Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2649-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2649-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 70

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13336061	G-A	HET
SBS	Chr1	176284	C-T	HET
SBS	Chr1	25500539	C-A	HET
SBS	Chr1	31822101	C-A	HET
SBS	Chr1	32310095	C-T	HET
SBS	Chr1	37317060	C-T	HET
SBS	Chr1	40882386	T-A	HET
SBS	Chr1	40882387	C-A	HET
SBS	Chr1	6677786	T-A	HET
SBS	Chr10	1338387	G-T	HET
SBS	Chr10	17850953	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g33760
SBS	Chr10	23174384	A-G	HET
SBS	Chr10	8159402	T-C	HET
SBS	Chr11	1128861	C-T	HET
SBS	Chr11	1749366	T-C	HET
SBS	Chr11	20154989	T-C	Homo
SBS	Chr11	20313274	G-A	HET
SBS	Chr11	3108154	C-A	HET
SBS	Chr11	3345895	T-G	HET
SBS	Chr12	10092256	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g17620
SBS	Chr12	12640022	T-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g22380
SBS	Chr12	15659424	A-G	HET
SBS	Chr12	18744990	C-T	HET
SBS	Chr12	8977088	G-A	HET
SBS	Chr2	24817503	A-G	Homo
SBS	Chr2	25577667	A-T	Homo
SBS	Chr2	27527420	T-G	HET
SBS	Chr2	27527421	G-A	HET
SBS	Chr2	27527423	G-A	HET
SBS	Chr2	27541766	C-G	HET
SBS	Chr2	28773698	T-A	HET
SBS	Chr2	30060404	C-T	HET
SBS	Chr3	10402584	C-T	Homo
SBS	Chr3	15388459	G-A	HET
SBS	Chr3	22362037	C-T	HET
SBS	Chr3	27760967	C-A	HET
SBS	Chr3	28370256	C-T	HET
SBS	Chr3	31140188	C-T	HET
SBS	Chr3	31140189	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g54780
SBS	Chr3	6141836	G-A	HET
SBS	Chr3	9532892	G-A	HET
SBS	Chr4	17075214	T-A	HET
SBS	Chr4	17599973	T-A	Homo
SBS	Chr4	25207369	C-T	HET
SBS	Chr4	557185	A-G	HET
SBS	Chr5	1679366	C-A	HET
SBS	Chr5	20469569	T-A	HET
SBS	Chr5	22717538	G-T	HET
SBS	Chr5	29621611	C-G	Homo
SBS	Chr5	8964460	G-A	HET
SBS	Chr5	9128311	T-C	HET
SBS	Chr6	20394439	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g35040
SBS	Chr6	2690082	A-G	HET
SBS	Chr6	29874744	C-T	HET
SBS	Chr7	14967868	C-T	HET
SBS	Chr7	16393472	G-A	HET
SBS	Chr7	28933587	G-A	HET
SBS	Chr7	6061405	A-T	HET
SBS	Chr7	9440791	A-G	HET
SBS	Chr8	13007215	T-C	HET
SBS	Chr8	13591919	C-A	HET
SBS	Chr8	2500913	C-T	HET
SBS	Chr8	3338215	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g06100
SBS	Chr8	3338216	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g06100
SBS	Chr9	11717057	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g19590
SBS	Chr9	14964326	G-A	HET
SBS	Chr9	17300471	G-C	HET
SBS	Chr9	17535915	C-A	HET
SBS	Chr9	22050975	G-C	HET
SBS	Chr9	2425367	C-T	Homo

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	1198931	1198932	1
Deletion	Chr11	2290254	2290255	1
Deletion	Chr10	9063321	9063322	1	LOC_Os10g17930
Deletion	Chr10	9682001	9734000	51999	11
Deletion	Chr11	9707001	9999000	291999	38
Deletion	Chr10	10056001	10189000	132999	20
Deletion	Chr10	11052488	11052489	1
Deletion	Chr2	11384599	11384603	4
Deletion	Chr8	20140398	20140406	8
Deletion	Chr6	22481456	22481460	4	LOC_Os06g38030
Deletion	Chr4	26134270	26134287	17
Deletion	Chr6	26606594	26606603	9
Deletion	Chr5	27338343	27338348	5
Deletion	Chr1	28566624	28566625	1
Deletion	Chr2	33476510	33476512	2

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	25275166	25275185	20
Insertion	Chr2	19486291	19486292	2
Insertion	Chr6	3758113	3758114	2
Insertion	Chr6	9801978	9801979	2
Insertion	Chr9	14722990	14722990	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	7970279	8211576	2
Inversion	Chr2	7970293	8238782

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	10722802	Chr4	26530140	2
Translocation	Chr11	11737981	Chr4	25397688	2
Translocation	Chr11	11749922	Chr4	25397690	2
Translocation	Chr8	14086287	Chr5	5212205	2
Translocation	Chr11	21589576	Chr7	7985005	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare