Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2659-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2659-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 62

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	23217311	G-A	Homo
SBS	Chr10	21306514	C-A	HET
SBS	Chr10	9235004	C-T	HET
SBS	Chr11	14852190	C-T	HET
SBS	Chr12	10862208	C-A	HET
SBS	Chr12	12166233	T-G	HET
SBS	Chr12	12166235	A-C	HET
SBS	Chr12	12520176	A-G	HET
SBS	Chr12	15495816	A-C	HET
SBS	Chr12	23121146	T-A	HET
SBS	Chr12	654640	C-A	HET
SBS	Chr12	7862766	C-T	HET
SBS	Chr12	8783949	A-G	HET
SBS	Chr12	9681578	C-T	HET
SBS	Chr2	12584953	T-G	Homo
SBS	Chr2	14119805	G-A	HET
SBS	Chr2	17267034	G-C	HET
SBS	Chr2	17464852	A-G	Homo
SBS	Chr2	20529303	G-A	HET
SBS	Chr2	23473348	C-T	HET
SBS	Chr2	30823133	C-A	HET
SBS	Chr2	30823134	G-A	HET
SBS	Chr3	10370593	C-A	HET
SBS	Chr3	11658533	A-T	HET
SBS	Chr3	12436286	C-T	Homo
SBS	Chr3	17376767	A-G	HET
SBS	Chr3	18064005	A-T	HET
SBS	Chr3	18064007	T-G	HET
SBS	Chr3	2408863	G-T	HET
SBS	Chr3	24941984	G-A	Homo
SBS	Chr3	24941985	C-T	Homo
SBS	Chr3	29025841	C-T	Homo
SBS	Chr3	31940659	C-T	HET
SBS	Chr3	33871859	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g59510
SBS	Chr4	13067954	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g23020
SBS	Chr4	21109563	C-T	HET
SBS	Chr4	29856679	C-T	HET
SBS	Chr4	7068837	A-C	HET
SBS	Chr4	7424000	T-C	HET
SBS	Chr5	16846883	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g28720
SBS	Chr5	24853505	T-G	HET
SBS	Chr5	4179874	T-C	HET
SBS	Chr5	4191452	T-G	HET
SBS	Chr5	5907370	G-A	HET
SBS	Chr6	14280966	T-A	HET
SBS	Chr6	14729607	G-T	HET
SBS	Chr6	21510611	G-A	HET
SBS	Chr6	21658664	T-A	HET
SBS	Chr6	26788694	A-G	HET
SBS	Chr7	14708040	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g25650
SBS	Chr7	28506560	G-A	HET
SBS	Chr7	5789409	T-C	HET
SBS	Chr8	17662898	G-T	HET
SBS	Chr8	18105086	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g29530
SBS	Chr8	19143032	T-A	HET
SBS	Chr8	22463919	G-T	Homo
SBS	Chr9	10259094	C-T	HET
SBS	Chr9	15693204	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g26090
SBS	Chr9	22634894	G-A	HET
SBS	Chr9	7984942	C-T	HET
SBS	Chr9	8376866	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g14140
SBS	Chr9	8682605	A-G	HET

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	796632	796634	2
Deletion	Chr4	919745	919757	12
Deletion	Chr7	2847030	2847031	1
Deletion	Chr4	9088817	9088819	2
Deletion	Chr8	10721454	10721455	1
Deletion	Chr10	16831264	16831276	12	LOC_Os10g32030
Deletion	Chr7	22054665	22054667	2
Deletion	Chr11	23109845	23109846	1
Deletion	Chr3	24941870	24941872	2
Deletion	Chr3	24948172	24948176	4
Deletion	Chr2	27957220	27957224	4
Deletion	Chr6	29719276	29719280	4
Deletion	Chr3	34009001	34022000	12999	LOC_Os03g59740
Deletion	Chr3	34981365	34981366	1

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr4	32929666	32929666	1
Insertion	Chr4	8409851	8409851	1	LOC_Os04g14970
Insertion	Chr5	10007414	10007414	1
Insertion	Chr6	25354194	25354195	2

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	5150782	5497977
Inversion	Chr4	5150958	5497987
Inversion	Chr10	15609345	15754220	LOC_Os10g30054
Inversion	Chr10	15609350	15754220	LOC_Os10g30054

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	5150798	Chr3	13830539
Translocation	Chr4	5150942	Chr3	13830547
Translocation	Chr9	13448251	Chr8	7145722	2
Translocation	Chr10	13650187	Chr6	16152481	2
Translocation	Chr5	15913918	Chr3	1302376
Translocation	Chr12	16182382	Chr4	32905475	2
Translocation	Chr4	17940237	Chr2	13401460	LOC_Os04g30040
Translocation	Chr9	21246712	Chr2	18115022
Translocation	Chr7	26695193	Chr1	14588958	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare