Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2687-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2687-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 82

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	18713288	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	33628472	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	34890123	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr1	6098068	C-T	Homo
SBS	Chr1	6969175	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr1	741849	A-G	HET
SBS	Chr10	8411033	G-T	HET
SBS	Chr10	9539218	C-A	HET
SBS	Chr11	16493950	C-A	HET
SBS	Chr11	16493950	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	16493951	G-A	HET
SBS	Chr11	16493951	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	25247462	A-G	HET
SBS	Chr11	29001206	G-T	HET
SBS	Chr11	29001206	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	6477110	A-T	Homo
SBS	Chr11	6477110	A-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr11	7414075	T-C	HET
SBS	Chr12	13031360	A-T	HET
SBS	Chr12	13031360	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	23541166	C-A	HET
SBS	Chr12	24449715	G-A	Homo
SBS	Chr12	24449715	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	9893018	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os12g17290
SBS	Chr2	18092046	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g30380
SBS	Chr2	30212386	T-C	HET
SBS	Chr2	30212386	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	30782225	C-T	HET
SBS	Chr3	12170095	C-T	Homo
SBS	Chr3	12170095	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	6473224	T-C	HET
SBS	Chr3	6473224	T-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	12343611	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g21790
SBS	Chr4	13834097	T-C	HET
SBS	Chr4	16551540	C-T	HET
SBS	Chr4	16551540	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	20033703	A-G	HET
SBS	Chr4	20033703	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	20033712	G-A	HET
SBS	Chr4	20033712	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	27923067	G-T	HET
SBS	Chr4	27923067	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	5790280	C-T	HET
SBS	Chr5	14297594	G-T	HET
SBS	Chr5	14980319	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g25750
SBS	Chr5	20768500	G-A	HET
SBS	Chr5	21101966	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	27889063	T-G	Homo
SBS	Chr5	27889063	T-G	HOMO	SPLICE_SITE_REGION
SBS	Chr5	3735695	T-A	HET
SBS	Chr5	3735695	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	4154261	A-T	HET
SBS	Chr6	4154261	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	4876222	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr6	5888138	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	11293103	C-T	HET
SBS	Chr7	18095552	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g30580
SBS	Chr7	18095553	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g30580
SBS	Chr7	18963511	G-C	HET
SBS	Chr7	18963511	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	19153135	C-T	HET
SBS	Chr7	24198867	C-T	HET
SBS	Chr7	25003273	A-T	HET
SBS	Chr7	27925150	C-A	HET
SBS	Chr7	27925150	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	6069413	A-G	HET
SBS	Chr7	6069413	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	13976246	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	1399006	A-T	HET
SBS	Chr8	26169272	G-C	Homo
SBS	Chr8	26169272	G-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	7272318	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	11748998	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g19650
SBS	Chr9	13833451	G-A	Homo
SBS	Chr9	13833451	G-A	HOMO	UTR_3_PRIME
SBS	Chr9	16824334	G-T	Homo
SBS	Chr9	16824334	G-T	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr9	17058830	G-A	HET
SBS	Chr9	19130043	G-T	HET
SBS	Chr9	7333416	T-G	HET
SBS	Chr9	7333416	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	8276632	C-T	HET

Deletions: 31

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	614294	614296	2
Deletion	Chr3	1028215	1028227	12	2
Deletion	Chr2	2403696	2403703	7
Deletion	Chr3	2648685	2648706	21
Deletion	Chr3	3707272	3707273	1
Deletion	Chr10	5101993	5101999	6	LOC_Os10g09460
Deletion	Chr7	5395845	5395861	16	LOC_Os07g10080
Deletion	Chr12	5633839	5633865	26
Deletion	Chr9	10443317	10443318	1
Deletion	Chr7	11816198	11816199	1
Deletion	Chr2	12259160	12259161	1
Deletion	Chr9	12680848	12680849	1	2
Deletion	Chr12	12916543	12916584	41
Deletion	Chr9	13461928	13461929	1	2
Deletion	Chr4	15182299	15182300	1
Deletion	Chr11	15722872	15722873	1
Deletion	Chr10	15923379	15923385	6	2
Deletion	Chr6	17764103	17764104	1
Deletion	Chr12	17996187	17996188	1	LOC_Os12g30050
Deletion	Chr3	21391561	21391568	7	2
Deletion	Chr5	22941557	22941561	4	2
Deletion	Chr12	23748961	23748962	1
Deletion	Chr5	26587739	26587740	1	2
Deletion	Chr5	26693302	26693303	1	2
Deletion	Chr11	27974802	27974826	24	LOC_Os11g46190
Deletion	Chr7	28176929	28176930	1
Deletion	Chr7	29086688	29086689	1
Deletion	Chr2	30173658	30173659	1
Deletion	Chr3	33842319	33842326	7
Deletion	Chr1	38688619	38688628	9	LOC_Os01g66610
Deletion	Chr1	39713093	39713095	2

Insertions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	9807979	9807979	1
Insertion	Chr11	13356703	13356703	1	LOC_Os11g23200
Insertion	Chr2	14810340	14810340	1
Insertion	Chr2	23808168	23808168	1
Insertion	Chr3	15780243	15780244	2
Insertion	Chr5	2289603	2289610	8
Insertion	Chr7	14901434	14901434	1
Insertion	Chr8	26716485	26716486	2	2
Insertion	Chr8	26716485	26716486	2	2

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	204355	588327	2
Inversion	Chr3	204357	588329	2
Inversion	Chr1	3966516	3966644
Inversion	Chr11	11867736	11867927

Translocations: 23

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	898529	Chr4	17915299
Translocation	Chr9	1269806	Chr3	18058077
Translocation	Chr10	3120137	Chr1	23590110
Translocation	Chr5	4292257	Chr4	13415270	2
Translocation	Chr12	6248354	Chr8	4190745
Translocation	Chr10	14333309	Chr9	10527948	LOC_Os10g27200
Translocation	Chr11	15401580	Chr4	18466158
Translocation	Chr10	16401320	Chr2	19964529	2
Translocation	Chr6	16817203	Chr1	29886717
Translocation	Chr6	18884707	Chr5	5645992	LOC_Os05g10340
Translocation	Chr7	19416460	Chr1	34821287
Translocation	Chr4	20478519	Chr3	26496416
Translocation	Chr12	20535474	Chr1	34375468
Translocation	Chr12	21737271	Chr6	7862478	2
Translocation	Chr6	22827900	Chr5	15579833
Translocation	Chr2	23723930	Chr1	14275920	LOC_Os02g39280
Translocation	Chr12	24393553	Chr6	19207692
Translocation	Chr8	24683903	Chr1	39127474
Translocation	Chr11	24994225	Chr4	17874176
Translocation	Chr7	25285592	Chr2	13402391
Translocation	Chr8	26906514	Chr3	25348842	LOC_Os08g42570
Translocation	Chr11	27570450	Chr5	16490148
Translocation	Chr11	27761200	Chr7	26193088	LOC_Os11g45890

Main menu

You are here

Search Nipponbare