Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 47

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15867294	C-T	Homo
SBS	Chr1	15935279	G-A	HET
SBS	Chr1	17097946	T-C	Homo
SBS	Chr1	20323243	A-G	Homo
SBS	Chr1	28222985	C-A	HET
SBS	Chr1	28575831	T-C	HET
SBS	Chr1	29824040	G-A	Homo
SBS	Chr1	30711493	C-T	Homo
SBS	Chr1	31737521	G-T	HET
SBS	Chr1	36704942	C-T	HET
SBS	Chr1	37336980	T-C	HET
SBS	Chr10	13106822	A-T	HET
SBS	Chr11	1520378	C-T	HET
SBS	Chr11	24128686	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g40450
SBS	Chr11	8430313	G-A	Homo
SBS	Chr12	18048351	A-G	HET
SBS	Chr12	18711969	T-G	HET
SBS	Chr12	25696197	C-A	HET
SBS	Chr12	5290757	G-A	HET
SBS	Chr12	6645160	A-T	HET
SBS	Chr2	10457985	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g18020
SBS	Chr2	12955740	G-A	HET
SBS	Chr3	21450590	C-T	HET
SBS	Chr3	31244406	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g54960
SBS	Chr3	31244407	C-T	Homo
SBS	Chr4	1233505	A-G	HET
SBS	Chr4	28357726	A-G	HET
SBS	Chr4	32616105	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g54840
SBS	Chr4	425406	T-A	Homo
SBS	Chr4	4395225	A-G	HET
SBS	Chr4	5237902	C-T	HET
SBS	Chr5	10376563	C-T	HET
SBS	Chr5	11795382	A-G	HET
SBS	Chr5	2004108	C-T	Homo
SBS	Chr5	26062621	T-A	Homo
SBS	Chr6	7323616	G-A	HET
SBS	Chr7	11730540	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g20330
SBS	Chr7	13876223	C-G	HET
SBS	Chr7	16411758	G-A	HET
SBS	Chr7	22173514	C-G	HET
SBS	Chr7	9963624	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g16930
SBS	Chr8	16350656	G-A	HET
SBS	Chr8	23908046	A-G	HET
SBS	Chr8	24321868	A-C	HET
SBS	Chr8	7186713	C-T	HET
SBS	Chr9	6944672	T-C	HET
SBS	Chr9	9725133	C-A	HET

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	504524	504533	9
Deletion	Chr1	3537215	3537219	4
Deletion	Chr7	5683878	5683879	1
Deletion	Chr2	6457470	6457476	6	LOC_Os02g12390
Deletion	Chr2	10286519	10286520	1
Deletion	Chr6	12108890	12108896	6
Deletion	Chr12	15261759	15261766	7
Deletion	Chr3	18952986	18952987	1
Deletion	Chr4	19257021	19257025	4
Deletion	Chr12	20089491	20089501	10
Deletion	Chr6	21027463	21027477	14
Deletion	Chr6	22532426	22532427	1
Deletion	Chr1	25071308	25071312	4
Deletion	Chr3	27157516	27157520	4	LOC_Os03g47820
Deletion	Chr11	27442001	27470000	27999	3
Deletion	Chr3	34612340	34612341	1
Deletion	Chr2	35630086	35630118	32	LOC_Os02g58210

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	3644733	3644734	2
Insertion	Chr4	14592733	14592737	5

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	427401	1050825	2
Inversion	Chr1	427422	1050822	2
Inversion	Chr11	17965225	18937354	2
Inversion	Chr11	17965230	18937352	2
Inversion	Chr1	27817928	28055348	2
Inversion	Chr1	27817942	28055372	2

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	13015652	Chr6	15326305	2
Translocation	Chr7	13023903	Chr6	15326299	2
Translocation	Chr5	15593647	Chr1	33894387	2
Translocation	Chr5	15593663	Chr1	33898498	2
Translocation	Chr11	29010103	Chr3	31102232

Main menu