Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 40

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11005323	T-C	HET
SBS	Chr1	29549655	G-A	HET
SBS	Chr1	6111639	C-T	HET
SBS	Chr1	6665535	G-T	HET
SBS	Chr1	6665536	A-T	HET
SBS	Chr1	7987572	T-A	HET
SBS	Chr10	6759355	C-T	HET
SBS	Chr11	10443931	G-T	HET
SBS	Chr11	18688138	C-T	Homo
SBS	Chr11	21514794	A-G	HET
SBS	Chr12	13020779	T-C	HET
SBS	Chr12	15610995	C-T	HET
SBS	Chr12	18054767	C-T	HET
SBS	Chr12	3486022	A-C	HET	SPLICE_SITE_ACCEPTOR	LOC_Os12g07110
SBS	Chr12	8491701	C-A	HET
SBS	Chr2	11717785	G-A	Homo
SBS	Chr2	26256423	G-A	HET
SBS	Chr2	26761782	A-G	HET
SBS	Chr3	12352564	T-A	Homo
SBS	Chr3	25720539	G-A	HET
SBS	Chr3	29617843	G-A	HET
SBS	Chr3	31311347	C-A	HET
SBS	Chr4	12066534	C-T	HET
SBS	Chr4	14114256	C-T	Homo
SBS	Chr4	14642842	C-T	HET
SBS	Chr4	17067924	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g28820
SBS	Chr4	17067935	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g28820
SBS	Chr4	20800338	C-G	Homo
SBS	Chr4	25655565	G-A	HET
SBS	Chr4	35474907	C-A	HET
SBS	Chr5	10264771	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g17840
SBS	Chr5	15495404	G-A	Homo
SBS	Chr5	19884166	G-A	Homo
SBS	Chr5	27130193	G-A	HET
SBS	Chr6	2603089	C-T	HET
SBS	Chr6	2887218	A-T	HET
SBS	Chr8	15326567	T-A	HET
SBS	Chr8	27239057	A-T	HET
SBS	Chr9	17249912	C-T	HET
SBS	Chr9	17283211	C-T	HET

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	5145298	5145301	3
Deletion	Chr10	10198047	10198048	1	LOC_Os10g20280
Deletion	Chr7	11735001	11768000	32999	3
Deletion	Chr8	11836200	11836201	1
Deletion	Chr12	12002215	12002370	155
Deletion	Chr2	13341930	13341931	1
Deletion	Chr10	21079372	21079374	2
Deletion	Chr3	30923312	30923383	71
Deletion	Chr2	34444415	34444417	2

Insertions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	15346254	15346329	76
Insertion	Chr10	8667874	8667874	1
Insertion	Chr11	27010692	27010692	1
Insertion	Chr12	696920	696920	1
Insertion	Chr2	360680	360680	1
Insertion	Chr3	19585369	19585369	1
Insertion	Chr4	12529501	12529502	2
Insertion	Chr4	35261571	35261571	1
Insertion	Chr6	17523889	17523892	4	LOC_Os06g30340
Insertion	Chr7	27597848	27597850	3
Insertion	Chr8	7852198	7852198	1
Insertion	Chr9	214333	214333	1	LOC_Os09g01250

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	7320400	7320923	LOC_Os12g13150

Translocations: 17

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	3115275	Chr5	24535893
Translocation	Chr8	5977028	Chr3	2803169	2
Translocation	Chr8	6527176	Chr4	1143568
Translocation	Chr8	6761547	Chr7	6428309	2
Translocation	Chr11	6995380	Chr6	21780167
Translocation	Chr5	10844153	Chr3	25789669	LOC_Os05g18720
Translocation	Chr8	12013848	Chr3	23147206	2
Translocation	Chr8	14590418	Chr3	9391820
Translocation	Chr6	15405516	Chr4	31987837	2
Translocation	Chr12	19444018	Chr1	23042539	LOC_Os12g32210
Translocation	Chr11	23740972	Chr7	24849957	2
Translocation	Chr5	25539246	Chr1	40624417
Translocation	Chr2	26568590	Chr1	4970615
Translocation	Chr5	27408697	Chr4	28035498
Translocation	Chr7	27453888	Chr3	2479692	2
Translocation	Chr7	27878977	Chr5	15607853
Translocation	Chr11	27879279	Chr6	9219406

Main menu