Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 49

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	4655561	G-A	HET
SBS	Chr10	16546967	C-T	Homo
SBS	Chr10	6803825	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g12220
SBS	Chr11	15351998	C-T	Homo
SBS	Chr11	16749525	G-A	Homo
SBS	Chr11	19628155	C-A	HET
SBS	Chr11	25284009	C-T	HET
SBS	Chr11	26037426	C-T	HET
SBS	Chr11	27195885	T-A	Homo
SBS	Chr11	28176843	A-T	HET
SBS	Chr11	9873874	C-T	HET
SBS	Chr12	13120896	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g23210
SBS	Chr12	19206691	G-A	HET
SBS	Chr12	26436879	G-A	HET
SBS	Chr12	27161448	A-G	HET
SBS	Chr2	21843589	T-G	HET
SBS	Chr2	28389313	T-C	HET
SBS	Chr2	9553036	G-A	HET
SBS	Chr3	16939040	G-A	Homo
SBS	Chr3	16939041	A-T	Homo
SBS	Chr3	30099420	G-C	Homo
SBS	Chr3	34514925	A-G	HET
SBS	Chr3	35178962	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g62090
SBS	Chr3	35625244	A-G	HET
SBS	Chr3	6166646	A-T	Homo
SBS	Chr4	34215226	G-T	Homo
SBS	Chr5	12959923	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g22840
SBS	Chr5	17685142	C-G	Homo
SBS	Chr5	25419405	G-A	HET
SBS	Chr6	10487633	G-A	HET
SBS	Chr6	11184329	C-T	HET
SBS	Chr6	17500502	A-T	HET
SBS	Chr6	23190926	C-A	HET
SBS	Chr6	26487539	C-T	HET
SBS	Chr6	26487542	A-T	HET
SBS	Chr6	26707474	A-T	HET
SBS	Chr7	10118511	G-A	HET
SBS	Chr7	12618896	C-T	HET
SBS	Chr7	15390130	C-T	HET
SBS	Chr7	15414217	T-C	HET
SBS	Chr7	28158777	A-G	HET
SBS	Chr8	2160701	C-T	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os08g04420
SBS	Chr8	7521889	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g12690
SBS	Chr9	1328513	C-T	HET
SBS	Chr9	15644506	T-A	HET
SBS	Chr9	17446565	G-C	HET
SBS	Chr9	20613353	A-C	HET
SBS	Chr9	2295382	A-T	HET
SBS	Chr9	2295385	T-C	HET

Deletions: 27

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	644937	644950	13
Deletion	Chr1	1162213	1162224	11
Deletion	Chr11	1319881	1319891	10
Deletion	Chr9	1541936	1541951	15
Deletion	Chr12	2387976	2387993	17
Deletion	Chr11	2546014	2546018	4
Deletion	Chr9	2957495	2957498	3
Deletion	Chr12	3912336	3912339	3
Deletion	Chr7	4145216	4145230	14
Deletion	Chr10	8832527	8832528	1	LOC_Os10g17510
Deletion	Chr1	10177333	10177337	4	LOC_Os01g18180
Deletion	Chr5	11356865	11356878	13
Deletion	Chr6	12412543	12412544	1
Deletion	Chr6	13200104	13200105	1
Deletion	Chr5	16987001	16999000	11999	4
Deletion	Chr10	19459804	19459806	2
Deletion	Chr2	20127525	20127531	6	LOC_Os02g33730
Deletion	Chr5	20410264	20410276	12
Deletion	Chr3	20754338	20754339	1
Deletion	Chr5	23314067	23314073	6
Deletion	Chr11	24201711	24201728	17
Deletion	Chr7	28838992	28839002	10
Deletion	Chr1	29646797	29646798	1
Deletion	Chr4	30227532	30227534	2	LOC_Os04g51060
Deletion	Chr3	31521370	31521374	4
Deletion	Chr4	32062697	32062698	1
Deletion	Chr3	35215054	35215056	2

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	4396816	4396817	2
Insertion	Chr3	23133210	23133211	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	3527050	3557421	2
Inversion	Chr9	3527224	3558152	2

Translocations: 13

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	192323	Chr7	4497657	LOC_Os08g01300
Translocation	Chr3	268159	Chr2	29684992
Translocation	Chr3	268164	Chr2	29684996
Translocation	Chr8	435452	Chr7	4497647	LOC_Os08g01710
Translocation	Chr12	1816568	Chr5	24756772
Translocation	Chr12	1816574	Chr5	24756620
Translocation	Chr9	3557421	Chr8	22088590	2
Translocation	Chr9	3558145	Chr8	22088605	2
Translocation	Chr9	11307386	Chr6	22141205
Translocation	Chr8	14513929	Chr1	29953971	LOC_Os08g23990
Translocation	Chr8	14513930	Chr1	29953040	LOC_Os08g23990
Translocation	Chr2	22470361	Chr1	33825445	2
Translocation	Chr2	22470367	Chr1	33824808	2

Main menu