Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2676-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2676-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 60

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	19495194	G-A	Homo
SBS	Chr1	22397016	A-G	HET
SBS	Chr1	22492265	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g39870
SBS	Chr1	25294885	C-T	Homo
SBS	Chr1	25928313	G-A	HET
SBS	Chr2	24802183	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os02g40930
SBS	Chr3	1117556	G-T	HET
SBS	Chr3	3068188	C-T	HET
SBS	Chr3	7603792	T-A	HET
SBS	Chr3	10714486	C-G	HET
SBS	Chr3	11536130	G-A	HET
SBS	Chr3	20505758	C-G	HET
SBS	Chr3	20613117	G-A	HET
SBS	Chr3	34355514	G-A	Homo
SBS	Chr4	6794965	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g12310
SBS	Chr4	7470993	A-G	HET
SBS	Chr4	10922076	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g19610
SBS	Chr4	12083701	G-A	HET
SBS	Chr4	15524515	A-G	HET
SBS	Chr4	15919382	C-T	HET
SBS	Chr4	17637753	C-A	HET
SBS	Chr4	22642831	C-T	Homo
SBS	Chr4	32794382	C-T	HET
SBS	Chr4	35482433	C-T	HET
SBS	Chr5	1577885	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g03650
SBS	Chr5	5209376	G-T	HET
SBS	Chr5	11095344	C-T	HET
SBS	Chr5	11308645	G-T	HET
SBS	Chr6	3899637	C-T	HET
SBS	Chr6	4396128	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g08790
SBS	Chr6	5797914	C-T	Homo
SBS	Chr6	7553016	C-T	HET
SBS	Chr6	19582598	A-G	Homo
SBS	Chr6	24212849	C-T	HET
SBS	Chr6	24592642	C-T	HET
SBS	Chr6	25664329	A-G	HET
SBS	Chr6	27899093	T-C	Homo
SBS	Chr6	28954152	G-A	HET
SBS	Chr7	2203479	G-T	HET
SBS	Chr7	16792729	C-A	HET
SBS	Chr8	2220498	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g04510
SBS	Chr8	4961782	T-A	Homo
SBS	Chr8	6013372	G-A	HET
SBS	Chr8	7477597	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g12640
SBS	Chr8	13753851	A-G	HET
SBS	Chr9	562969	T-C	HET
SBS	Chr9	2975697	G-A	HET
SBS	Chr9	10259613	A-G	HET
SBS	Chr9	10501548	G-A	HET
SBS	Chr9	14370664	T-C	HET
SBS	Chr9	14702958	T-A	HET
SBS	Chr9	16282015	G-C	HET
SBS	Chr9	16970460	G-A	HET
SBS	Chr9	17981399	C-A	HET
SBS	Chr10	16362199	T-C	Homo
SBS	Chr11	2977200	T-A	HET
SBS	Chr11	24676998	G-A	HET
SBS	Chr12	10180781	A-G	HET
SBS	Chr12	13647865	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g24010
SBS	Chr12	15653586	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g26710

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	1427027	1427028	1
Deletion	Chr6	3013060	3013067	7
Deletion	Chr11	3911697	3911699	2	LOC_Os11g07650
Deletion	Chr6	6703835	6703840	5	LOC_Os06g12370
Deletion	Chr6	7454504	7454520	16
Deletion	Chr1	10136699	10136717	18	LOC_Os01g18090
Deletion	Chr7	10822060	10822070	10	LOC_Os07g18250
Deletion	Chr10	12158976	12158978	2
Deletion	Chr3	13333457	13333460	3
Deletion	Chr8	16872830	16872832	2
Deletion	Chr12	17616139	17616219	80
Deletion	Chr10	18113674	18113676	2
Deletion	Chr3	18173179	18173183	4
Deletion	Chr4	18345079	18345089	10
Deletion	Chr7	18441336	18441351	15	LOC_Os07g31160
Deletion	Chr5	25881405	25881412	7	LOC_Os05g44470
Deletion	Chr12	25951140	25951141	1
Deletion	Chr12	26706001	26733000	26999	4

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr3	2955587	2955588	2
Insertion	Chr6	5543356	5543358	3
Insertion	Chr6	19660768	19660770	3

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	3996928	3997152
Inversion	Chr7	9094420	9627054	2
Inversion	Chr7	9625212	9633399	2
Inversion	Chr6	23730188	23890468
Inversion	Chr6	23730195	23890467

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	9625219	Chr3	25503162	LOC_Os07g16430
Translocation	Chr7	9625221	Chr3	25493757	LOC_Os07g16430
Translocation	Chr7	9627013	Chr3	25493773	LOC_Os07g16430
Translocation	Chr8	12109439	Chr2	9635747	LOC_Os08g20180
Translocation	Chr6	17433134	Chr1	11574638
Translocation	Chr11	19930910	Chr8	19933685

Main menu

You are here

Search Results