Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2666-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2666-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 98

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	18421985	T-A	HET
SBS	Chr1	1891943	C-T	HET
SBS	Chr1	20153958	A-T	HET
SBS	Chr1	20697806	A-T	HET
SBS	Chr1	20697806	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	23159960	T-G	HET
SBS	Chr1	23159960	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	28575834	C-T	HET
SBS	Chr1	32138485	C-T	HET
SBS	Chr1	32138485	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr1	37566701	A-G	HET
SBS	Chr10	13053586	C-T	HET
SBS	Chr10	13203684	G-A	HET
SBS	Chr10	13203684	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr10	20419798	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	5040174	C-A	HET
SBS	Chr10	5040174	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	8867827	C-A	HET
SBS	Chr10	8867827	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	15215036	C-G	HET
SBS	Chr11	20906425	A-T	HET
SBS	Chr11	20906425	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	4394509	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g08330
SBS	Chr12	21841571	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g35840
SBS	Chr12	4215861	A-G	HET
SBS	Chr12	4215861	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr12	4719648	C-A	HET
SBS	Chr12	4719648	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	20212545	G-A	HET
SBS	Chr2	20212545	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr2	20696147	G-A	HET
SBS	Chr2	20696147	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	2890681	G-T	Homo
SBS	Chr2	2890681	G-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr3	13966957	C-T	HET
SBS	Chr3	13966957	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr3	21987387	G-A	HET
SBS	Chr3	23651742	G-A	HET
SBS	Chr3	24811687	T-G	HET
SBS	Chr3	24811687	T-G	HET	INTRON
SBS	Chr3	32771600	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g57480
SBS	Chr4	12905238	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g22790
SBS	Chr4	13439346	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	14548274	T-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g25170
SBS	Chr4	14548274	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g25170
SBS	Chr4	21127408	T-A	HET
SBS	Chr4	21127408	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	24463387	G-A	Homo
SBS	Chr4	24463387	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr4	29084546	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g48760
SBS	Chr4	30612116	G-A	HET
SBS	Chr4	31805012	C-T	HET
SBS	Chr4	33613056	C-T	HET
SBS	Chr4	4508022	A-T	HET
SBS	Chr4	5015787	C-A	HET
SBS	Chr4	5015787	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	10166310	A-T	Homo
SBS	Chr5	10166310	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	11988951	G-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g20430
SBS	Chr5	11988951	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g20430
SBS	Chr5	5559279	T-G	HET
SBS	Chr5	5559279	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	6189526	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g11040
SBS	Chr6	24721282	T-A	Homo
SBS	Chr6	24721282	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	4048626	C-T	HET
SBS	Chr6	4048626	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	8495887	G-T	HET
SBS	Chr6	9526565	G-T	HET
SBS	Chr7	10312621	T-A	Homo
SBS	Chr7	10312621	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	10312622	G-A	Homo
SBS	Chr7	10312622	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	10480702	C-T	HET
SBS	Chr7	11489776	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g19420
SBS	Chr7	22094637	C-A	HET
SBS	Chr7	22094637	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	2458484	T-G	Homo
SBS	Chr7	3231286	C-T	HET
SBS	Chr7	3231286	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr7	3366552	A-T	Homo
SBS	Chr7	3366552	A-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr8	10904192	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr8	15964272	C-G	HET
SBS	Chr8	15964272	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	2317753	T-A	HET
SBS	Chr8	2317753	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	24089478	C-T	HET
SBS	Chr9	16153647	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g26620
SBS	Chr9	2270314	C-A	HET
SBS	Chr9	2270314	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr9	4621560	A-G	HET
SBS	Chr9	641106	C-T	HET
SBS	Chr9	641106	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	644892	A-G	HET
SBS	Chr9	644892	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	9676857	G-T	Homo
SBS	Chr9	9676857	G-T	HOMO	INTERGENIC

Deletions: 45

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	605204	605212	8	2
Deletion	Chr5	1771724	1771744	20
Deletion	Chr3	1939037	1939058	21	LOC_Os03g04220
Deletion	Chr4	2692630	2692634	4	LOC_Os04g05380
Deletion	Chr3	3699591	3699597	6	2
Deletion	Chr8	5095144	5095145	1	2
Deletion	Chr9	7316960	7316961	1
Deletion	Chr2	7956138	7956139	1	2
Deletion	Chr8	8686659	8686660	1	2
Deletion	Chr5	9434136	9434144	8	2
Deletion	Chr4	10755647	10755654	7
Deletion	Chr3	10788258	10788264	6
Deletion	Chr4	11663448	11663451	3	LOC_Os04g20790
Deletion	Chr12	11800702	11800710	8	2
Deletion	Chr7	11804591	11804600	9	2
Deletion	Chr1	12695248	12695254	6
Deletion	Chr10	14155163	14155164	1
Deletion	Chr1	16175671	16175672	1
Deletion	Chr4	16656096	16656100	4
Deletion	Chr1	17325886	17325887	1	2
Deletion	Chr11	18074281	18074283	2	2
Deletion	Chr10	18607001	18620000	12999	2
Deletion	Chr1	18701437	18701440	3	2
Deletion	Chr12	18860366	18860377	11
Deletion	Chr10	19015843	19015849	6
Deletion	Chr1	19761982	19761985	3	2
Deletion	Chr1	20682259	20682265	6
Deletion	Chr1	20737313	20737316	3	2
Deletion	Chr3	20834733	20834734	1
Deletion	Chr5	21041230	21041247	17	2
Deletion	Chr3	21416922	21416923	1
Deletion	Chr6	24354331	24354336	5	2
Deletion	Chr6	24613289	24613290	1
Deletion	Chr3	25350185	25350189	4
Deletion	Chr6	25874329	25874338	9	2
Deletion	Chr11	26470538	26470553	15
Deletion	Chr3	27112892	27112899	7	2
Deletion	Chr7	27702804	27702806	2	LOC_Os07g46430
Deletion	Chr3	27849846	27849863	17
Deletion	Chr8	27883310	27883320	10
Deletion	Chr6	28214001	28226000	11999
Deletion	Chr1	28441023	28441034	11
Deletion	Chr3	30317157	30317177	20	2
Deletion	Chr4	31847393	31847479	86
Deletion	Chr3	32522079	32522080	1

Insertions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	3945123	3945124	2	2
Insertion	Chr1	3945123	3945124	2	2
Insertion	Chr1	43000361	43000361	1	LOC_Os01g74230
Insertion	Chr12	426978	426982	5
Insertion	Chr2	24310552	24310552	1
Insertion	Chr3	22759606	22759617	12
Insertion	Chr4	1058037	1058037	1
Insertion	Chr4	3133414	3133416	3	2
Insertion	Chr4	3133414	3133416	3	2
Insertion	Chr8	4957394	4957399	6	2
Insertion	Chr8	4957394	4957399	6	2
Insertion	Chr9	13061771	13061772	2	2
Insertion	Chr9	13061771	13061772	2	2

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	16879281	17459431	2
Inversion	Chr3	20831261	21068189
Inversion	Chr3	20831273	21068192	2
Inversion	Chr1	31730291	32301893	LOC_Os01g55150
Inversion	Chr1	31730294	32301907	2

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	6457667	Chr10	3607567
Translocation	Chr11	9323569	Chr6	23180839

Main menu

You are here

Search Nipponbare