Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 53

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11182700	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g19720
SBS	Chr1	12013719	A-G	HET
SBS	Chr1	12900153	C-A	HET
SBS	Chr1	13784679	C-T	HET
SBS	Chr1	15127295	G-A	HET
SBS	Chr1	15127296	C-A	HET
SBS	Chr1	22457931	C-T	HET
SBS	Chr1	27119913	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g47450
SBS	Chr1	37383500	G-T	HET
SBS	Chr1	40366243	G-A	HET
SBS	Chr1	4533343	G-T	HET
SBS	Chr10	1131478	G-C	HET
SBS	Chr10	11677147	G-A	HET
SBS	Chr10	12325811	C-A	HET
SBS	Chr10	2501806	T-C	HET
SBS	Chr10	7463387	C-T	HET
SBS	Chr11	17858815	G-A	HET
SBS	Chr12	10159353	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g17740
SBS	Chr12	1483334	C-T	HET
SBS	Chr12	22101250	T-C	HET
SBS	Chr12	24484921	T-A	HET
SBS	Chr2	13843421	T-A	HET
SBS	Chr2	18742844	C-T	Homo
SBS	Chr2	19743605	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os02g33210
SBS	Chr2	20405646	T-A	HET
SBS	Chr2	20405647	T-A	HET
SBS	Chr2	20406091	T-G	HET
SBS	Chr2	22625218	G-A	HET
SBS	Chr2	22685756	A-T	HET
SBS	Chr2	24514837	C-T	HET
SBS	Chr2	32100281	C-T	HET
SBS	Chr2	7113972	G-C	HET
SBS	Chr2	7113975	G-A	HET
SBS	Chr2	7113979	G-A	HET
SBS	Chr3	17490342	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g30700
SBS	Chr3	18233471	C-T	HET
SBS	Chr3	36054416	G-A	Homo
SBS	Chr3	8263099	T-C	HET
SBS	Chr4	19348645	C-T	HET
SBS	Chr4	35233363	G-A	HET
SBS	Chr5	26181041	C-T	HET
SBS	Chr6	17726903	C-G	HET
SBS	Chr6	9264118	T-G	HET
SBS	Chr7	237306	T-C	HET
SBS	Chr7	27050739	A-G	HET
SBS	Chr7	27111278	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os07g45450
SBS	Chr8	15481145	T-C	HET
SBS	Chr8	21369106	G-A	HET
SBS	Chr8	26322774	C-T	Homo
SBS	Chr9	12971796	G-A	Homo
SBS	Chr9	19220275	G-T	HET
SBS	Chr9	2657136	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g04950
SBS	Chr9	7130343	A-G	HET

Deletions: 27

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	855933	855935	2
Deletion	Chr9	974019	974022	3
Deletion	Chr9	3360730	3360731	1
Deletion	Chr10	3643919	3643920	1
Deletion	Chr2	6956259	6956267	8
Deletion	Chr2	7035001	7056000	20999	4
Deletion	Chr10	9573765	9573775	10
Deletion	Chr3	9802219	9802221	2
Deletion	Chr11	10971718	10971719	1
Deletion	Chr2	11224512	11224513	1	LOC_Os02g19230
Deletion	Chr6	14670930	14670937	7
Deletion	Chr2	17544798	17544799	1
Deletion	Chr12	19301303	19301315	12
Deletion	Chr6	20549335	20549336	1	LOC_Os06g35220
Deletion	Chr5	20762635	20762649	14	LOC_Os05g34950
Deletion	Chr5	21245043	21245044	1
Deletion	Chr7	21742001	21797000	54999	6
Deletion	Chr12	22082587	22082597	10
Deletion	Chr3	22334453	22334484	31
Deletion	Chr12	23031797	23031803	6	LOC_Os12g37530
Deletion	Chr3	26316326	26316337	11
Deletion	Chr6	26955323	26955324	1
Deletion	Chr1	27467256	27467258	2
Deletion	Chr1	28106725	28106732	7
Deletion	Chr3	30380760	30380761	1
Deletion	Chr2	31132030	31132053	23
Deletion	Chr2	34710217	34710219	2

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	11558331	11558332	2
Insertion	Chr12	11417955	11417955	1
Insertion	Chr3	22607473	22607487	15

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	35758835	35759053

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	2929577	Chr3	20535942
Translocation	Chr8	6156580	Chr3	19048457	2
Translocation	Chr8	6157001	Chr3	19048457	2
Translocation	Chr9	8398262	Chr2	25035292
Translocation	Chr8	14865817	Chr1	13740753	2

Main menu