Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 52

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	17855884	C-T	HET
SBS	Chr1	23472682	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g41460
SBS	Chr1	24931857	T-C	HET
SBS	Chr1	25532196	T-A	HET
SBS	Chr1	26069642	T-A	HET
SBS	Chr1	26069643	C-T	HET
SBS	Chr1	26069645	C-T	HET
SBS	Chr1	32323098	C-T	Homo
SBS	Chr1	37653578	G-A	HET
SBS	Chr1	37653579	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g64860
SBS	Chr10	19293376	A-C	HET
SBS	Chr10	20026577	C-G	HET
SBS	Chr10	22643674	G-C	HET
SBS	Chr10	4970186	T-G	HET
SBS	Chr11	2329282	C-T	Homo
SBS	Chr11	24003594	G-A	HET
SBS	Chr11	26124283	C-T	HET
SBS	Chr11	4144019	A-G	Homo
SBS	Chr12	26509811	A-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g42660
SBS	Chr12	5023098	G-T	HET
SBS	Chr2	1407164	A-T	HET
SBS	Chr2	5638109	G-A	HET
SBS	Chr3	16106200	G-A	HET
SBS	Chr3	8024413	T-A	HET
SBS	Chr3	9579820	G-T	HET
SBS	Chr4	11372906	A-T	HET
SBS	Chr4	11853346	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os04g21090
SBS	Chr4	12495712	C-T	HET
SBS	Chr4	19930828	G-A	HET
SBS	Chr4	20162424	C-T	Homo
SBS	Chr4	20795081	A-G	Homo
SBS	Chr4	7545585	C-T	HET
SBS	Chr5	1060047	G-T	Homo
SBS	Chr5	12032585	C-T	HET
SBS	Chr5	20094675	C-T	HET
SBS	Chr5	24796036	G-A	Homo
SBS	Chr5	7611148	G-A	HET
SBS	Chr5	9577412	T-C	HET
SBS	Chr6	23681481	T-C	HET
SBS	Chr6	25686973	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g42710
SBS	Chr6	4105499	A-G	HET
SBS	Chr7	1310014	C-A	HET
SBS	Chr7	13119246	G-A	HET
SBS	Chr7	19833098	C-G	HET
SBS	Chr7	2559206	G-A	HET
SBS	Chr7	26264662	C-T	HET
SBS	Chr8	15105897	C-T	HET
SBS	Chr8	7278867	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g12350
SBS	Chr8	7751101	C-A	HET
SBS	Chr9	4076991	G-A	HET
SBS	Chr9	5709653	G-C	HET
SBS	Chr9	8573025	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g14500

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	89130	89132	2
Deletion	Chr11	4771355	4771360	5
Deletion	Chr6	7497278	7497286	8
Deletion	Chr7	8388856	8388858	2
Deletion	Chr6	11800947	11800952	5
Deletion	Chr11	12749427	12749442	15
Deletion	Chr5	15741001	16010000	268999	42
Deletion	Chr12	16687548	16687551	3	LOC_Os12g28250
Deletion	Chr8	20991676	20991678	2
Deletion	Chr7	21073468	21073472	4	LOC_Os07g35190
Deletion	Chr3	22873391	22873401	10
Deletion	Chr2	30830210	30830228	18
Deletion	Chr1	35896812	35896813	1

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr3	22147578	22147579	2
Insertion	Chr3	25224565	25224566	2

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	6512190	6650281	LOC_Os07g11780
Inversion	Chr5	10868016	10879369	2
Inversion	Chr5	10868028	10879387	2

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	16590731	Chr6	27543274	2
Translocation	Chr11	24335086	Chr1	34435521	2

Main menu