Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2654-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2654-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 50

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11859923	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	13337197	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	14230251	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr1	17041475	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr1	22060509	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	3975927	G-A	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr1	5671382	C-T	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr10	16096311	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr10	16647213	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	17357182	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	3176816	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	3869787	T-G	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr10	8683184	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr10	9698715	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	9698716	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	1617203	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr11	19655329	C-G	HET	INTRON
SBS	Chr11	20050670	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	10047192	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	16757674	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr12	1933607	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g04550
SBS	Chr12	23853668	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	26802803	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	13273669	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	2576372	C-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g05360
SBS	Chr2	5425094	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	6770951	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	27245734	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	11152782	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	16021497	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	16906017	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g28550
SBS	Chr4	22323938	C-G	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	6211041	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	8251075	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	18951325	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	2439330	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	24914904	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	27801535	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr5	5775765	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	11953211	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr6	28383275	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	6297141	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr6	6297149	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr8	11868671	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	12188597	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	14471600	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	21876495	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr9	21876498	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr9	9658128	C-G	HOMO	INTRON
SBS	Chr9	9658135	A-G	HOMO	INTRON

Deletions: 34

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	213994	213999	5
Deletion	Chr4	821152	821225	73	LOC_Os04g02340
Deletion	Chr7	1480786	1480787	1
Deletion	Chr6	1710560	1710561	1
Deletion	Chr3	2766382	2766416	34
Deletion	Chr1	3059980	3059982	2
Deletion	Chr11	3971118	3971122	4	LOC_Os11g07790
Deletion	Chr6	4745706	4745709	3
Deletion	Chr2	5326961	5326972	11	LOC_Os02g10160
Deletion	Chr3	5617505	5617515	10
Deletion	Chr6	5751858	5751860	2
Deletion	Chr6	5752189	5752195	6
Deletion	Chr3	9339504	9339528	24
Deletion	Chr8	10774837	10774838	1
Deletion	Chr9	11396116	11396127	11
Deletion	Chr10	11705248	11705252	4
Deletion	Chr7	12872595	12872596	1
Deletion	Chr5	14853001	14909000	55999	9
Deletion	Chr10	14889519	14889522	3	LOC_Os10g28590
Deletion	Chr7	17002361	17002369	8
Deletion	Chr1	18277124	18277196	72
Deletion	Chr2	19844275	19844277	2	LOC_Os02g33400
Deletion	Chr10	19937088	19937090	2
Deletion	Chr5	22987841	22987844	3
Deletion	Chr5	23758506	23758511	5	LOC_Os05g40440
Deletion	Chr7	24474030	24474035	5
Deletion	Chr6	24873024	24873025	1
Deletion	Chr1	26253062	26253068	6
Deletion	Chr3	27783836	27783842	6
Deletion	Chr8	28150708	28150710	2
Deletion	Chr5	29081508	29081514	6
Deletion	Chr3	33314658	33314665	7
Deletion	Chr2	33827389	33827392	3	LOC_Os02g55230
Deletion	Chr4	35285173	35285174	1

Insertions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	17634633	17634713	81
Insertion	Chr1	8483844	8483909	66
Insertion	Chr11	12121613	12121690	78
Insertion	Chr11	9311321	9311322	2
Insertion	Chr2	23151472	23151473	2
Insertion	Chr2	23969407	23969407	1
Insertion	Chr5	9698176	9698176	1
Insertion	Chr7	24240103	24240196	94
Insertion	Chr8	15537211	15537211	1
Insertion	Chr8	17293658	17293661	4

No Inversion

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	32916	Chr3	23639478
Translocation	Chr9	7057099	Chr1	31953042
Translocation	Chr11	17836748	Chr10	12209849
Translocation	Chr11	22532682	Chr5	5767275	LOC_Os05g10590
Translocation	Chr3	24883120	Chr2	8852240
Translocation	Chr6	25585467	Chr3	25151135	LOC_Os03g44670

Main menu

You are here

Search Nipponbare