Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2657-S-1 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2657-S-1 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 67

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12075898	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	12129599	A-G	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr1	20150662	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	24115542	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	24377951	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g42830
SBS	Chr1	3131828	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	40423792	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	40793911	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	7031170	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	9560623	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	9856877	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	122153	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr10	22751246	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g42240
SBS	Chr10	4453900	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	17841574	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	14045077	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	16117761	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	16184264	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr12	20260198	C-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g33530
SBS	Chr12	22705168	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g37050
SBS	Chr12	4407270	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	7817618	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	11652177	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	19517941	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	35931594	C-G	HOMO	#VALUE!
SBS	Chr2	4752019	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	16652106	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	20569314	C-A	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr3	24784694	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	29855228	G-A	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr3	33628028	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g59070
SBS	Chr3	36344507	T-C	HOMO	INTRON
SBS	Chr3	6581337	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g12460
SBS	Chr3	6879711	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	9517651	A-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr4	12044000	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	13091793	T-C	HOMO	INTRON
SBS	Chr4	14201602	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	17698948	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	19462099	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	22697891	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	33507551	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	17833199	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	5139023	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	14072701	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	22424098	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	30713687	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	30713688	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	30713689	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	6824316	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g12590
SBS	Chr6	6824319	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g12590
SBS	Chr6	7316597	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	7316598	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	7316599	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	7429697	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	27547363	C-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr7	4283338	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	5554353	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr8	15471670	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	16929054	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr8	1806451	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	26303279	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	5057293	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	12265040	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr9	13507587	G-C	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g22350
SBS	Chr9	13551576	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	17580736	T-A	HET	INTERGENIC

Deletions: 23

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	2354353	2354354	1
Deletion	Chr11	3001998	3001999	1
Deletion	Chr3	4141568	4141569	1
Deletion	Chr9	5223658	5223659	1
Deletion	Chr10	7028293	7028294	1
Deletion	Chr9	8501638	8501640	2
Deletion	Chr10	8773122	8773126	4	LOC_Os10g17400
Deletion	Chr11	10280807	10280817	10
Deletion	Chr3	11237637	11237657	20
Deletion	Chr12	12302108	12302122	14
Deletion	Chr9	14494966	14494967	1
Deletion	Chr7	18561182	18561183	1	LOC_Os07g31340
Deletion	Chr2	22735043	22735046	3
Deletion	Chr11	22812858	22812867	9
Deletion	Chr1	24891112	24891150	38
Deletion	Chr1	26513559	26513560	1
Deletion	Chr6	26584863	26584883	20
Deletion	Chr7	26757310	26757311	1
Deletion	Chr8	27970626	27970628	2
Deletion	Chr7	28438001	28445000	6999	2
Deletion	Chr4	31250853	31250855	2	LOC_Os04g52560
Deletion	Chr3	34484716	34484721	5
Deletion	Chr2	35809575	35809580	5

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	15054067	15054067	1
Insertion	Chr12	14518922	14518922	1
Insertion	Chr12	21760065	21760066	2
Insertion	Chr2	29393394	29393419	26
Insertion	Chr3	12881950	12881951	2
Insertion	Chr8	11049434	11049434	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	8106863	8685880
Inversion	Chr11	16376707	17008514

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr7	11781006	Chr1	20049378
Translocation	Chr11	15778951	Chr9	11329510
Translocation	Chr12	15976550	Chr7	11781189
Translocation	Chr12	15977128	Chr7	11780997

Main menu

You are here

Search Nipponbare