Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2674-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2674-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 61

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10360688	A-G	HET
SBS	Chr1	10916085	C-G	HET
SBS	Chr1	14504111	T-C	HET
SBS	Chr1	1921904	G-A	HET
SBS	Chr1	40848436	T-A	HET
SBS	Chr1	98467	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g01200
SBS	Chr10	12831647	A-T	HET
SBS	Chr10	22833945	A-G	HET
SBS	Chr10	2331590	G-T	HET
SBS	Chr10	7193805	G-A	HET
SBS	Chr10	9318844	T-A	HET
SBS	Chr11	11179822	G-A	Homo
SBS	Chr11	13889463	A-T	HET
SBS	Chr11	3174478	A-G	Homo
SBS	Chr11	3692363	T-C	HET
SBS	Chr12	12337120	G-A	HET
SBS	Chr12	15660655	C-G	HET
SBS	Chr12	17785193	C-T	HET
SBS	Chr12	7716830	C-T	HET
SBS	Chr12	8970617	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g15700
SBS	Chr2	14898004	A-G	HET
SBS	Chr2	18075229	G-A	Homo
SBS	Chr2	22370236	C-A	HET
SBS	Chr2	22861612	G-T	Homo
SBS	Chr2	26392004	C-T	Homo
SBS	Chr3	13003044	G-A	HET
SBS	Chr3	19144003	G-A	HET
SBS	Chr3	2177833	G-T	HET
SBS	Chr3	22821134	C-T	HET
SBS	Chr3	2288728	C-T	HET
SBS	Chr3	33783003	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g59340
SBS	Chr3	34648748	A-G	HET
SBS	Chr3	35268561	A-G	HET
SBS	Chr3	8167504	G-T	Homo
SBS	Chr3	9268602	A-T	HET
SBS	Chr4	15149201	A-G	HET
SBS	Chr4	25480618	C-A	Homo
SBS	Chr4	34036281	C-A	HET
SBS	Chr5	12119439	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g20670
SBS	Chr5	21332272	C-T	Homo
SBS	Chr5	21522185	C-G	Homo
SBS	Chr5	569722	G-A	HET
SBS	Chr6	1814137	T-A	HET
SBS	Chr6	2234627	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g05060
SBS	Chr7	14337240	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g25100
SBS	Chr7	15028869	C-T	HET
SBS	Chr7	18226425	G-A	Homo
SBS	Chr7	20360964	T-A	HET
SBS	Chr8	11257077	A-T	HET
SBS	Chr8	16268085	T-A	HET
SBS	Chr8	18244174	G-C	HET
SBS	Chr8	2832273	A-G	Homo
SBS	Chr8	6410769	G-T	HET
SBS	Chr8	7013605	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g11960
SBS	Chr8	9290388	T-A	HET
SBS	Chr8	9973579	T-A	HET
SBS	Chr8	9973580	T-A	HET
SBS	Chr9	11087792	T-A	HET
SBS	Chr9	20374600	T-A	HET
SBS	Chr9	478435	G-T	HET
SBS	Chr9	5642736	C-T	HET

Deletions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	1397294	1397300	6
Deletion	Chr2	11352805	11352817	12
Deletion	Chr2	16637138	16637141	3
Deletion	Chr6	16775155	16775156	1	LOC_Os06g29350
Deletion	Chr2	21891549	21891554	5
Deletion	Chr4	23708286	23708287	1
Deletion	Chr2	25922001	25976000	53999	9
Deletion	Chr1	26698001	26720000	21999	4

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	4548519	4548530	12
Insertion	Chr7	13576897	13576897	1	LOC_Os07g23980
Insertion	Chr9	20078529	20078529	1
Insertion	Chr9	7259923	7259923	1

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	9141060	9441158	2
Inversion	Chr4	13124997	13198939
Inversion	Chr4	13125134	13198945
Inversion	Chr11	14225137	14507472
Inversion	Chr11	14311907	14507467

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	6127543	Chr3	25791659	2
Translocation	Chr10	9141191	Chr6	2866735	2
Translocation	Chr10	9144256	Chr6	2866719	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare