Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2667-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2667-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 108

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11334190	G-C	Homo
SBS	Chr1	11334190	G-C	HOMO	INTRON
SBS	Chr1	12040921	T-C	Homo
SBS	Chr1	12040921	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	21249906	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g37930
SBS	Chr1	22493925	C-G	HET
SBS	Chr1	29497419	A-G	Homo
SBS	Chr1	29497419	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	30580943	G-T	HET
SBS	Chr1	32363817	A-T	HET
SBS	Chr1	36324589	G-C	HET
SBS	Chr1	953179	G-A	HET
SBS	Chr10	12845922	G-A	HET
SBS	Chr10	12845922	G-A	HET	SPLICE_SITE_REGION
SBS	Chr10	15317901	T-C	HET
SBS	Chr10	15317901	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr10	272497	G-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g01450
SBS	Chr10	272497	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g01450
SBS	Chr11	15078255	G-A	HET
SBS	Chr11	18180309	G-T	HET
SBS	Chr11	20945524	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr11	27811016	T-A	HET
SBS	Chr12	12101219	G-A	HET
SBS	Chr12	12101219	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	18071896	G-C	HET
SBS	Chr12	18071896	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	4968337	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g09470
SBS	Chr12	5013862	G-A	HET
SBS	Chr12	5013862	G-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr2	20353988	A-G	HET
SBS	Chr2	20353988	A-G	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr2	26720549	C-T	HET
SBS	Chr2	26720549	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	30980440	G-C	HET
SBS	Chr2	31974692	C-T	HET
SBS	Chr2	31974692	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	32063413	T-C	HET
SBS	Chr2	8443091	G-T	HET
SBS	Chr3	11999278	T-G	HET
SBS	Chr3	11999278	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	12451475	T-A	HET
SBS	Chr3	12451475	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	13956805	A-G	HET
SBS	Chr3	13956805	A-G	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr3	14454862	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g25320
SBS	Chr3	16391822	T-A	HET
SBS	Chr3	16391822	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	16962158	G-A	HET
SBS	Chr3	36195289	G-A	HET
SBS	Chr3	9184654	A-G	HET
SBS	Chr4	14851317	G-A	Homo
SBS	Chr4	14851317	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	21776572	G-A	Homo
SBS	Chr4	21776572	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	22957084	A-G	HET
SBS	Chr4	23874808	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	26393515	C-A	HET
SBS	Chr4	26553387	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	27780665	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	28979118	C-A	HET
SBS	Chr4	29013810	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g48660
SBS	Chr4	4180235	C-G	Homo
SBS	Chr4	4180235	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	4185433	C-G	HOMO	UTR_3_PRIME
SBS	Chr4	6174427	G-T	HET
SBS	Chr5	17394550	T-C	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g30070
SBS	Chr5	17394550	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g30070
SBS	Chr5	23414631	A-C	Homo
SBS	Chr5	23414631	A-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	310454	C-A	HET
SBS	Chr5	8159933	T-C	Homo
SBS	Chr5	8159933	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	12977409	C-A	HET
SBS	Chr6	13062251	C-T	HET
SBS	Chr6	14860784	C-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g25370
SBS	Chr6	14860784	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g25370
SBS	Chr6	2396521	G-A	HET
SBS	Chr6	2396521	G-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr6	25627351	A-G	HET
SBS	Chr6	31136604	A-G	Homo
SBS	Chr6	31136604	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	6834121	C-T	Homo
SBS	Chr6	6834121	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	8351093	A-T	Homo
SBS	Chr6	8351093	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	10570155	T-C	HET
SBS	Chr7	12886092	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	15372330	G-A	HET
SBS	Chr7	15372330	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	160671	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	2790773	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	3592723	T-C	HET
SBS	Chr7	3592723	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr7	6676403	G-A	HET
SBS	Chr7	6676403	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	9835937	C-T	HET
SBS	Chr8	13697075	T-A	HET
SBS	Chr8	21596089	T-A	HET
SBS	Chr8	21596089	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	24746569	C-A	HET
SBS	Chr9	13433001	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	14978876	G-T	HET
SBS	Chr9	2749621	T-G	Homo
SBS	Chr9	2749621	T-G	HOMO	INTRON
SBS	Chr9	3016876	T-C	HET
SBS	Chr9	3016876	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr9	3164651	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g06660
SBS	Chr9	7075511	T-C	HET

Deletions: 26

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	478701	478703	2	2
Deletion	Chr12	2450015	2450019	4
Deletion	Chr7	2758001	2773000	14999	3
Deletion	Chr7	2797001	2896000	98999	16
Deletion	Chr7	2800001	2900000	99999	16
Deletion	Chr11	3489464	3489482	18	2
Deletion	Chr8	5912934	5912942	8
Deletion	Chr7	6477852	6477853	1
Deletion	Chr9	7139545	7139547	2	2
Deletion	Chr12	9834180	9834181	1
Deletion	Chr10	10776979	10776990	11	2
Deletion	Chr12	11689743	11689745	2
Deletion	Chr8	12161356	12161357	1
Deletion	Chr1	13012363	13012366	3	2
Deletion	Chr10	13029475	13029481	6
Deletion	Chr10	13534702	13534703	1
Deletion	Chr11	16829622	16829623	1
Deletion	Chr11	17702497	17702499	2
Deletion	Chr4	19365432	19365436	4	2
Deletion	Chr6	22359919	22359931	12
Deletion	Chr4	22811374	22811387	13	2
Deletion	Chr11	24965121	24965127	6	2
Deletion	Chr7	26764960	26764961	1
Deletion	Chr8	27808093	27808096	3
Deletion	Chr2	33606493	33606501	8	2
Deletion	Chr1	36792087	36792088	1

Insertions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	13679991	13679991	1
Insertion	Chr1	4555088	4555088	1
Insertion	Chr10	16392350	16392353	4
Insertion	Chr2	35077154	35077156	3
Insertion	Chr3	23942107	23942107	1
Insertion	Chr5	8116387	8116387	1	LOC_Os05g14400
Insertion	Chr8	17916507	17916507	1
Insertion	Chr9	11531490	11531490	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	39419949	39420120

Translocations: 16

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	164478	Chr5	14966498
Translocation	Chr10	2694518	Chr6	22683226
Translocation	Chr10	7833402	Chr9	2382386	2
Translocation	Chr9	8289918	Chr6	11646591
Translocation	Chr3	15692309	Chr2	18844091
Translocation	Chr12	18179682	Chr11	10218713
Translocation	Chr10	18190003	Chr4	8855441	LOC_Os10g34078
Translocation	Chr11	18371992	Chr10	879842	LOC_Os11g31440
Translocation	Chr5	18580910	Chr1	7861353
Translocation	Chr10	19291321	Chr2	16123058
Translocation	Chr7	19416595	Chr3	1603838
Translocation	Chr12	20175900	Chr11	13411844	LOC_Os12g33360
Translocation	Chr11	22529369	Chr8	10765832	LOC_Os11g37990
Translocation	Chr12	26966677	Chr6	4303675
Translocation	Chr12	27044721	Chr11	20669049
Translocation	Chr12	27530417	Chr8	7729489

Main menu

You are here

Search Nipponbare