Chr6	17497729
Translocation	Chr8	22680582	Chr7	23002853	LOC_Os08g35970
Translocation	Chr8	27265369	Chr1	18068368

Main menu

You are here

Search Results