Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2651-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2651-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 67

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	8224361	C-T	HET
SBS	Chr1	10187364	C-T	HET
SBS	Chr1	17261747	G-T	HET
SBS	Chr1	19151169	A-T	HET
SBS	Chr1	19660622	A-G	HET
SBS	Chr1	20120526	G-A	HET
SBS	Chr1	20120527	G-A	HET
SBS	Chr1	24680829	A-T	HET
SBS	Chr1	35221171	T-A	HET
SBS	Chr2	10539599	G-T	HET
SBS	Chr4	13465895	G-A	HET
SBS	Chr4	13465896	G-A	HET
SBS	Chr4	13914169	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os04g24290
SBS	Chr4	25417763	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g42960
SBS	Chr4	26179134	A-G	Homo
SBS	Chr5	9721661	T-C	HET
SBS	Chr5	10262768	C-T	HET
SBS	Chr5	13233611	C-A	HET
SBS	Chr5	15021738	C-T	HET
SBS	Chr5	28622033	C-A	HET
SBS	Chr6	2911417	A-G	HET
SBS	Chr6	20362120	C-T	HET
SBS	Chr6	20962950	G-T	HET
SBS	Chr8	3783955	G-T	HET
SBS	Chr8	20227075	C-T	Homo
SBS	Chr8	27105686	C-T	Homo
SBS	Chr9	6410989	T-C	HET
SBS	Chr9	10825886	G-A	HET
SBS	Chr10	3252995	T-A	Homo
SBS	Chr10	8263635	A-G	HET
SBS	Chr10	9418213	T-C	HET
SBS	Chr10	11326745	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g21950
SBS	Chr11	12806471	G-A	HET
SBS	Chr11	18860758	C-A	HET
SBS	Chr11	26507524	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g43895
SBS	Chr12	12279130	T-C	HET
SBS	Chr12	20323249	T-A	HET
SBS	Chr1	19151169	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	20120526	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	20120527	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	24680829	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr1	35221171	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	10539599	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr2	24002827	G-A	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr2	33712062	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr4	5892595	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g10860
SBS	Chr4	13465895	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	13465896	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	22255526	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	25417763	C-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g42960
SBS	Chr4	25834734	C-T	HOMO	UTR_3_PRIME
SBS	Chr4	26179134	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	13233611	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	15021738	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	28622033	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	2911417	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	27538653	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g45520
SBS	Chr7	21233868	C-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr8	20227075	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	27105686	C-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr9	6410989	T-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr10	3252995	T-A	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr10	9418213	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	11826578	G-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr11	16062230	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g27910
SBS	Chr11	18860758	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	20323249	T-A	HET	INTERGENIC

Deletions: 30

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	2215589	2215592	3
Deletion	Chr4	3258937	3258938	1
Deletion	Chr11	4407213	4407216	3
Deletion	Chr4	4853057	4853143	86
Deletion	Chr9	6272157	6272158	1
Deletion	Chr8	8605795	8605816	21
Deletion	Chr4	10100130	10100136	6
Deletion	Chr8	11149576	11149578	2
Deletion	Chr2	11170923	11170924	1
Deletion	Chr4	11488203	11488205	2
Deletion	Chr4	11593193	11593198	5
Deletion	Chr12	11778994	11778995	1
Deletion	Chr12	11979507	11979661	154
Deletion	Chr12	12290507	12290508	1	LOC_Os12g21830
Deletion	Chr10	12635113	12635115	2
Deletion	Chr4	12850731	12850733	2
Deletion	Chr6	13193521	13193529	8	2
Deletion	Chr6	14528271	14528272	1	2
Deletion	Chr5	15826728	15826729	1
Deletion	Chr12	16880815	16880821	6
Deletion	Chr11	17616117	17616123	6
Deletion	Chr1	17907722	17907723	1
Deletion	Chr6	18654806	18654809	3
Deletion	Chr7	23564516	23564517	1
Deletion	Chr4	26803479	26803481	2	2
Deletion	Chr3	32027752	32027759	7
Deletion	Chr3	34562692	34562694	2
Deletion	Chr4	35249172	35249173	1
Deletion	Chr1	41120735	41120750	15	LOC_Os01g71050
Deletion	Chr1	42674678	42674682	4

Insertions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr5	10837772	10837774	3
Insertion	Chr11	1463476	1463477	2	2
Insertion	Chr11	1463476	1463477	2	2
Insertion	Chr3	27219007	27219007	1
Insertion	Chr8	2959829	2959830	2
Insertion	Chr8	6681321	6681321	1
Insertion	Chr9	4874891	4874891	1
Insertion	Chr10	898384	898384	1
Insertion	Chr12	11540047	11540047	1

No Inversion

Translocations: 11

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	605246	Chr7	24030575
Translocation	Chr7	3521801	Chr1	14847727
Translocation	Chr12	6657561	Chr8	8895240	LOC_Os12g12140
Translocation	Chr3	8639445	Chr2	18422062
Translocation	Chr11	10569842	Chr9	7975572
Translocation	Chr10	12127460	Chr2	16840705
Translocation	Chr10	12387982	Chr1	18490986
Translocation	Chr9	16540002	Chr6	17497732
Translocation	Chr11	19832326	Chr10	10710656
Translocation	Chr9	21552342	Chr2	34253049	LOC_Os09g37310
Translocation	Chr6	21576308	Chr1	15444229	LOC_Os06g36690

Main menu

You are here

Search Results